5'-O-TBDMS-cytidine | 72409-16-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 5'-O-TBDMS-cytidine
• 英文别名: 5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)cytidine；5'-O-[tert-Butyl(dimethyl)silyl]cytidine；4-amino-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 72409-16-6
• 化学式: C₁₅H₂₇N₃O₅Si
• 分子量: 357.482
• InChiKey: FQURJFMVIDBLGD-OJAKKHQRSA-N

物化性质

• 沸点：
  480.8±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.30±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.47
• 重原子数：
  24
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.73
• 拓扑面积：
  118
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-TBDMS-cytidine 在 4-二甲氨基吡啶 、 迭氮酸 、 偶氮二甲酸二异丙酯 、 四丁基氟化铵 、 溶剂黄146 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 59.0h， 生成 5'-amino-2',3'-O-N⁴-tris(benzyloxycarbonyl)-5'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  设计，合成和评估人ST6Gal I的氨基甲酸酯连接的基于尿嘧啶的抑制剂。

  摘要：

  在细胞表面糖缀合物末端的唾液酸是细胞-细胞识别，受体结合和免疫应答中的关键元素。唾液酸化转移酶（ST）是负责唾液酸化聚糖生物合成的酶，在癌症中高度上调，并且所产生的肿瘤细胞表面过度唾液酸化与肿瘤的生长，转移和耐药性密切相关。因此，预期人类ST，特别是人类ST6Gal I的抑制剂是发现新型抗癌药物的有价值的化学工具。本文中，我们报道了基于尿苷的抑制剂的计算指导设计和开发，该抑制剂以中性氨基甲酸酯替代已知ST抑制剂的带电磷酸二酯键，以改善药代动力学性质和合成可及性。通过将芳基和杂芳基α-羟基膦酸酯与5'-氨基-5'-脱氧尿苷片段偶联，合成了一系列24个氨基甲酸酯连接的基于尿嘧啶的化合物。使用荧光酶标仪测定了新合成的化合物对重组人ST6Gal I的抑制活性，以及​​五种有前途的抑制剂确定的K i范围为1至20 µM。这些结果表明，氨基甲酸酯连接的基于尿嘧啶基的化合物是潜在的一类易于获得的，无细胞毒性的ST抑制剂，有待进一步研究。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2020.115561
• 作为产物：
  描述：

  N-benzoyl-5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)cytidine 以 甲醇 为溶剂， 反应 24.0h， 以49%的产率得到5'-O-TBDMS-cytidine
  参考文献：
  名称：

  Isomerization of tert-butyldimethylsilyl protecting groups in ribonucleosides

  摘要：

  DOI：

  10.1016/s0008-6215(00)85245-3

文献信息

• METHOD FOR SYNTHESIZING RIBONUCLEIC ACID H-PHOSPHONATE MONOMER, AND OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS IN WHICH SAID MONOMER IS USED
  申请人：GeneDesign, Inc.

  公开号：US20200331945A1

  公开（公告）日：2020-10-22

  The present invention pertains to a method for synthesizing a ribonucleic acid H-phosphonate monomer, and a method for performing oligonucleotide synthesis in which said monomer is used. The present invention pertains to a method for manufacturing an inexpensively manufacturable H-phosphonate nucleoside derivative in which selective protection is provided to position 2′ of a ribonucleoside monomer required in RNA oligonucleotide synthesis. The present invention is characterized in that: hydroxyl groups in position 2′ and position 3′, which have slightly different reactivity, are caused to react with an aromatic acyl halide at low temperature to selectively esterify position 2′; and subsequently the hydroxyl group at position 3′ in one pot is captured by a phosphityl group to prevent position 2′ and position 3′ transfer of the acyl group.

  本发明涉及一种合成核糖核酸H-膦酸酯单体的方法，以及一种在其中使用该单体的寡核苷酸合成方法。本发明涉及一种制造成本低廉的H-膦酸酯核苷衍生物的方法，其中对核糖核苷单体的2′位提供选择性保护，该单体在RNA寡核苷酸合成中所需。本发明的特点在于：在低温下使2′位和3′位的羟基（其反应性略有不同）与芳香酰卤反应，选择性地酯化2′位；随后，在同一反应容器中，通过磷酸酯基捕获3′位的羟基，以防止酰基的2′位和3′位转移。
• Novel Synthetic Approach to Multibenzoylated Nucleosides
  作者：Xue‐Feng Zhu、A. Ian Scott

  DOI：10.1080/00397910801916280

  日期：2008.4

  Abstract An improved and highly efficient synthetic approach to multibenzoylated nucleosides bearing free 5′‐hydroxyl groups is described here. By employing t-butyldimethylsilyl (TBDMS) rather than the more commonly used dimethoxytrityl (DMTr) as a temporary 5′‐OH protecting group of the starting nucleoside, this methodology provides the expected products in nearly quantitative yields, thereby substantially

