非 B DNA 结构代表了小分子有趣且具有挑战性的目标。例如,HRAS癌
基因的启动子包含多个G-四链体和i-基序结构,非典型的球状折叠,充当
基因表达的分子开关。在这两者中,i-基序结构的研究要少得多。在这里,我们报告了第一个与 hRAs-1Y i-基序直接相互作用的小有机化合物的例子。我们使用小分子微阵列筛选来识别与 hRAs-1Y i 基序结合但不与其他几种 DNA 或 RNA 二级结构结合的药物样小分子。通过表面等离子体共振发现两种不同的先导化合物 1 和 2 具有 7.4 ± 5.3 μM 和 5.9 ± 3.7 μM 的结合亲和力,通过荧光滴定发现具有类似的亲和力。建立了构效关系 (
SAR),并且 2 的两种改进类似物表现出亚微摩尔结合亲和力。两种化合物均表现出 pH 依赖性结合,表明它们仅在 i 基序正确折叠时才与 DNA 相互作用。
化学位移扰动表明 1 改变了 i-motif 的结构,而