3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside | 80971-34-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside
• 英文别名: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-4-[1,2,4]triazolothymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methyl-4-(1,2,4-triazol-1-yl)pyrimidin-2-one
• CAS: 80971-34-2
• 化学式: C₃₉H₄₇N₅O₆Si
• 分子量: 709.918
• InChiKey: PGYZGDPGCVMRED-BMPTZRATSA-N

物化性质

• 沸点：
  781.7±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.19±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.84
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  110
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside 在 氨 、 水 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 3.0h， 以99%的产率得到3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-5-methylcytidine
  参考文献：
  名称：

  N-乙酰化胞嘧啶的光敏化 [2 + 2] 环加成可立体选择性地形成环丁烷嘧啶二聚体

  摘要：

  DNA 中两个相邻碱基之间的光环加成产生环丁烷嘧啶二聚体 (CPD)，它是主要的紫外线诱导的 DNA 损伤之一，具有顺式-syn或反式-syn结构。在本研究中，我们研究了部分保护的胸苷基- (3′→5′)- N 4 -乙酰基-2′-脱氧-5-甲基胞苷的光敏分子内环加成反应，以阐明碱基修饰对环加成反应的影响. 该反应导致反式同步CPD的立体选择性形成，然后乙酰氨基水解。胸苷基- (3'→5')- N 4 -乙酰基-2'-脱氧胞苷的光环加成得到了相同的结果，而cis-syn和trans-syn CPDs 由胸苷基-(3'→5')-胸苷形成。动力学分析表明，酸催化水解的活化能与胸腺嘧啶-胞嘧啶 CPD 报道的活化能相当。这些发现为合成含有trans-syn CPD的寡核苷酸提供了一种新策略。使用合成的寡核苷酸，分析了人类 DNA 聚合酶 η 的跨损伤合成。

  DOI：

  10.1093/nar/gkq855
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 咪唑 、 三乙胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 13.0h， 生成 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside
  参考文献：
  名称：

  具有RNA裂解活性的人工分支发夹状核酶变体的化学合成

  摘要：

  由于过去十年来RNA合成领域的发展，如今有可能制备长度超过50个核苷酸的RNA寡核苷酸。在此报告中，我们描述了具有81个核苷酸组成的RNA裂解活性的支链RNA分子的化学制备。它源自发夹状核酶，一种天然存在的小催化RNA。发夹状核酶由两个分别折叠的结构域（环A和环B结构域）组成，可以通过多种不同方式连接而不会丧失活性。在此处显示的结构中，2'-脱氧-N引入4-（6-羟基己基）-5-甲基胞苷以通过人工分支将环B结构域与环A结构域连接。合成的分支RNA能够催化许多合适的底物的裂解。与相应的非支链反向连接核酶相比，它裂解底物的速度仅慢了5倍。令人惊讶地，没有检测到连接活性。

  DOI：

  10.1016/j.tet.2004.07.055

文献信息

• A cyclobutane thymine–N4-methylcytosine dimer is resistant to hydrolysis but strongly blocks DNA synthesis
  作者：Junpei Yamamoto、Tomoko Oyama、Tomohiro Kunishi、Chikahide Masutani、Fumio Hanaoka、Shigenori Iwai

  DOI：10.1093/nar/gkt1039

  日期：2014.2

  Exposure of DNA to ultraviolet light produces harmful crosslinks between adjacent pyrimidine bases, to form cyclobutane pyrimidine dimers (CPDs) and pyrimidine(6–4)pyrimidone photoproducts. The CPD is frequently formed, and its repair mechanisms have been exclusively studied by using a CPD formed at a TT site. On the other hand, biochemical analyses using CPDs formed within cytosine-containing sequence

