[EN] AROMATIC-SUBSTITUTED XANTHENE DYES<br/>[FR] COLORANTS A BASE DE XANTHENE A SUBSTITUTION AROMATIQUE
申请人:THE PERKIN-ELMER CORPORATION
公开号:WO1999016832A1
公开(公告)日:1999-04-08
(EN) A class of aromatic-substituted xanthene compounds useful as fluorescent dyes is disclosed, the compounds having general structure (I), where Y1 and Y2 taken separately are selected from the group consisting of hydroxyl, oxygen, imminium, linking group and amine, or Y1 taken together with R2 is cyclic imine, or Y2 taken together with R3 is cyclic amine; R2, R3, R5, and R7 taken separately are selected from the group consisting of hydrogen, fluorine, chlorine, lower alkyl, lower alkene, lower alkyne, sulfonate, sulfone, amino, imminium, amido, nitrile, lower alkoxy, phenyl, and linking group; R1 taken separately is selected from the group consisting of phenyl, substituted phenyl, polycyclic aromatic, substituted polycyclic aromatic, linking group and electron-rich heterocycle, or when taken together with R7 is selected from the group consisting of electron-rich heterocycle and indene; R4 taken separately is selected from the group consisting of amino, amido, phenyl, substituted phenyl, polycyclic aromatic, substituted polycyclic aromatic, indene, linking group and electron-rich heterocycle, or when taken together with R5 is selected from the group consisting of phenyl, substituted phenyl, polycyclic aromatic, substituted polycyclic aromatic, indene, and electron-rich heterocycle; and R6 is selected from the group consisting of acetylene, lower alkyl, lower alkene, cyano, phenyl, substituted phenyl, and heterocyclic aromatic. In another aspect, the invention includes methods for synthesizing the above dye compounds and intermediates. In yet another aspect, the present invention includes reagents labeled with the asymmetric benzoxanthene dye compounds, including deoxynucleotides, dideoxynucleotides, phosphoramidites, and polynucleotides. In an additional aspect, the invention includes methods utilizing such dye compounds and reagents including dideoxy polynucleotide sequencing and fragment analysis methods.(FR) A invention concerne une classe de composés à base de xanthène à substitution aromatique utiles en tant que colorants fluorescents, lesquels composés présentent une structure générale (I), dans laquelle Y1 et Y2, pris séparément, sont sélectionnés dans le groupe constitué par hydroxyle, oxygène, imminium, groupe de liaison et amine, ou Y1, pris avec R2, représente imine cyclique, ou Y2, pris avec R3, représente amine cyclique; R2, R3, R5 et R7, pris séparément, sont sélectionnés dans le groupe constitué par hydrogène, fluor, chlore, alkyle inférieur, alcène inférieur, alcyne inférieur, sulfonate, sulfone, amino, imminium, amido, nitrile, alcoxy inférieur, phényle et groupe de liaison; R1, pris séparément, est sélectionné dans le groupe constitué par phényle, phényle substitué, aromatique polycyclique, aromatique polycyclique substitué, groupe de liaison, et hétérocycle riche en électrons, ou, lorsqu'il est pris avec R7, est sélectionné dans le groupe constitué par hétérocycle riche en électrons et indène; R4, pris séparément, est sélectionné dans le groupe constitué par amino, amido, phényle, phényle substitué, aromatique polycyclique, aromatique polycyclique substitué, indène, groupe de liaison et hétérocycle riche en électrons, ou, lorsqu'il est pris avec R5, est sélectionné dans le groupe constitué par phényle, phényle substitué, aromatique polycyclique, aromatique polycyclique substitué, indène et hétérocycle riche en électrons; et R6 est sélectionné dans le groupe constitué par acétylène, alkyle inférieur, alcène inférieur, cyano, phényle, phényle substitué et aromatique hétérocyclique. Dans un deuxième aspect, l'invention concerne des procédés de synthèse de ces composés de colorant et de leurs intermédiaires. Dans un troisième aspect, la présente invention concerne des réactifs marqués avec ces composés de colorant à base de benzoxanthène asymétrique, y compris des désoxynucléotides, des didésoxynucléotides, des phosphoramidites et des polynucléotides. Dans un quatrième aspect, l'invention concerne des procédés utilisant ces composés de colorant et ces réactifs, notamment des procédés de séquençage de polynucléotides didésoxy et d'analyse de fragments.
披露了一类被用作荧光染料的芳香取代的xanthene化学物质,其一般结构为(I),其中Y1和Y2单独选取自含有的小分子基团(包括羟基、氧、邻近离子、 conjugated基团和胺),或Y1与R2一起构成离环氮;Y2与R3一起构成离环氨; R2、R3、R5和R7单独选取自含有的小分子基团(包括氢、氟、氯、较低的碳链烷基、较低的碳链烯基、较低的碳链三键基团、硫酸酯、 sulfone、氨基、邻近离子、酰胺、腈、较低的氧基、苯基和连接基团); R1单独选取自含有的小分子基团(包括苯基、取代苯基、多环芳香基、取代多环芳香基、连接基团、和富电子的杂环);当R1与R7一起选取时, R7选取自富电子的杂环和烷话题烯基(即类ilinearene的类比); R4单独选取自含有的小分子基团(包括氨基、酰胺、苯基、取代苯基、多环芳香基、取代多环芳香基、烷话题烯基、连接基团和富电子的杂环);当R4与R5一起选取时, R5选取自苯基、取代苯基、多环芳香基、取代多环芳香基、烷话题烯基和富电子的杂环; R6选取自含有的小分子基团(包括碳碳三键、较低的碳链烷基、较低的碳链烯基、羰基、苯基、取代苯基和杂环芳香基)中的成员。 从另一个方面,本发明还涉及合成上述染料化合物及其中间体的方法。 从另一个方面,本发明还涉及标注有不对称苯基xanthene染料的试剂,包括脱氧核苷酸、脱氧核苷酸二磷酸、磷酸二酯 amidites和多核苷酸。 从另一个方面,本发明还涉及利用这些染料和试剂的方法,其中包含多核苷酸二磷酸酸脱氧序列分析方法。