N(6)-benzoyl-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-8-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneadenosine | 801316-89-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 三唑并嘧啶类
• 英文名称: N(6)-benzoyl-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-8-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneadenosine
• CAS: 801316-89-2
• 化学式: C₂₉H₄₁N₅O₆Si
• 分子量: 583.76
• InChiKey: GBSKKJKFKZVKNQ-CPLTYXLBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.65
• 重原子数：
  41.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.59
• 拓扑面积：
  129.85
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N(6)-benzoyl-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-8-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneadenosine 在 甲基磺酰氯 、 三乙胺 、 lithium chloride 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 以74%的产率得到N⁶-benzoyl-8-(chloromethyl)-5'-O-[(dimethyl)(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-2',3'-O-isopropylideneadenosine
  参考文献：
  名称：

  具有“包括碱基在内的核碱基”的寡核苷酸类似物。第10部分

  摘要：

  的二核苷类似物24，25，28 - 30，和33在CDCl准3溶液。由尿苷部分的HN（3）的浓度依赖性化学位移和热力学参数确定的缔合常数为265 M -1（33）至3220 M -1（30）。CDCl 3中的31缔合太强而无法确定（与浓度无关的δ（HN（3））约为12.8 ppm），并且完全脱保护的二聚体32被证明不足以溶于CDCl 3。该观察结果有力证明配对不需要寡核苷酸及其类似物结构分化为骨架和核碱基。通过制备的二核苷酸类似物Ô烷基化的C（8）未被取代的或C（8） -oxymethylated，部分保护的腺苷由C（6） -mesyloxy-或C（6） -halomethylated尿苷20 - 22，随后通过部分或全部脱保护。

  DOI：

  10.1002/hlca.200490204
• 作为产物：
  描述：

  N6-benzoyl-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-8-formyl-2',3'-O-isopropylideneadenosine 在 sodium tetrahydroborate 、 溶剂黄146 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 为溶剂， 反应 0.5h， 以8.1 g的产率得到N(6)-benzoyl-5'-O-[dimethyl(1,1,2-trimethylpropyl)silyl]-8-(hydroxymethyl)-2',3'-O-isopropylideneadenosine
  参考文献：
  名称：

  具有整合的碱基和骨干的寡核苷酸类似物。第17部分†

  摘要：

  已知甲醛联自身互补U *的环状双链（配对）的形成[O]甲（ * ）二核苷对比与不存在乙烯联U *的配对的并[c一一种（ * ）的类似物。分析了这种差异的起源，以及预期的U * [x] A （ * ）和A * [x] U （ * ）双核苷与x = CH 2，O或S的缔合。根据此分析，配对通过结构异构的Watson–Crick，反向Watson – Crick，Hoogsteen或反向发生Hoogsteen H键合线性双工。它们中的每一个可以产生三个非对映异构的环状双链体，并且它们中的每个可以采用三个主要的构象。分析了x = CH 2，O或S的所有构象异构体的相对稳定性。具有x = CH 2的U * [x] A （ * ）二核苷不会形成稳定的环状双链体，具有x = O的二核苷可能会形成具有关于C（4'）C（5'）键的gg构象的环状双链体， x ＝ S的二核苷可以形成关于该键具有gt-构象的环状双链体。

  DOI：

  10.1002/hlca.200890071

文献信息

• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbone. Part 22
  作者：Bruno Bernet、Zeena Johar、Anne Ritter、Bernhard Jaun、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200900203

  日期：2009.12

  The tritylated and silylated self‐complementary A*[s]U*[s]A*[s]U* and U*[s]A*[s]U*[s]A* tetramers 18 and 24, linked by thiomethylene groups (abbreviated as [s]) between a nucleobase and C(5′) of the neighbouring nucleoside unit were prepared by a linear synthesis based on S‐alkylation of 5′‐thionucleosides by 6‐(chloromethyl)uridines, 7 or 10, or 8‐(chloromethyl)adenosines, 12 or 15. The tetramers

  三苯甲基和甲硅烷基化的自互补A * [s] U * [s] A * [s] U *和U * [s] A * [s] U * [s] A *四聚体18和24，通过硫代亚甲基连接通过线性合成基于6'（氯甲基）尿苷，7或10的5'-硫代核苷的S-烷基化反应，通过线性合成制备核碱基与相邻核苷单元的C（5'）之间的基团（缩写为[s]），或8-（氯甲基）腺苷，12或15。四聚体18和24被去三苯甲基化成一元醇19和25，而它们被甲硅烷基化成二元醇20和26。， 分别。的四聚体的缔18 - 21和24 - 26在CDCl 3或在CDCl 3 /（d 6）DMSO 95：5通过用于h化学位移的浓度依赖性研究 N（3）或H 2 Ñ  C（6）。通过一个且特别是两个OH基团的存在有利于通过四个碱基对连接的环状双链体的形成。二醇20与AUAU序列倾向于反向Hoogsteen碱基，和二醇26与UAUA序列沃森-克里克碱基配对。CDCl
• Oligonucleotide Analogues with Integrated Bases and Backbone. Part 21
  作者：Nicolas Bogliotti、Andrea Vasella

  DOI：10.1002/hlca.200900075

  日期：2009.6

  Abstractmagnified imageGelation of organic solvents by the A*[s]U(*) dinucleosides 1 and 2 requires the formation of linear associates cross‐linked by H‐bonding involving either the nucleobase or HOCH2C(6/I). This is evidenced by the absence of gel formation of the N6‐methyladenosine analogue 5 of 1 and the dehydroxy analogue 4 of 2.