1-(2-deoxy-2-C-difluoromethyl-β-D-arabino-pentofuranosyl)uracil | 349654-62-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-(2-deoxy-2-C-difluoromethyl-β-D-arabino-pentofuranosyl)uracil
• 英文别名: 2'-Deoxy-2'-β-difluoromethyluridine；(2'S)-2'-deoxy-2'-C-difluoromethyluridine；1-[2-(Difluoromethyl)-2-deoxy-beta-D-arabinofuranosyl]uracil；1-[(2R,3S,4S,5R)-3-(difluoromethyl)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 349654-62-2
• 化学式: C₁₀H₁₂F₂N₂O₅
• 分子量: 278.212
• InChiKey: PJFANYRHLWNLCO-FJGDRVTGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.9
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  99.1
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(2-deoxy-2-C-difluoromethyl-β-D-arabino-pentofuranosyl)uracil 在 吡啶 、 二异丙基铵盐四氮唑 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 Diisopropyl-phosphoramidous acid (2R,3S,4S,5R)-2-[bis-(4-methoxy-phenyl)-phenyl-methoxymethyl]-4-difluoromethyl-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester 2-cyano-ethyl ester
  参考文献：
  名称：

  制备2'-和3'-二氟甲基尿苷衍生物的3'-和2'-O-亚磷酰胺的新方法。

  摘要：

  2'-脱氧-2'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（1）和3'-脱氧-3'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（7）的氢化得到相应的2'-和3 '-二氟甲基尿苷衍生物2a和8a。化合物2a，2b和8a，8b的去三苯甲基化导致形成1-（2-deoxy-2-C-difluoromethyl-beta-D-arabino-pentofuranosyl）尿嘧啶（3a）和1-（3-deoxy-3- C-二氟甲基-β-D-二甲苯基呋喃糖基）-尿嘧啶（9a）以及相应的次要异构体3b和9b。化合物3a和3b也由2′-脱氧-2′-二氟亚甲基-3′，5′-O-（四异丙基二硅氧烷-1，3-二基）尿苷（4）获得。最后，2a和8a的磷酸化提供了标题2'-和3'-O-磷酰胺6和10。

  DOI：

  10.1081/ncn-120006526
• 作为产物：
  描述：

  2'-deoxy-2'-difluoromethylene-5'-dimethoxytrityluridine 在 palladium on activated charcoal 氢气 、 溶剂黄146 作用下， 以 乙醇 、 水 为溶剂， 生成 1-(2-deoxy-2-C-difluoromethyl-β-D-arabino-pentofuranosyl)uracil
  参考文献：
  名称：

  某些2'-和3'-氟烷基取代的核苷和寡核苷酸的合成

  摘要：

  作为开发反义寡核苷酸的程序的一部分，作为癌基因表达的选择性抑制剂，其目的是研究在2'或3'-位被二氟亚甲基，二氟甲基和三氟甲基修饰的寡核苷酸的特性。预期此类寡核苷酸可能具有增加的针对核酸酶的稳定性以及改善的杂交性质和运输特性（1,2,3）。靶寡核苷酸的合成需要事先制备合适的核苷前体。发现在锌存在下，适当保护的2'和3'-酮核苷与结晶溴代二氟甲基[三（二甲基氨基）]-溴化reaction的反应可高产率获得2'和3'-二氟亚甲基核苷（4-6）。随后，这些化合物用作进一步转化的起始原料。因此，将2'-脱氧-2'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（3）和3'-脱氧-3'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（4）氢化，分别得到相应的2'和3'-二氟甲基尿苷衍生物2a / 2b（苏/赤6：1）和5a / 5b（苏/赤8：1）。化合物2a / 2b和5a / 5b的去三苯甲基化可提供两对非对映异构体3a

  DOI：

  10.1081/ncn-100002459

文献信息

• Synthesis of 3′-Deoxy-3′-difluoromethyluridine and 2′-Deoxy-2′-difluoromethyluridine
  作者：Stéphane Marcotte、Baudoin Gérard、Xavier Pannecoucke、Christian Feasson、Jean-Charles Quirion

  DOI：10.1055/s-2001-13419

  日期：——

  The synthesis of 3’-deoxy-3’-difluoromethyluridine (9) and 2’-deoxy-2’-difluoromethyluridine (7β) by hydrogenation of the corresponding difluoromethylene derivatives is described. A second synthesis of the latter has been performed. Starting from thymidine, a two-step procedure affords the benzylated furanoid glycal 12. Addition of dibromodifluoromethane gives the α-2’-deoxy-2’-bromodifluoromethylarabinose (13). This compound allowed an access to α- or β -2’-deoxy-2’-difluoromethyluridine via a SN2 type reaction on a α-halodeoxyarabinose species.

