5'-O-benzoyl-3'-O-methoxymethylthymidine | 104768-97-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-benzoyl-3'-O-methoxymethylthymidine
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-3-(methoxymethoxy)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl benzoate
• CAS: 104768-97-0
• 化学式: C₁₉H₂₂N₂O₇
• 分子量: 390.393
• InChiKey: IYEKAQFZBLMOCJ-ARFHVFGLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.34±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.4
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  103
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  二甲醇缩甲醛 、 5'-benzoylthymidine 在 三氟化硼乙醚 phosphorus pentoxide 作用下， 以89%的产率得到5'-O-benzoyl-3'-O-methoxymethylthymidine
  参考文献：
  名称：

  合成（3'→5'）亚甲基缩醛连接的二核苷的另一种方法

  摘要：

  使用三甲基甲硅烷基三氟甲磺酸酯（5a-c）将5'-O-乙酰丙酰基-3'-O-苯甲酰氧基甲基胸苷或5'-O-苯甲酰基-3'-O-乙酰氧基甲基胸苷与适当保护的胸苷，d-胞苷或d-鸟苷受体5a–c缩合（ TMSOTf）作为活化系统，提供了各自的（3'→5'）亚甲基缩醛连接的二聚体d（T∧T），d（T∧G）。同样，TMSOtf促进的（5'-O，4-N）二苯甲酰基-3'-O-乙酰氧基甲基-2'-脱氧胞苷与受体5a–c的缩合产生相应的d（C∧T），d（C∧C ）和d（C∧G）二聚体。

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)79605-5

文献信息

• Modified template-independent enzymes for polydeoxynucleotide synthesis
  申请人：Molecular Assemblies, Inc.

  公开号：US10760063B2

  公开（公告）日：2020-09-01

  The invention includes methods for identifying polymerases, such as modified terminal nucleotidyl transferases (TdT), that are capable of binding nucleotides comprising removable 3′-O-blocking moieties to a nucleic acid initiator, without the use of a template. The invention further includes the identified polymerases, and methods of using the polymerases for de novo synthesis of predetermined oligonucleotide sequences.

  本发明包括鉴定聚合酶的方法，如修饰的末端核苷酸转移酶（TdT），这种聚合酶能够在不使用模板的情况下将包含可移动的 3′-O-阻遏分子的核苷酸与核酸引发剂结合。本发明还包括已鉴定的聚合酶，以及使用这些聚合酶从头合成预定寡核苷酸序列的方法。
• MODIFIED TEMPLATE-INDEPENDENT ENZYMES FOR POLYDEOXYNUCLEOTIDE SYNTHESIS
  申请人：Molecular Assemblies, Inc.

  公开号：US20200190490A1

  公开（公告）日：2020-06-18

  The invention includes methods for identifying polymerases, such as modified terminal nucleotidyl transferases (TdT), that are capable of binding nucleotides comprising removable 3′-O-blocking moieties to a nucleic acid initiator, without the use of a template. The invention further includes the identified polymerases, and methods of using the polymerases for de novo synthesis of predetermined oligonucleotide sequences.