5’-(R)-C-methylthymidine | 129745-39-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5’-(R)-C-methylthymidine
• 英文别名: 5'-C-methylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[(1R)-1-hydroxyethyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 129745-39-7
• 化学式: C₁₁H₁₆N₂O₅
• 分子量: 256.258
• InChiKey: LNYGXHNMISPQJZ-BZNPZCIMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5’-(R)-C-methylthymidine 在 Escherichia coli uridine phosphorylase 、 磷酸肌酸 作用下， 以 aq. phosphate buffer 为溶剂， 生成 6-甲基尿嘧啶
  参考文献：
  名称：

  大肠杆菌尿苷磷酸化酶的底物特异性。尿苷磷酸分解中底物的高syn构象的进一步证据

  摘要：

  摘要已经测试了二十五个尿苷类似物，并就其与大肠杆菌尿苷磷酸化酶的结合能力与尿苷进行了比较。确定了在糖部分的2'-，3'-和5'-位以及杂环碱基的2-，4-，5-和6-位上修饰的尿苷衍生物的磷酸分解反应的动力学常数。2'-或5'-羟基的不存在对于成功的结合和磷酸分解不是至关重要的。另一方面，2'-和5'-羟基均不存在导致底物与酶结合的丧失。当不存在3'-羟基时，观察到相同的效果，从而强调了该基团的关键作用。我们的数据阐明了大肠杆菌尿苷磷酸化酶和大肠杆菌对核糖和2'-脱氧核糖核苷的识别机制。大肠杆菌胸苷磷酸化酶。在本研究中获得的动力学结果与可用的X射线结构进行比较，并对酶-底物复合物中的氢键进行分析，结果表明尿苷在尿苷磷酸化酶的活性位点采用了不同寻常的高Syn构象。

  DOI：

  10.1080/15257770.2016.1223306
• 作为产物：
  描述：

  5'-(R)-C-methyl-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]thymidine 在 吡啶 、 盐酸 、 silver nitrate 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 66.5h， 生成 5’-(R)-C-methylthymidine
  参考文献：
  名称：

  5'- C-甲基嘧啶修饰的寡核苷酸的双链热力学稳定性和增强的核酸酶抗性的结构基础

  摘要：

  尽管明智地使用化学修饰有助于核酸疗法的成功，但是较差的系统稳定性仍然是主要障碍。在磷酸骨架周围引入官能团可以增强寡核苷酸（ON）的核酸酶抗性。在这里，我们报告对映体纯（R）-和（S）-5'- C-甲基（C5'-Me）取代的核苷的合成及其掺入ONs中。这些修饰通常导致寡核苷酸（ON）双链体的热稳定性降低，其方式取决于C5'处的立体构型，且（R）-词首。由于用（R）-或（S）-C5'-Me核苷酸修饰ON的3'端，导致抗蛇毒磷酸二酯酶的稳定性增强。具有不同2'-取代基的（S）-异构体比相应的（R）-异构体对3'-核酸外切酶具有更大的抵抗力。具有（R）-或（S）-5'- C-甲基-2'-脱氧2'-氟尿苷[（R）-或（S）-C5'-Me-2'-FU]]分别表明，C5'-Me的立体化学取向和由烷基取代产生的空间效应是热稳定性的主要决定因素，并且可能是抗药性的分子起源。核酸酶。X射线和NMR结构分析表明

  DOI：

  10.1021/acs.joc.5b02375

文献信息

• Substrate Specificity of Thymidine Phosphorylase of<i>E. Coli</i>: Role of Hydroxyl Groups
  作者：Natalya G. Panova、Cyril S. Alexeev、Konstantin M. Polyakov、Sergei A. Gavryushov、Anatoliy M. Kritzyn、Sergey N. Mikhailov

  DOI：10.1080/15257770802257895

  日期：2008.11.13

  Substrate specificity of E. coli thymidine phosphorylase to pyrimidine nucleoside modified at 5 '-, 3 '-, and 2 '-positions of sugar moiety has been studied. Equilibrium (Keq) and kinetics constants of phosphorolysis reaction of nucleosides were measured. The most important hydrogen bonds in enzyme-substrate complex have been determined.
• GAPPED OLIGOMERIC COMPOUNDS COMPRISING 5'-MODIFIED DEOXYRIBONUCLEOSIDES IN THE GAP AND USES THEREOF
  申请人：Ionis Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：EP2742136B1

  公开（公告）日：2017-09-27
• US9752142B2
  申请人：——

  公开号：US9752142B2

  公开（公告）日：2017-09-05