  介绍了通过氢化相应的二氟亚甲基衍生物合成 3'-deoxy-3'-difluoromethyluridine (9) 和 2'-deoxy-2'-difluoromethyluridine (7δ²)。对后者进行了第二次合成。从胸腺嘧啶开始，通过两步程序得到了苄基呋喃糖醛 12。加入二溴二氟甲烷可得到δ-2'-脱氧-2'-溴二氟甲基阿拉伯糖（13）。这种化合物可以通过 δ-卤代脱氧阿拉伯糖的 SN2 型反应获得 δ- 或 δ² -2'-脱氧-2'-二氟甲基尿苷。
• SYNTHESIS OF SOME 2′- AND 3′-FLUOROALKYL SUBSTITUTED NUCLEOSIDES AND OLIGONUCLEOTIDES
  作者：Pawel J. Serafinowski、Catherine A. Brown、Colin L. Barnes

  DOI：10.1081/ncn-100002459

  日期：2001.3.31

  (1,2,3). The synthesis of target oligonucleotides entailed prior preparation of the appropriate nucleoside precursors. It was found that reaction of suitably protected 2′and 3′-ketonucleosides with crystalline bromodifluoromethyl[tris (dimethylamino)]-phosphonium bromide in the presence of zinc gave 2′and 3′-difluoromethylene nucleosides in high yields (4–6). Subsequently, these compounds were used as

  作为开发反义寡核苷酸的程序的一部分，作为癌基因表达的选择性抑制剂，其目的是研究在2'或3'-位被二氟亚甲基，二氟甲基和三氟甲基修饰的寡核苷酸的特性。预期此类寡核苷酸可能具有增加的针对核酸酶的稳定性以及改善的杂交性质和运输特性（1,2,3）。靶寡核苷酸的合成需要事先制备合适的核苷前体。发现在锌存在下，适当保护的2'和3'-酮核苷与结晶溴代二氟甲基[三（二甲基氨基）]-溴化reaction的反应可高产率获得2'和3'-二氟亚甲基核苷（4-6）。随后，这些化合物用作进一步转化的起始原料。因此，将2'-脱氧-2'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（3）和3'-脱氧-3'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（4）氢化，分别得到相应的2'和3'-二氟甲基尿苷衍生物2a / 2b（苏/赤6：1）和5a / 5b（苏/赤8：1）。化合物2a / 2b和5a / 5b的去三苯甲基化可提供两对非对映异构体3a
• NEW METHOD FOR THE PREPARATION OF 3′- AND 2′-<i>O</i>-PHOSPHORAMIDITES OF 2′- AND 3′-DIFLUOROMETHYLURIDINE DERIVATIVES
  作者：Pawel J. Serafinowski、Catherine A. Brown

  DOI：10.1081/ncn-120006526

  日期：2002.4.15

  methylene-5'-O-dimethoxytrityluridine (7), gave the corresponding 2'- and 3'-difluoromethyluridine derivatives 2a and 8a. Detritylation of compounds 2a, 2b and 8a, 8b resulted in the formation of 1-(2-deoxy-2-C-difluoromethyl-beta-D-arabino-pentofuranosyl)uracil (3a) and 1-(3-deoxy-3-C-difluoromethyl-beta-D-xylo-pento furanosyl)- uracil (9a) as well as corresponding minor isomers 3b and 9b. Compounds

  2'-脱氧-2'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（1）和3'-脱氧-3'-二氟亚甲基-5'-O-二甲氧基三苯甲基吡啶（7）的氢化得到相应的2'-和3 '-二氟甲基尿苷衍生物2a和8a。化合物2a，2b和8a，8b的去三苯甲基化导致形成1-（2-deoxy-2-C-difluoromethyl-beta-D-arabino-pentofuranosyl）尿嘧啶（3a）和1-（3-deoxy-3- C-二氟甲基-β-D-二甲苯基呋喃糖基）-尿嘧啶（9a）以及相应的次要异构体3b和9b。化合物3a和3b也由2′-脱氧-2′-二氟亚甲基-3′，5′-O-（四异丙基二硅氧烷-1，3-二基）尿苷（4）获得。最后，2a和8a的磷酸化提供了标题2'-和3'-O-磷酰胺6和10。