Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid | 811434-05-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid
• 英文别名: N^α-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-N^γ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid；Fmoc-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-OH；Fmoc-Dab(2-ClZ)-OH
• CAS: 811434-05-6
• 化学式: C₂₇H₂₅ClN₂O₆
• 分子量: 508.958
• InChiKey: AHIBQHDVUFDCEJ-DEOSSOPVSA-N

物化性质

• 熔点：
  134.6-136.2 °C
• 沸点：
  758.2±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.349±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.95
• 重原子数：
  36.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  113.96
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid 、 异辛酸 、 Fmoc-D-苯丙氨酸 、 芴甲氧羰基-O-苄基-L-苏氨酸 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 生成
  参考文献：
  名称：

  The Contribution of theN-Terminal Structure of Polymyxin B Peptides to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity

  摘要：

  为了阐明多粘菌素 B 多肽 N 端结构与活性的关系，合成了 7 种已阐明其结构的多粘菌素 B 成分肽和 7 种 N 端脂肪酸和/或氨基酸缺失类似物，并测定了它们的抗菌活性。使用[Dab(Dansyl-Gly)1]-多粘菌素 B3（Dab；l-α,γ-二氨基丁酸）作为荧光探针，评估了合成肽的脂多糖（LPS）结合活性。结果表明，脂肪酰基对于 LPS 结合并非不可或缺，但多粘菌素 B 肽的 C9 脂肪酰基对结合亲和力的贡献略大于 C8 或 C7。多粘菌素 B 的脂肪酰基对抗菌活性有很大贡献，而多粘菌素 B1-B6 不同的 N 端结构（含有正常脂肪酸、异脂肪酸、反异脂肪酸或链长在 C7 和 C9 之间的 3-羟基脂肪酸）并不影响杀菌效力。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.1915
• 作为产物：
  描述：

  Fmoc-L-谷氨酰胺 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 在 水 、 三乙胺 、 [双(三氟乙酰氧基)碘]苯 作用下， 以 水 、 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 23.0h， 生成 Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid
  参考文献：
  名称：

  The Contribution of theN-Terminal Structure of Polymyxin B Peptides to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity

  摘要：

  为了阐明多粘菌素 B 多肽 N 端结构与活性的关系，合成了 7 种已阐明其结构的多粘菌素 B 成分肽和 7 种 N 端脂肪酸和/或氨基酸缺失类似物，并测定了它们的抗菌活性。使用[Dab(Dansyl-Gly)1]-多粘菌素 B3（Dab；l-α,γ-二氨基丁酸）作为荧光探针，评估了合成肽的脂多糖（LPS）结合活性。结果表明，脂肪酰基对于 LPS 结合并非不可或缺，但多粘菌素 B 肽的 C9 脂肪酰基对结合亲和力的贡献略大于 C8 或 C7。多粘菌素 B 的脂肪酰基对抗菌活性有很大贡献，而多粘菌素 B1-B6 不同的 N 端结构（含有正常脂肪酸、异脂肪酸、反异脂肪酸或链长在 C7 和 C9 之间的 3-羟基脂肪酸）并不影响杀菌效力。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.1915

文献信息

• Novel Des-Fatty Acyl-Polymyxin B Derivatives with Pseudomonas aeruginosa-Specific Antimicrobial Activity
  作者：Yuki Sato、Mitsuno Shindo、Naoki Sakura、Yoshiki Uchida、Ikuo Kato

  DOI：10.1248/cpb.59.597

  日期：——

  Polymyxin B (PMB) is a cationic cyclic decapeptide antibiotic with a fatty acyl (FA) modification at the α-amino group of Dab1 (Dab: L-α,γ-diaminobutyric acid). In this study, which is part of a series of PMB structure–activity relationship investigations focused on identifying clinically useful peptide antibiotics, we synthesized ten des-FA PMB derivatives whose N-terminal moieties were changed to basic or hydrophilic amino acids. The antimicrobial and lipopolysaccharide (LPS) binding activities of these synthetic analogs were tested. The analogs showed more potent antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) compared with the PMB nonapeptide. In particular, [Ser2-Dap3]-PMB(2—10), Guanyl-[Thr2-Dab3]-PMB(2—10), Guanyl-[Dab1-Thr2-Dab3]-PMB(1—10), and Nα,γ-diguanyl-[Dap3]-PMB(3—10) had antimicrobial activity equivalent to PMB. In LPS binding assays, the displacement curves shifted in a manner proportional to the number of positive charges available to bind to Escherichia coli (E. coli) and P. aeruginosa. Furthermore, peptides with basic side chains were comparable to PMB in binding activity assays against E. coli and P. aeruginosa. The acute toxicities of the peptides were evaluated by intravenously administering the peptides to mice through the tail vein. The toxicities of [Ser2-Dap3]-PMB(2—10), [Dap3]-PMB(3—10), and [Ser3]-PMB(3—10) were lower that of PMB (LD50, 4.8 μmol/kg).