  摘要 这里描述了一种改进的、高效的带有游离 5'-羟基的多苯甲酰化核苷的合成方法。通过使用叔丁基二甲基甲硅烷基 (TBDMS) 而不是更常用的二甲氧基三苯甲基 (DMTr) 作为起始核苷的临时 5'-OH 保护基团，该方法以接近定量的产率提供了预期的产品，从而大大降低了成本和工作量的合成。
• Efficient Synthesis of Exo-<i>N</i>-carbamoyl Nucleosides: Application to the Synthesis of Phosphoramidate Prodrugs
  作者：Jong Hyun Cho、Steven J. Coats、Raymond F. Schinazi

  DOI：10.1021/ol300777p

  日期：2012.5.18

  efficient protection protocol for the 6-exo-amino group of purine nucleosides with various chloroformates was developed utilizing N-methylimidazole (NMI). The reaction of an exo-N6-group of adenosine analogue 1 with alkyl/and aryl chloroformates under optimized conditions provided the N6-carbamoyl adenosines (2a–j) in good to excellent yields. The reaction of N6-Cbz-protected nucleosides (5a–c) with

  利用N-甲基咪唑 (NMI)开发了一种使用各种氯甲酸酯对嘌呤核苷的 6-外-氨基基团的有效保护方案。腺苷类似物1的外型- N 6 -基团与氯甲酸烷基酯/和芳基氯甲酸酯在优化条件下的反应提供了N 6 -氨基甲酰基腺苷 ( 2a – j ) 的良好收率。的反应Ñ 6 -Cbz保护的核苷（5A - ç用苯基磷酰氯（）7）使用吨-BuMgCl 然后催化氢化以优异的产率提供相应的氨基磷酸酯前核苷酸（8a - c）。
• Cytidine and ribothymidine nucleolipids synthesis, organogelation, and selective anion and metal ion responsiveness
  作者：Ashok Nuthanakanti

  DOI：10.1039/c9nj03276b

  日期：——

  diacylated ribothymidines produce stable organogels in various organic solvents, ranging from polar to non-polar solvents. Further, single-crystal and 1H NMR analysis indicated that multiple H-bonding, CH–π, hydrophobic effects and solvent-mediated interactions are the main driving forces for the organogelation. These supramolecular gels show a selective responsive behavior with respective fluoride and mercury

  将核苷酸的功能性应用扩展到天然核苷（例如胞苷和核苷胸腺嘧啶核苷）将有助于超分子凝胶和灵敏智能材料的开发。我们已经报道了长酰基链共轭的新型胞苷和核糖胞嘧啶核苷。众所周知，小的化学变化会导致核苷酸的自组装过程发生重大差异。当脂肪酸酰基链连接到胞苷（二酰化）或核糖胸苷（三酰化）上时，它不支持有机凝胶化。但是二酰基化核糖胸苷在各种有机溶剂（从极性到非极性溶剂）中都能产生稳定的有机凝胶。此外，单晶和1H NMR分析表明，多个H键，CH-π，疏水作用和溶剂介导的相互作用是有机凝胶化的主要驱动力。这些超分子凝胶通过凝胶向溶胶相转变显示出对相应的氟离子和汞离子的选择性响应行为。通过有毒金属离子的混合物，通过糖残基（糖– Hg 2+ –糖）介导的异常汞介导的碱基配对以及对核素7d的汞特异性已经得到了彻底的研究。
• Facile Deprotection of <i>O</i>-Cbz-Protected Nucleosides by Hydrogenolysis:  An Alternative to <i>O</i>-Benzyl Ether-Protected Nucleosides
  作者：David C. Johnson、Theodore S. Widlanski

  DOI：10.1021/ol048426w

  日期：2004.12.1

  effective protecting group for nucleosides. Benzyloxycarbamates provide an alternative to traditional benzyl ethers for protection of nucleoside hydroxyl groups, as they are much more labile to hydrogenolysis. Deprotection conditions using transfer hydrogenolysis are described that avoid the reduction of the pyrimidine nucleobase during deblocking of O-Cbz-protected nucleosides. Additionally, an experiment

  [反应：见正文]由于氢解过程中会发生副反应，因此苄基醚通常不是有效的核苷保护基。苄氧基氨基甲酸酯为保护核苷羟基提供了传统苄基醚的替代方法，因为它们对氢解的稳定性更高。描述了使用转移氢解的脱保护条件，其避免了在O-Cbz-保护的核苷的解封闭期间嘧啶核碱基的还原。另外，描述了表明核苷的核苷碱基组分导致核苷的缓慢氢解的实验。