N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)guanosine 3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylaminophosphoramidite] | 141913-05-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)guanosine 3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylaminophosphoramidite]
• 英文别名: N'-[9-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-6-oxo-1H-purin-2-yl]-N,N-dimethylmethanimidamide
• CAS: 141913-05-5
• 化学式: C₄₉H₆₇N₈O₈PSi
• 分子量: 955.179
• InChiKey: RQXRLANMGPTUJP-UTESLAMRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.32
• 重原子数：
  67
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.49
• 拓扑面积：
  167
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  12

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)guanosine 3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylaminophosphoramidite] 在 二氯乙酸 、 methylethylketone peroxide 、 邻苯二甲酸二甲酯 、 3 A molecular sieve 、 1H-imidazole perchlorate 作用下， 以 二氯甲烷 、 甲苯 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.66h， 生成 N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)guanosine 3'-(allyl 2-cyanoethyl phosphate)
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (c-di-GMP)

  摘要：

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.2089
• 作为产物：
  描述：

  鸟苷 在 吡啶 、 N-甲基咪唑 、 2,4,6-三甲基吡啶 、 氟化氢吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 23.25h， 生成 N²-(dimethylaminomethylene)-2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)guanosine 3'-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylaminophosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (c-di-GMP)

  摘要：

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.2089

文献信息

• Synthesis of cyclic bis(3′-5′)diguanylic acid (c-di-GMP) analogs
  作者：Mamoru Hyodo、Yumi Sato、Yoshihiro Hayakawa

  DOI：10.1016/j.tet.2006.01.025

  日期：2006.3

  paper reports the synthesis of cyclic bis(3′-5′)diguanylic acid (c-di-GMP) analogs, including the monophosphorothioic acid of c-di-GMP (c-GpGps), cyclic bis(3′-5′)guanylic/adenylic acid (c-GpAp), and cyclic bis(3′-5′)guanylic/inosinic acid (c-GpIp). These compounds are expected to be important, both in elucidating the mechanism of bioactive c-di-GMP and in designing and creating new bioactive c-di-GMP-related

  本文报道了环状双（3'-5'）双鸟苷酸（c -di-GMP）类似物的合成，包括c -di-GMP（c -GpGps）的单硫代磷酸，环状双（3'-5' ）鸟苷酸/腺苷酸（c -GpAp）和环状双（3'-5'）鸟苷酸/肌苷酸（c -GpIp）。预期这些化合物在阐明生物活性c -di-GMP的机理以及设计和产生新的与生物活性c -di-GMP相关的人工衍生物方面都是重要的。
• Quick Access to Nucleobase-Modified Phosphoramidites for the Synthesis of Oligoribonucleotides Containing Post-Transcriptional Modifications and Epitranscriptomic Marks
  作者：Kamil Ziemkiewicz、Marcin Warminski、Radoslaw Wojcik、Joanna Kowalska、Jacek Jemielity

  DOI：10.1021/acs.joc.2c01390

  日期：2022.8.5

  nucleobases of commercially available nucleoside phosphoramidites. This method involves the deprotonation of amide groups under phase-transfer conditions and subsequent reaction with electrophilic molecules such as alkyl halides or organic isocyanates. Using this approach, we obtained 10 different classes of modified nucleoside phosphoramidites suitable for the synthesis of oligonucleotides, including several

  在这里，我们报告了一种简单的一步程序，用于修改市售核苷亚磷酰胺的核碱基中的N-亲核基团。该方法涉及在相转移条件下使酰胺基团去质子化，并随后与诸如烷基卤化物或有机异氰酸酯等亲电子分子反应。使用这种方法，我们获得了 10 种不同类型的适合合成寡核苷酸的修饰核苷亚磷酰胺，包括在天然 RNA 或 DNA 中发现的几种非规范核苷酸（例如，m 6 A、i 6 A、m 1 A、g 6 A、m 3 ℃，米4 ℃，米3 U，米1G 和 m 2 G)。核碱基的这种修饰是各种生物体中 RNA 稳定性和翻译活性的转录后调节的常见机制。为了更好地理解这一过程，必须识别和表征相关的细胞识别伙伴（例如蛋白质）。然而，这一步骤受到了对含有此类修饰核苷酸的分子工具的有限访问的阻碍。
• Synthesis of cyclic di-nucleotidic acids as potential inhibitors targeting diguanylate cyclase
  作者：Shi Min Ching、Wan Jun Tan、Kim Lee Chua、Yulin Lam

  DOI：10.1016/j.bmc.2010.07.068

  日期：2010.9

  Five analogs of cyclic di-nucleotidic acid including c-di-GMP were synthesized and evaluated for their biological activities on Slr1143, a diguanylate cyclase of Synechocystis sp. Slr1143 was overexpressed from the recombinant plasmid which contained the gene of interest and subsequently purified by affinity chromatography. A new HPLC method capable of separating the compound and product peaks with good resolution was optimized and applied to the analysis of the compounds. Results obtained show that cyclic di-inosinylic acid 1b demonstrates a stronger inhibition on Slr1143 than c-di-GMP and is a potential inhibitor for biofilm formation. (c) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• An Improved Method for Synthesizing Cyclic Bis(3′–5′)diguanylic Acid (<i>c</i>-di-GMP)
  作者：Mamoru Hyodo、Yoshihiro Hayakawa

  DOI：10.1246/bcsj.77.2089

  日期：2004.11

  This paper describes a new method for synthesizing biologically important cyclic bis(3′–5′)diguanylic acid (c-di-GMP) in a higher yield than that previously reported to be available by our synthetic method. In the new synthesis, the following two means, in place of those used in the previously reported synthesis, are employed as main strategies to obtain an increase in product yield. One is the use of di-tert-butylsilanediyl protection for 3′- and 5′-hydroxy groups of guanosine; this method allows regioselective production of a 2′-O-(tert-butyldimethylsilyl)guanosine derivative that is a key intermediate for the synthesis. The other is the use of a dimethylformamidine group as a protector for the 2-NH2 function of the guanine base, which can be easily introduced and results in an excellent yield.

  本文描述了一种新方法，用于合成生物重要的环状双(3′–5′)二鸟苷酸 (c-di-GMP)，其产量高于我们之前报道的合成方法。本新合成方法采用以下两种手段，替代之前所使用的方法，作为提高产物产量的主要策略。其中之一是使用二叔丁基硅烷保护基团保护鸟苷的 3′-和 5′-羟基；该方法允许选择性合成 2′-O-(叔丁基二甲基硅基)鸟苷衍生物，这是合成过程中的关键中间体。另一个是使用二甲基甲酰胺基作为鸟嘌呤碱基 2-NH2 功能的保护基，这种保护基易于引入并能获得优异的产量。