(S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-4-acetamidobutanoic acid | 1220955-83-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: (S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-4-acetamidobutanoic acid
• 英文别名: (2S)-4-acetamido-2-({[(9H-fluoren-9-yl)methoxy]carbonyl}amino)butanoic acid；Fmoc-Dab(Ac)-OH；(2S)-4-acetamido-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid
• CAS: 1220955-83-8
• 化学式: C₂₁H₂₂N₂O₅
• 分子量: 382.416
• InChiKey: SULRDUFTKVHNDO-IBGZPJMESA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.4
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  105
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid 、 (S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-4-acetamidobutanoic acid 、 Fmoc-L-亮氨酸 、 Fmoc-D-苯丙氨酸 、 NAlpha-芴甲氧羰基-Nγ-羰-L-2,4-氨基丁酸 、 芴甲氧羰基-O-苄基-L-苏氨酸 在 N-[(dimethylamino)(3H-[1,2,3]triazolo[4,5-b]pyridin-3-yloxy)methylidene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 、 三氟乙酸 作用下， 以 水 为溶剂， 反应 1.0h， 以271 mg的产率得到Fmoc-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-Thr(Bzl)-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-L-α,γ-diaminobutyryl-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-d-Phe-Leu-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-L-α,γ-diaminobutyryl(2-ClZ)-Thr(Bzl)-OH
  参考文献：
  名称：

  Novel Des-Fatty Acyl-Polymyxin B Derivatives with Pseudomonas aeruginosa-Specific Antimicrobial Activity

  摘要：

  多粘菌素 B (PMB) 是一种阳离子环状十肽抗生素，在 Dab1 的 α-氨基上进行了脂肪酰基 (FA) 修饰（Dab：L-α,γ-二氨基丁酸）。在这项研究中，这是一系列 PMB 结构-活性关系研究的一部分，重点是鉴定临床上有用的肽抗生素，我们合成了十种 des-FA PMB 衍生物，其 N 末端部分被改为碱性或亲水氨基酸。测试了这些合成类似物的抗菌和脂多糖（LPS）结合活性。与 PMB 九肽相比，这些类似物对铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 显示出更有效的抗菌活性。特别地，[Ser2-Dap3]-PMB(2-10)、脒基-[Thr2-Dab3]-PMB(2-10)、脒基-[Dab1-Thr2-Dab3]-PMB(1-10)和Na ,γ-二鸟苷基-[Dap3]-PMB(3—10)具有与PMB相当的抗菌活性。在 LPS 结合测定中，位移曲线以与可结合大肠杆菌 (E. coli) 和铜绿假单胞菌的正电荷数量成比例的方式移动。此外，在针对大肠杆菌和铜绿假单胞菌的结合活性测定中，具有碱性侧链的肽与 PMB 相当。通过尾静脉向小鼠静脉注射肽来评估肽的急性毒性。 [Ser2-Dap3]-PMB(2—10)、[Dap3]-PMB(3—10)和[Ser3]-PMB(3—10)的毒性低于PMB(LD50，4.8 μmol/kg) ）。

  DOI：

  10.1248/cpb.59.597
• 作为产物：
  描述：

  乙酸酐 、 Fmoc-L-2,4-二氨基丁酸 在 N-甲基吗啉 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 以45 %的产率得到(S)-2-((((9H-fluoren-9-yl)methoxy)carbonyl)amino)-4-acetamidobutanoic acid
  参考文献：
  名称：

  带有卤代二氟甲基部分的氨基酸的合成及其在 p53 衍生肽与 Mdm2/Mdm4 结合中的应用

  摘要：

  简介：治疗性肽是治疗多种疾病的重要一类药物。为了增强它们的特性，例如稳定性或结合亲和力，它们通常经过化学修饰。除其他技术外，这包括通过桥接对肽链进行环化、对主链进行修饰以及掺入非天然氨基酸。先前建立的一种方法是使用卤代芳香族氨基酸。原则上，它们由此能够形成卤素键 (XB)。在本研究中，我们关注 -R-CF 2X 部分（R = O、NHCO；X = Cl、Br）作为不常见的卤素键供体。这些组使蛋白质-蛋白质相互作用具有更多的空间变异性。通过 Fmoc 保护的构建块选择的方法允许使用固相肽合成将这些修饰的氨基酸掺入肽中。 结果和讨论：使用竞争性荧光偏振测定法监测与 Mdm4 的结合，我们证明与未修饰的肽相比，具有 Lys24Nle(&epsivNHCOCF 2 X) 的 p53 衍生肽表现出改进的抑制常数 K i 。降低Ki随着卤素原子的 XB 容量增加而观察到的值 (F < < Cl < Br)

  DOI：

  10.2147/dddt.s406703

文献信息

• Contribution of Each Amino Acid Residue in Polymyxin B3 to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity
  作者：Kazushi Kanazawa、Yuki Sato、Kazuhiro Ohki、Keiko Okimura、Yoshiki Uchida、Mitsuno Shindo、Naoki Sakura

  DOI：10.1248/cpb.57.240

  日期：——

  This study on the structure–activity relationship of polymyxin B, a cyclic peptide antibiotic, used sixteen synthetic polymyxin B3 analogs including alanine scanning analogs to elucidate the contribution of the side chains to antimicrobial activity and lipopolysaccharide (LPS) binding. Of these analogs, [Ala5]-polymyxin B3 showed greatly reduced antimicrobial activity against Escherichia coli (E. coli), Salmonella Typhimurium (S. Typhimurium) and Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) with MIC values of 4—16 nmol/ml, suggesting that the Dab (α,γ-diaminobutyric acid) residue at position 5 is the most important residue contributing to bactericidal activity. The antibacterial contribution of Dab when located within the lactam ring (positions 5, 8 and 9) was greater than when located outside the ring (positions 1 and 3). [D-Ala6]-, [L-Phe6]-, [Ala7]-, and [Gly7]-polymyxin B3 analogs retained potent antimicrobial activity, indicating that neither the reduction of hydrophobic character of the D-Phe6-Leu7 region nor the D-configuration at position 6 is indispensable for antimicrobial activity. LPS binding studies showed that decreased hydrophobicity of the lactam ring had little effect, but the Nγ-amino function of the Dab residues at position 1, 3, 5, 8 and 9 greatly affected LPS binding, with the contribution of Dab5 being the most significant.

  这项关于多粘菌素 B（一种环肽抗生素）结构-活性关系的研究使用了 16 种合成多粘菌素 B3 类似物，包括丙氨酸扫描类似物，以阐明侧链对抗菌活性和脂多糖 (LPS) 结合的贡献。在这些类似物中，[Ala5]-多粘菌素 B3 对大肠杆菌 (E. coli)、鼠伤寒沙门氏菌 (S. Typhimurium) 和铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 的抗菌活性大大降低，MIC 值为 4-16 nmol/ml，这表明第 5 位的 Dab（α,γ-二氨基丁酸）残基是有助于杀菌活性的最重要的残基。 Dab 位于内酰胺环内（位置 5、8 和 9）时的抗菌贡献大于位于环外（位置 1 和 3）时的抗菌贡献。 [D-Ala6]-、[L-Phe6]-、[Ala7]- 和 [Gly7]-多粘菌素 B3 类似物保留了有效的抗菌活性，表明D-Phe6-Leu7 区域的疏水性和第 6 位 D-构型的减少对于抗菌活性是必不可少的。 LPS结合研究表明，内酰胺环疏水性降低影响不大，但1、3、5、8和9位Dab残基的Nγ-氨基功能极大地影响了LPS结合，其中Dab5的贡献最为显着。