thymidine 5'-(3-amino-2,3,6-trideoxy-3C-methyl-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate) | 321847-76-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: thymidine 5'-(3-amino-2,3,6-trideoxy-3C-methyl-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate)
• 英文别名: thymidine-5'-diphospho-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-L-arabinohexose；TDP 4-epi-β-L-vancosamine；L-TDP-epi-vancosamine；4-O-desmethyl L-TPD-evernosamine；TDP β-epi-L-vancosamine；TDP-L-epi-vancosamine；dTDP-beta-L-4-epi-vancosamine；[(2R,4S,5R,6S)-4-amino-5-hydroxy-4,6-dimethyloxan-2-yl] [hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] hydrogen phosphate
• CAS: 321847-76-1
• 化学式: C₁₇H₂₉N₃O₁₃P₂
• 分子量: 545.377
• InChiKey: HRODALWRJULFHW-FMVYZHRWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.2
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.76
• 拓扑面积：
  237
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S,S)-S-adenosyl-L-methionine 、 thymidine 5'-(3-amino-2,3,6-trideoxy-3C-methyl-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate) 在 RubN₇ 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 dTDP-beta-L-evernosamine
  参考文献：
  名称：

  波霉素生物合成中亚硝基糖合酶触发的氧化碳-碳键断裂

  摘要：

  鲍霉素与临床上重要的抗癌次级代谢产物柔红霉素和多柔比星共同产生，它们是从 Streptomyces peucetius 中分离出来的糖基化蒽环类药物。鲍霉素的显着特征是存在附加到柔红胺的不寻常的缩醛部分，柔红霉素在从发酵液中酸提取柔红霉素的过程中会水解。鲍霉素缩醛的结构表明它很可能来自在 C3" 和 C4" 位置之间切割的未知 C3"-甲基脱氧糖。这得到了对鲍霉素/柔红霉素生物合成基因簇 (dox) 的分析的支持，该基因簇也编码与含有支链糖的蒽环类双糖的生产一致的推定蛋白质。尤其，dox 基因簇中的 dnmZ 基因与亚硝基合酶具有高度的翻译序列相似性，亚硝基合酶是一种黄素依赖性胺单加氧酶，参与氨基糖的四电子氧化为亚硝基糖。在本文中，我们证明 DnmZ 是一种氨基糖亚硝基合酶，它通过以前未表征的逆肟-醛醇反应启动 thymidine-5'-diphosphate-l-epi-vancosamine

  DOI：

  10.1021/ja404987r
• 作为产物：
  描述：

  thymidine-5'-diphosphate-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose 在 recombinant Amycolatopsis orientalis EvaD 、 recombinant Amycolatopsis orientalis EvaE 、 还原型辅酶II(NADPH)四钠盐 作用下， 反应 2.0h， 以55%的产率得到thymidine 5'-(3-amino-2,3,6-trideoxy-3C-methyl-β-L-arabino-hexopyranosyl diphosphate)
  参考文献：
  名称：

  依维尼诺霉素生物合成中的氨基糖氧化酶 ORF36 的结构和机制，

  摘要：

  Everninomicin 是一种高度修饰的八糖，属于抗生素正霉素家族，具有强效的革兰氏阳性抗生素活性，包括对多重耐药肠球菌和金黄色葡萄球菌的广谱功效。其独特的结构特征之一是硝基糖，即l- evernitrose，它的类似物装饰了各种天然产品。最近，我们从Micromonospora carbonacea var. 中鉴定了一种由orf36编码的亚硝基合酶。AFRICANA介导合成产生的胸苷二磷酸（TDP）的依赖黄素的双氧化-升-外延-vancosamine 到相应的亚硝基糖。在此，我们利用五酶体外途径来验证 ORF36 催化生物源性TDP - 1 - epi- vancosamine 的氧化，并确定 ORF36 是否对其任何生物合成祖细胞表现出催化能力，这些祖细胞是体内亚硝基合酶的候选底物. 祖细胞仅经历单氧化反应并终止于羟胺氧化态。在18 O 2存在下进行体外反应确定分子氧，而不是来自水中的氧，被结合到

  DOI：

  10.1021/bi101336u

文献信息

• A Systematic Investigation of the Synthetic Utility of Glycopeptide Glycosyltransferases
  作者：Markus Oberthür、Catherine Leimkuhler、Ryan G. Kruger、Wei Lu、Christopher T. Walsh、Daniel Kahne

  DOI：10.1021/ja052945s

  日期：2005.8.1

  bacterial secondary metabolites may be useful for the generation of sugar-modified analogues of bioactive natural products. Some glycosyltransferases have relaxed substrate specificity, and it has been assumed that promiscuity is a feature of the class. As part of a program to explore the synthetic utility of these enzymes, we have analyzed the substrate selectivity of glycosyltransferases that attach similar