  DNA 暴露在紫外线下会在相邻的嘧啶碱基之间产生有害的交联，形成环丁烷嘧啶二聚体 (CPD) 和嘧啶 (6-4) 嘧啶酮光产物。CPD 经常形成，并且已经通过使用在 TT 站点形成的 CPD 专门研究了其修复机制。另一方面，使用在含胞嘧啶序列上下文中形成的 CPD 进行生化分析实际上很困难，因为饱和胞嘧啶很容易发生水解脱氨。在这里，我们发现2'-脱氧胞苷的环外氨基的N-烷基化阻止了 CPD 形成中的水解，并且N含-甲基化胞嘧啶的 CPD 足够稳定，可以衍生为亚磷酰胺结构单元并掺入寡核苷酸中。含 CPD 的寡核苷酸的动力学研究表明，其在生理条件下的寿命相对较长（~7 天）。在使用人类 DNA 聚合酶 η 的生化分析中，除了 dGMP 掺入之外，还清楚地检测到了与 CPD的N-甲基胞嘧啶部分相反的 TMP掺入，并且不正确的 TMP 掺入会阻止 DNA 合成。热力学参数证实了这种不寻常的碱基对的形成。
• AGT Activity Towards Intrastrand Crosslinked DNA is Modulated by the Alkylene Linker
  作者：Derek K. O'Flaherty、Christopher J. Wilds

  DOI：10.1002/cbic.201700450

  日期：2017.12.5

  conjugation: O6-Alkylguanine DNA alkyltransferases (AGTs) can act on O6-alkyl 2′-deoxyguanosine and O4-alkyl thymidine DNA lesions. We show the ability of the human AGT to efficiently repair intrastrand crosslinks, which can be used to generate covalent complexes. We synthesized IaCL DNA with ethylene or propylene linkages, with the latter being moderately repaired by human AGT.

  交联和缀合：O 6-烷基鸟嘌呤DNA烷基转移酶（AGT）可以作用于O 6-烷基2'-脱氧鸟苷和O 4-烷基胸苷DNA损伤。我们展示了人类AGT有效修复链内交联的能力，可用于生成共价复合物。我们合成了具有乙烯或丙烯键的IaCL DNA，后者被人AGT适度修复。
• O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases
  作者：Francis P. McManus、Derek K. O'Flaherty、Anne M. Noronha、Christopher J. Wilds

  DOI：10.1039/c2ob25705j

  日期：——

  DNA duplexes containing a directly opposed O4-2′-deoxythymidine-alkyl-O4-2′-deoxythymidine (O4-dT-alkyl-O4-dT) interstrand cross-link (ICL) have been prepared by the synthesis of cross-linked nucleoside dimers which were converted to phosphoramidites to produce site specific ICL. ICL duplexes containing alkyl chains of four and seven methylene groups were prepared and characterized by mass spectrometry and nuclease digests. Thermal denaturation experiments revealed four and seven methylene containing ICL increased the Tm of the duplex with respect to the non-cross-linked control with an observed decrease in enthalpy based on thermodynamic analysis of the denaturation curves. Circular dichroism experiments on the ICL duplexes indicated minimal difference from B-form DNA structure. These ICL were used for DNA repair studies with O6-alkylguanine DNA alkyltransferase (AGT) proteins from human (hAGT) and E. coli (Ada-C and OGT), whose purpose is to remove O6-alkylguanine and in some cases O4-alkylthymine lesions. It has been previously shown that hAGT can repair O6-2′-deoxyguanosine-alkyl-O6-2′-deoxyguanosine ICL. The O4-dT-alkyl-O4-dT ICL prepared in this study were found to evade repair by hAGT, OGT and Ada-C. Electromobility shift assay (EMSA) results indicated that the absence of any repair by hAGT was not a result of binding. OGT was the only AGT to show activity in the repair of oligonucleotides containing the mono-adducts O4-butyl-4-ol-2′-deoxythymidine and O4-heptyl-7-ol-2′-deoxythymidine. Binding experiments conducted with hAGT demonstrated that the protein bound O4-alkylthymine lesions with similar affinities to O6-methylguanine, which hAGT repairs efficiently, suggesting the lack of O4-alkylthymine repair by hAGT is not a function of recognition.

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。
• Synthesis of modified oligonucleotides containing 4-guanidino-2-pyrimidinone nucleobases
  作者：Jordi Robles、Anna Grandas、Enrique Pedroso

  DOI：10.1016/s0040-4020(00)00991-1

  日期：2001.1

  Oligionucleotides incorporating 4-guanidino-2-pyrimidinone nucleobases have been prepared. These nucleobase analogues were designed to mimic the double hydrogen bond donor pattern of protonated cytosines in parallel triple helices. Guanidine-, N-methyl-, N,N-dimethyl-, and N,N'-dimethylguanidine-containing nucleoside H-phosphonates were used for the synthesis of oligonucleotide analogues with minor modifications in standard solid-phase procedures. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.