2'-Deoxy-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-N,5-dimethyl-cytidine | 1569273-35-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 2'-Deoxy-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-N,5-dimethyl-cytidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methyl-4-(methylamino)pyrimidin-2-one
• CAS: 1569273-35-3
• 化学式: C₁₇H₃₁N₃O₄Si
• 分子量: 369.536
• InChiKey: QCGGSNHZBMQVHS-BFHYXJOUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.26
• 重原子数：
  25.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.76
• 拓扑面积：
  85.61
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-Deoxy-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-N,5-dimethyl-cytidine 在 四氮唑 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成
  参考文献：
  名称：

  环丁烷胸腺嘧啶-N4-甲基胞嘧啶二聚体对水解具有抗性，但强烈阻止DNA合成

  摘要：

  DNA 暴露在紫外线下会在相邻的嘧啶碱基之间产生有害的交联，形成环丁烷嘧啶二聚体 (CPD) 和嘧啶 (6-4) 嘧啶酮光产物。CPD 经常形成，并且已经通过使用在 TT 站点形成的 CPD 专门研究了其修复机制。另一方面，使用在含胞嘧啶序列上下文中形成的 CPD 进行生化分析实际上很困难，因为饱和胞嘧啶很容易发生水解脱氨。在这里，我们发现2'-脱氧胞苷的环外氨基的N-烷基化阻止了 CPD 形成中的水解，并且N含-甲基化胞嘧啶的 CPD 足够稳定，可以衍生为亚磷酰胺结构单元并掺入寡核苷酸中。含 CPD 的寡核苷酸的动力学研究表明，其在生理条件下的寿命相对较长（~7 天）。在使用人类 DNA 聚合酶 η 的生化分析中，除了 dGMP 掺入之外，还清楚地检测到了与 CPD的N-甲基胞嘧啶部分相反的 TMP掺入，并且不正确的 TMP 掺入会阻止 DNA 合成。热力学参数证实了这种不寻常的碱基对的形成。

  DOI：

  10.1093/nar/gkt1039
• 作为产物：
  描述：

  在 溶剂黄146 作用下， 生成 2'-Deoxy-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-N,5-dimethyl-cytidine
  参考文献：
  名称：

  环丁烷胸腺嘧啶-N4-甲基胞嘧啶二聚体对水解具有抗性，但强烈阻止DNA合成

  摘要：

  DNA 暴露在紫外线下会在相邻的嘧啶碱基之间产生有害的交联，形成环丁烷嘧啶二聚体 (CPD) 和嘧啶 (6-4) 嘧啶酮光产物。CPD 经常形成，并且已经通过使用在 TT 站点形成的 CPD 专门研究了其修复机制。另一方面，使用在含胞嘧啶序列上下文中形成的 CPD 进行生化分析实际上很困难，因为饱和胞嘧啶很容易发生水解脱氨。在这里，我们发现2'-脱氧胞苷的环外氨基的N-烷基化阻止了 CPD 形成中的水解，并且N含-甲基化胞嘧啶的 CPD 足够稳定，可以衍生为亚磷酰胺结构单元并掺入寡核苷酸中。含 CPD 的寡核苷酸的动力学研究表明，其在生理条件下的寿命相对较长（~7 天）。在使用人类 DNA 聚合酶 η 的生化分析中，除了 dGMP 掺入之外，还清楚地检测到了与 CPD的N-甲基胞嘧啶部分相反的 TMP掺入，并且不正确的 TMP 掺入会阻止 DNA 合成。热力学参数证实了这种不寻常的碱基对的形成。

  DOI：

  10.1093/nar/gkt1039