3'-O-(Fmoc)amino-thymidine-5'-triphosphate | 1159990-36-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: 3'-O-(Fmoc)amino-thymidine-5'-triphosphate
• 英文别名: 9H-fluoren-9-ylmethyl N-[(2R,3S,5R)-2-[[hydroxy-[hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxyphosphoryl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxycarbamate
• CAS: 1159990-36-9
• 化学式: C₂₅H₂₈N₃O₁₆P₃
• 分子量: 719.429
• InChiKey: QNNJMPBCLYNALA-BHDDXSALSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.2
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  266
• 氢给体数：
  6
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(Fmoc)amino-thymidine-5'-triphosphate 在 乙酸–三乙胺 、 乙腈 作用下， 以 哌啶 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.95h， 以to give 3′-O-amino-thymidine-5′-triphosphate as a colorless foam的产率得到3’-O-aminothymidine-5’-triphosphate
  参考文献：
  名称：

  Method for sequencing DNA and RNA by synthesis

  摘要：

  本发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及核酸类似物的组合物和过程领域。更具体地说，本发明涉及通过合成测序对寡核苷酸进行测序的组合物，以及利用这些组合物进行合成测序的过程。最具体地，本发明揭示了一种物质组成，即5'-核糖核苷酸和2'-脱氧核糖核苷酸的三磷酸盐，其中3'-OH基团被α构型的3'-ONHR基团所取代，其中R是H或CH3基团。还揭示了这些三磷酸盐，其中核碱基通过连接体携带报告基团，例如可以用于单个或多个复制DNA测序的荧光物种，或者可以通过超微观察可视化的标签。还揭示了使用这些组合物进行测序合成的过程。

  公开号：

  US07544794B1
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-(Fmoc)amino-thymidine 在 吡啶 、 2-氯-1,3,2-苯并二氧磷杂环己烷-4-酮 、 三正丁胺 、 三丁基焦磷酸铵 、 水 、 碘 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.59h， 生成 3'-O-(Fmoc)amino-thymidine-5'-triphosphate
  参考文献：
  名称：

  Method for sequencing DNA and RNA by synthesis

  摘要：

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及核酸类似物的组合物和过程领域。更具体地说，这项发明涉及一种允许通过合成测序寡核苷酸的组合物，以及利用这些组合物进行合成测序的过程。最具体地，本发明揭示了一种物质组合物，其中为核糖核苷酸和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸，其中3'-OH基团被3'-ONHR基团取代，且R为H或CH3基团。还公开了这些三磷酸，其中核碱基通过连接物携带报告基团，例如可用于单拷贝或多拷贝DNA测序的荧光物种，或者可通过超微显微镜可视化的标签。还公开了利用这些组合物进行合成测序的过程。

  公开号：

  US07544794B1

文献信息

• US7544794B1
  申请人：——

  公开号：US7544794B1

  公开（公告）日：2009-06-09
• Method for sequencing DNA and RNA by synthesis
  申请人：——

  公开号：US07544794B1

  公开（公告）日：2009-06-09

  This invention relates to the field of nucleic acid chemistry, more specifically to the field of compositions and processes that are nucleic acid analogs. More specifically, this invention relates to compositions that allow the sequencing of oligonucleotides by synthesis, and processes for sequencing by synthesis that exploit these compositions. Most specifically, the instant invention discloses compositions of matter that are 5′-triphosphates of ribo- and 2′-deoxyribonucleosides wherein the 3′-OH group is replaced by a 3′-ONHR group in the alpha configuration, wherein R is either a H or CH3 group. Also disclosed are these triphosphates where the nucleobase carries, via a linker, a reporter groups, such as a fluorescent species that can be used in single- or multi-copy DNA sequencing, or a tag that can be visualized by ultramicroscopy. Also disclosed are processes that use these compositions to do sequencing by synthesis.

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及核酸类似物的组合物和过程领域。更具体地说，这项发明涉及一种允许通过合成测序寡核苷酸的组合物，以及利用这些组合物进行合成测序的过程。最具体地，本发明揭示了一种物质组合物，其中为核糖核苷酸和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸，其中3'-OH基团被3'-ONHR基团取代，且R为H或CH3基团。还公开了这些三磷酸，其中核碱基通过连接物携带报告基团，例如可用于单拷贝或多拷贝DNA测序的荧光物种，或者可通过超微显微镜可视化的标签。还公开了利用这些组合物进行合成测序的过程。