  多粘菌素 B (PMB) 是一种阳离子环状十肽抗生素，在 Dab1 的 α-氨基上进行了脂肪酰基 (FA) 修饰（Dab：L-α,γ-二氨基丁酸）。在这项研究中，这是一系列 PMB 结构-活性关系研究的一部分，重点是鉴定临床上有用的肽抗生素，我们合成了十种 des-FA PMB 衍生物，其 N 末端部分被改为碱性或亲水氨基酸。测试了这些合成类似物的抗菌和脂多糖（LPS）结合活性。与 PMB 九肽相比，这些类似物对铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 显示出更有效的抗菌活性。特别地，[Ser2-Dap3]-PMB(2-10)、脒基-[Thr2-Dab3]-PMB(2-10)、脒基-[Dab1-Thr2-Dab3]-PMB(1-10)和Na ,γ-二鸟苷基-[Dap3]-PMB(3—10)具有与PMB相当的抗菌活性。在 LPS 结合测定中，位移曲线以与可结合大肠杆菌 (E. coli) 和铜绿假单胞菌的正电荷数量成比例的方式移动。此外，在针对大肠杆菌和铜绿假单胞菌的结合活性测定中，具有碱性侧链的肽与 PMB 相当。通过尾静脉向小鼠静脉注射肽来评估肽的急性毒性。 [Ser2-Dap3]-PMB(2—10)、[Dap3]-PMB(3—10)和[Ser3]-PMB(3—10)的毒性低于PMB(LD50，4.8 μmol/kg) ）。
• Contribution of Each Amino Acid Residue in Polymyxin B3 to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity
  作者：Kazushi Kanazawa、Yuki Sato、Kazuhiro Ohki、Keiko Okimura、Yoshiki Uchida、Mitsuno Shindo、Naoki Sakura

  DOI：10.1248/cpb.57.240

  日期：——

  This study on the structure–activity relationship of polymyxin B, a cyclic peptide antibiotic, used sixteen synthetic polymyxin B3 analogs including alanine scanning analogs to elucidate the contribution of the side chains to antimicrobial activity and lipopolysaccharide (LPS) binding. Of these analogs, [Ala5]-polymyxin B3 showed greatly reduced antimicrobial activity against Escherichia coli (E. coli), Salmonella Typhimurium (S. Typhimurium) and Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) with MIC values of 4—16 nmol/ml, suggesting that the Dab (α,γ-diaminobutyric acid) residue at position 5 is the most important residue contributing to bactericidal activity. The antibacterial contribution of Dab when located within the lactam ring (positions 5, 8 and 9) was greater than when located outside the ring (positions 1 and 3). [D-Ala6]-, [L-Phe6]-, [Ala7]-, and [Gly7]-polymyxin B3 analogs retained potent antimicrobial activity, indicating that neither the reduction of hydrophobic character of the D-Phe6-Leu7 region nor the D-configuration at position 6 is indispensable for antimicrobial activity. LPS binding studies showed that decreased hydrophobicity of the lactam ring had little effect, but the Nγ-amino function of the Dab residues at position 1, 3, 5, 8 and 9 greatly affected LPS binding, with the contribution of Dab5 being the most significant.

  这项关于多粘菌素 B（一种环肽抗生素）结构-活性关系的研究使用了 16 种合成多粘菌素 B3 类似物，包括丙氨酸扫描类似物，以阐明侧链对抗菌活性和脂多糖 (LPS) 结合的贡献。在这些类似物中，[Ala5]-多粘菌素 B3 对大肠杆菌 (E. coli)、鼠伤寒沙门氏菌 (S. Typhimurium) 和铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 的抗菌活性大大降低，MIC 值为 4-16 nmol/ml，这表明第 5 位的 Dab（α,γ-二氨基丁酸）残基是有助于杀菌活性的最重要的残基。 Dab 位于内酰胺环内（位置 5、8 和 9）时的抗菌贡献大于位于环外（位置 1 和 3）时的抗菌贡献。 [D-Ala6]-、[L-Phe6]-、[Ala7]- 和 [Gly7]-多粘菌素 B3 类似物保留了有效的抗菌活性，表明D-Phe6-Leu7 区域的疏水性和第 6 位 D-构型的减少对于抗菌活性是必不可少的。 LPS结合研究表明，内酰胺环疏水性降低影响不大，但1、3、5、8和9位Dab残基的Nγ-氨基功能极大地影响了LPS结合，其中Dab5的贡献最为显着。