5'-monomethoxytritylamino-2',5'-dideoxythymidine | 118849-15-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-monomethoxytritylamino-2',5'-dideoxythymidine
• 英文别名: 5'-N-(4-methoxytrityl)-5'-amino-5'-deoxy-thymidine；5'-MMT-amino-5'-deoxythymidine；5'-N-p-anisyldiphenylmethyl-5'-amino-5'-deoxythymidine；5'-amino-5'-N-monomethoxytritylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethyl]amino]methyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 118849-15-3
• 化学式: C₃₀H₃₁N₃O₅
• 分子量: 513.593
• InChiKey: FUJZHZNXGDUWGG-OYUWMTPXSA-N

物化性质

• 密度：
  1.263±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.7
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  100
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-monomethoxytritylamino-2',5'-dideoxythymidine 在 吡啶 、 ammonium hydroxide 、 sodium azide 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 氯仿 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 12.5h， 生成 [(2R,3S,5R)-2-({[(4-Methoxy-phenyl)-diphenyl-methyl]-amino}-methyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-ylamino]-acetic acid methyl ester
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of DNA analogues with novel carboxamidomethyl phosphonamide and glycinamide internucleoside linkages

  摘要：

  Thymidine oligonucleotide analogues with phosphodiester bonds fully substituted by carboxamidomethyl phosphonamide, or glycinamide linkages were synthesized on a solid support, and their hybridization properties toward DNA and RNA targets were determined by Tm analysis. (C) 1998 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/s0960-894x(98)00153-x
• 作为产物：
  描述：

  5-O-(4-甲基苯基磺酰基)胸腺嘧啶脱氧核苷 在 吡啶 、 sodium azide 、 palladium 10% on activated carbon 、 氢气 、 三乙胺 、 sodium iodide 作用下， 以 甲醇 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 25.0h， 生成 5'-monomethoxytritylamino-2',5'-dideoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  胍骨架寡核苷酸的无汞自动化合成

  摘要：

  报道了一种使用碘作为温和且廉价的偶联剂合成脱氧核胍 (DNG) 寡核苷酸的新方法。这种方法不需要以往用于制备 DNG 寡核苷酸的方法中使用的有毒汞盐和刺激性苯硫酚。这种偶联策略很容易转化为标准的 MerMade 12 寡核苷酸合成仪，偶联率为 95%，并且能够合成 20 mer DNG 寡核苷酸，这是迄今为止最长的 DNG 链，以及混合 DNA-DNG 序列与 3- 9 个 DNG 插件。重要的是，与没有明显细胞毒性的未修饰寡核苷酸相比，DNG 寡核苷酸表现出强大的独立细胞摄取。综合起来，

  DOI：

  10.1021/jacs.9b09937

文献信息

• Solid-Phase Synthesis of Positively Charged Deoxynucleic Guanidine (DNG) Tethering a Hoechst 33258 Analogue:  Triplex and Duplex Stabilization by Simultaneous Minor Groove Binding
  作者：Putta Mallikarjuna Reddy、Thomas C. Bruice

  DOI：10.1021/ja031557s

  日期：2004.3.1

  charged guanidine replaces the phosphodiester linkages, tethering to Hoechst 33258 fluorophore by varying lengths has been synthesized. A pentameric thymidine DNG was synthesized on solid phase in the 3' --> 5' direction that allowed stepwise incorporation of straight chain amino acid linkers and a bis-benzimidazole (Hoechst 33258) ligand at the 5'-terminus using PyBOP/HOBt chemistry. The stability

  脱氧核胍 (DNG) 是一种 DNA 类似物，其中带正电荷的胍取代了磷酸二酯键，通过不同长度与 Hoechst 33258 荧光团相连。在固相上以 3' --> 5' 方向合成了五聚体胸苷 DNG，允许使用 PyBOP/HOBt 化学在 5'-末端逐步掺入直链氨基酸接头和双苯并咪唑 (Hoechst 33258) 配体. (DNA)(2).DNG-H 三链体和 DNA.DNG-H 双链体的稳定性由 DNG 和 DNG-Hoechst 33258 (DNG-H) 偶联物​​与 30 聚体双链 (ds) DNA、d(CGCCGCGCGCGCGAAAAACCCGGCGCGCGC) 形成)/d(GCGGCGCGCGCGCTTTTTGGGCCGCGCGCG) 和单链 (ss) DNA，5'-CGCCGCGCGCGCGAAAAACCCGGCGCGCGC-3'，分别通过热熔解和荧光发射实验进行了评估。在
• Novel oligonucleotide analogues containing a morpholinoamidine unit
  作者：Sonia Pérez-Rentero、Javier Alguacil、Jordi Robles