  参与细菌次级代谢产物生物合成的糖基转移酶可用于生成生物活性天然产物的糖修饰类似物。一些糖基转移酶具有宽松的底物特异性，并且已经假定滥交是该类的一个特征。作为探索这些酶合成效用计划的一部分，我们使用纯化的酶和化学合成的 TDP β- 分析了将类似的 2-脱氧-L-糖连接到万古霉素型糖肽苷元的糖基转移酶的底物选择性。 2-脱氧-L-糖类似物。我们表明，虽然这些糖肽糖基转移酶中的一些是混杂的，但其他糖肽糖基转移酶只能容忍它们将处理的底物的微小修改。例如，糖基转移酶 GtfC 和 GtfD，分别将 4-epi-L-vancosamine 和 L-vancosamine 转移到万古霉素假糖苷和氯定向素 B 的葡萄糖单元的 C-2，显示出适度放松的供体底物特异性对其天然苷元的糖基化。相比之下，GtfA，一种将 4-epi-L-vancosamine 连接到苄基位置的转移酶，仅利用与其天然 TDP 糖底
• A Practical Method for the Stereoselective Generation of β-2-Deoxy Glycosyl Phosphates
  作者：Markus Oberthür、Catherine Leimkuhler、Daniel Kahne

  DOI：10.1021/ol049187f

  日期：2004.8.1

  beta-2-Deoxy sugar nucleotides are substrates used by a variety of glycosyltransferases (Gtfs). We have developed a chemical route to synthesize beta-2-deoxy sugar phosphates that starts from a-glycosyl chlorides. Our approach reliably provides access to a range of NDP beta-2-deoxy sugars essential for studying glycosyltransferases involved in the synthesis of biologically active natural products.
• A Unifying Nitrososynthase Involved in Nitrosugar Biosynthesis
  作者：Yunfeng Hu、Ahmad Al-Mestarihi、Catherine L. Grimes、Daniel Kahne、Brian O. Bachmann

  DOI：10.1021/ja8051415

  日期：2008.11.26

  Herein we describe the cloning, functional expression and initial characterization of ORF36 from Micromonospora carbonacae var. africana and rubN8 from Streptomyces achromogenes var. rubradiris. The purified enzymes play the same role, the double-oxidation of TDP-evernosamine to TDP-evernitrosose in the everninomycin and rubradirin pathways, respectively.
• Nitrososynthase-Triggered Oxidative Carbon–Carbon Bond Cleavage in Baumycin Biosynthesis
  作者：Ahmad Al-Mestarihi、Anthony Romo、Hung-wen Liu、Brian O. Bachmann

  DOI：10.1021/ja404987r

  日期：2013.8.7

  sugar. Notably, the dnmZ gene in the dox gene cluster possesses high translated sequence similarity to nitrososynthases, which are flavin-dependent amine monooxygenases involved in the four-electron oxidation of amino sugars to nitroso sugars. Herein we demonstrate that DnmZ is an amino sugar nitrososynthase that initiates the conversion of thymidine-5'-diphosphate-l-epi-vancosamine to a ring-opened product

  鲍霉素与临床上重要的抗癌次级代谢产物柔红霉素和多柔比星共同产生，它们是从 Streptomyces peucetius 中分离出来的糖基化蒽环类药物。鲍霉素的显着特征是存在附加到柔红胺的不寻常的缩醛部分，柔红霉素在从发酵液中酸提取柔红霉素的过程中会水解。鲍霉素缩醛的结构表明它很可能来自在 C3" 和 C4" 位置之间切割的未知 C3"-甲基脱氧糖。这得到了对鲍霉素/柔红霉素生物合成基因簇 (dox) 的分析的支持，该基因簇也编码与含有支链糖的蒽环类双糖的生产一致的推定蛋白质。尤其，dox 基因簇中的 dnmZ 基因与亚硝基合酶具有高度的翻译序列相似性，亚硝基合酶是一种黄素依赖性胺单加氧酶，参与氨基糖的四电子氧化为亚硝基糖。在本文中，我们证明 DnmZ 是一种氨基糖亚硝基合酶，它通过以前未表征的逆肟-醛醇反应启动 thymidine-5'-diphosphate-l-epi-vancosamine
• Structure and Mechanism of ORF36, an Amino Sugar Oxidizing Enzyme in Everninomicin Biosynthesis,
  作者：Jessica L. Vey、Ahmad Al-Mestarihi、Yunfeng Hu、Michael A. Funk、Brian O. Bachmann、T. M. Iverson

  DOI：10.1021/bi101336u

  日期：2010.11.2

  products and identifies an off-pathway product that correlates with the oxidation product of a progenitor substrate. The 3.15 Å resolution X-ray crystal structure of ORF36 reveals a tetrameric enzyme that shares a fold with acyl-CoA dehydrogenases and class D flavin-containing monooxygenases, including the nitrososynthase KijD3. However, ORF36 and KijD3 have unusually open active sites in comparison to these

  Everninomicin 是一种高度修饰的八糖，属于抗生素正霉素家族，具有强效的革兰氏阳性抗生素活性，包括对多重耐药肠球菌和金黄色葡萄球菌的广谱功效。其独特的结构特征之一是硝基糖，即l- evernitrose，它的类似物装饰了各种天然产品。最近，我们从Micromonospora carbonacea var. 中鉴定了一种由orf36编码的亚硝基合酶。AFRICANA介导合成产生的胸苷二磷酸（TDP）的依赖黄素的双氧化-升-外延-vancosamine 到相应的亚硝基糖。在此，我们利用五酶体外途径来验证 ORF36 催化生物源性TDP - 1 - epi- vancosamine 的氧化，并确定 ORF36 是否对其任何生物合成祖细胞表现出催化能力，这些祖细胞是体内亚硝基合酶的候选底物. 祖细胞仅经历单氧化反应并终止于羟胺氧化态。在18 O 2存在下进行体外反应确定分子氧，而不是来自水中的氧，被结合到