  DOI：10.1016/j.tet.2008.11.069

  日期：2009.2

  were devised as new cationic units in oligonucleotides, by combining morpholino-nucleosides (to simplify the nomenclature, we will use the term morpholino-nucleosides to refer to nucleoside analogues in which the ribose ring was transformed into a morpholine) with internucleoside guanidines. Here, methodology was developed to synthesize oligonucleotides containing morpholinoamidines formed by morpholino-uridine

  通过结合吗啉代核苷（为简化命名，我们将使用吗啉代核苷一词来指代其中核糖环被转化为吗啉的核苷类似物）与核苷间胍，将吗啉代am啶设计为寡核苷酸中的新阳离子单元。在此，开发了合成包含由吗啉代尿苷和5'-氨基-5'-脱氧胸苷形成的吗啉代am的寡核苷酸的方法。吗啉代am是通过Alloc-吗啉代碳硫代酰胺与5'-氨基核苷酸树脂的固相反应和Mukaiyama的试剂活化而产生的。两个14聚体合成了包含单个吗啉代am的寡核苷酸，并通过形成DNA双螺旋和三螺旋来研究它们的亲和特性。双工通过3'单元略微稳定，但如果位于内部，则不稳定。值得注意的是，三重链在pH 7.0下显着稳定。
• Solid-Phase Synthesis of Oligodeoxynucleotides containing phosphoramidate internucleotide linkages and their specific chemical cleavage
  作者：Willi Bannwarth

  DOI：10.1002/hlca.19880710618

  日期：1988.9.28

  Oligonuclecotides bearing phosphoramidate internucleotide linkages can be prepared chemically by standard solid-phase DNA synthesis. Thus, phosphoramidate internucleotide bonds can be placed at will into specific positions within a given DNA fragment. The backbone-modified DNA fragments prepared in this way are susceptible to a specific chemical cleavage.

  带有氨基磷酸酯核苷酸间键的寡核苷酸可以通过标准的固相DNA合成进行化学制备。因此，可以将氨基磷酸酯核苷酸间键随意放置在给定DNA片段内的特定位置。以这种方式制备的经骨架修饰的DNA片段易受特定化学裂解的影响。
• Deoxynucleic Guanidines (DNG)- Modified Oligonucleotides and Methods of Synthesizing Deoxynucleic Guanidine Strands
  申请人：NORTHWESTERN UNIVERSITY

  公开号：US20200399304A1

  公开（公告）日：2020-12-24

  Disclosed herein are spherical nucleic acids (SNAs) comprising oligonucleotides comprising one or more modified oligonucleotides, and methods of use thereof. Also disclosed are methods of synthesizing modified oligonucleotides for use in therapeutics, including deoxynucleic guanidine (DNG)-modified oligonucleotides.

  本文披露了包含寡核苷酸的球形核酸（SNAs），其中寡核苷酸包括一个或多个修饰的寡核苷酸，并且其使用方法。还披露了用于合成用于治疗的修饰寡核苷酸的方法，包括脱氧核酸胍（DNG）修饰的寡核苷酸。
• Novel Dideoxynucleoside Derivatives
  申请人：Kitade Yukio

  公开号：US20080064868A1

  公开（公告）日：2008-03-13

  The present invention discloses a 5′-amino-2′-fluoro-2′,5′-dideoxynucleoside derivative represented by the following formula [1]: (wherein R 1 represents a nucleic acid base which may have a protecting group; R 2 represents a hydrogen atom or a protecting group of an amino group; R 3 represents a hydrogen atom or a protecting group of a hydroxyl group); a dideoxynucleoside-insoluble carrier bound substance prepared by binding said dideoxynucleoside derivative to an insoluble carrier, and an oligonucleotide analogue into which said dideoxynucleoside derivative is introduced. The oligonucleotide analogue being introduced with a dideoxynucleoside derivative of the present invention has excellent thermal stability and also high binding affinity when duplex is formed. Also, it is anticipated that it has high resistance to nucleases. Further, the dideoxynucleoside derivative of the present invention can be used as an amidite reagent to be used for nucleic acid synthesis, and also as a starting material for solid phase synthesis of nucleic acid by binding the amidite reagent to a solid phase.

  本发明公开了由下式[1]所表示的5'-氨基-2'-氟-2',5'-二脱氧核苷衍生物（其中R1表示可能具有保护基团的核酸碱基；R2表示氢原子或氨基的保护基团；R3表示氢原子或羟基的保护基团）；通过将该二脱氧核苷衍生物与不溶性载体结合而制备的二脱氧核苷载体结合物质；以及引入了该二脱氧核苷衍生物的寡核苷酸类似物。本发明引入了含有该二脱氧核苷衍生物的寡核苷酸类似物具有优异的热稳定性，当形成双链时也具有高结合亲和力。此外，预计它具有高核酸酶抵抗力。此外，本发明的二脱氧核苷衍生物可用作用于核酸合成的酰胺酯试剂，也可作为将酰胺酯试剂结合到固相上进行核酸固相合成的起始物料。