1-((2R,4S,5R)-5-((tert-butyldimethylsilyloxy)methyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1011727-48-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-((2R,4S,5R)-5-((tert-butyldimethylsilyloxy)methyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• 英文别名: 5’-O-TBDMS-3’-O-propargylthymidine；5'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-O-propargylthymidine；prop-2-ynyl(-3)[TBDMS(-5)]2-deoxy-D-eryPenf(b)-thymin-1-yl；1-[(2R,4S,5R)-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-4-prop-2-ynoxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1011727-48-2
• 化学式: C₁₉H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 394.543
• InChiKey: OBYKJGRJBCHHKL-ARFHVFGLSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.17
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  7
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.68
• 拓扑面积：
  77.1
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,4S,5R)-5-((tert-butyldimethylsilyloxy)methyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以93%的产率得到1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Glycosyl-Nucleolipids as New Bioinspired Amphiphiles

  摘要：

  以叠氮胸苷为起始物，合成了四例具有单氟碳链或双碳氢链的甘油糖基-核苷酸类似物（GNL），产率良好。物化研究（表面张力测定、差示扫描量热法）表明，基于羟基丁酰胺的GNL的相变温度表现为吸热，与先前报道的基于双链甘油的GNL类似。本文报道的第二代含有游离核碱基的GNF显示出更好的表面活性（更低的界面张力），相较于第一代GNF。

  DOI：

  10.3390/molecules181012241
• 作为产物：
  描述：

  3-溴丙炔 、 5’-O-(叔丁基二甲基甲硅烷基)胸苷 在 sodium hydride 作用下， 以 四氢呋喃 、 mineral oil 为溶剂， 反应 7.0h， 以88%的产率得到1-((2R,4S,5R)-5-((tert-butyldimethylsilyloxy)methyl)-4-(prop-2-ynyloxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  单击化学方法，将截短侧耳素与核苷或无环核苷衍生物偶联，并将其与细菌核糖体结合。

  摘要：

  截短侧耳素及其衍生物是通过与核糖体结合而抑制细菌中蛋白质合成的抗菌药物。为了促进基于截短侧耳素的药物的合理设计，通过点击化学方案合成了19种截短侧耳素作为侧链延伸的截短侧耳素缀合物。通过23S rRNA中核苷酸U2506的化学足迹评估结合，所有结合物均以不同程度结合，反映了其与肽基转移酶中心的结合亲和力。侧链延伸部分还在位置U2585处显示了各种保护。对具有最高亲和力的结合物的对接研究支持以下结论：尽管存在各种结合，截短侧耳素骨架仍在相同的结合袋中结合。共轭三唑部分的位置很好，核碱基位于50S核糖体亚基的不同口袋中。与截短侧耳素本身相比，具有最高亲和力和明显更好结合的衍生物包含与截短侧耳素C-22的腺嘌呤9-基丙烯三唑缀合物。

  DOI：

  10.1021/jm800261u

文献信息

• Nucleoside dimers analogs containing floxuridine and thymidine with unnatural linker groups: synthesis and cancer line studies. Part III
  作者：Dagmara Baraniak、Piotr Ruszkowski、Daniel Baranowski、Grzegorz Framski、Jerzy Boryski

  DOI：10.1080/15257770.2019.1641206

  日期：2019.12.2

  Abstract Two series of novel fluorinated nucleosides dimers with an unnatural 1,2,3-triazole linkage were synthesized. The obtained molecules were prepared using “click” chemistry approach based on copper(I) catalyzed Huisgen azide–alkyne cycloaddition. It was performed between 3′- and 5′-azido-nucleosides as the azide components, and the 3′-O- and 5′-O-propargyl-nucleosides as the alkyne components

  摘要 合成了两个系列具有非天然1,2,3-三唑键的新型氟化核苷二聚体。获得的分子是使用基于铜（I）催化的 Huisgen 叠氮化物-炔烃环加成反应的“点击”化学方法制备的。它在作为叠氮化物组分的 3'-和 5'-叠氮基核苷和作为炔组分的 3'-O-和 5'-O-炔丙基核苷之间进行。基于对 3JHH、3JH1'C2 和 3JH1'C6 的分析，我们估计了糖部分的构象偏好和围绕糖苷键的方向。所有描述的核苷二聚体类似物都通过光谱方法表征，并评估了它们在三种人类癌细胞系中的体外细胞毒性：宫颈 (HeLa)、口腔 (KB) 和乳腺 (MCF-7)。
• Chelation-controlled regioselective alkylation of pyrimidine 2′-deoxynucleosides
  作者：R. Lucas、K. Teste、R. Zerrouki、Y. Champavier、M. Guilloton

  DOI：10.1016/j.carres.2009.10.021

  日期：2010.1

  Protection-deprotection steps, which are usually needed for regioselective alkylation of pyrimidine deoxynucleosides, can be avoided by choosing the appropriate solvent. The combined effects of low dielectric constant and possible sodium chelation by pyrimidine nucleosides may account for the unexpected regioselectivity observed in THF.

  通过选择合适的溶剂，可以避免通常需要进行嘧啶脱氧核苷的区域选择性烷基化的保护-脱保护步骤。低介电常数和嘧啶核苷可能的钠螯合的综合作用可能解释了在THF中观察到的意外区域选择性。
• [EN] REVERSIBLY BLOCKED NUCLEOSIDE ANALOGUES AND THEIR USE<br/>[FR] ANALOGUES DE NUCLÉOSIDES À BLOCAGE RÉVERSIBLE ET LEUR UTILISATION
  申请人：COMPLETE GENOMICS INC

  公开号：WO2017185026A1

  公开（公告）日：2017-10-26

  Reversibly blocked nucleoside analogues and methods of using such nucleoside analogues for sequencing of nucleic acids are provided.

  提供了可逆阻断的核苷类似物以及利用这些核苷类似物进行核酸测序的方法。
• Nucleoside dimers analogues with a 1,2,3-triazole linkage: conjugation of floxuridine and thymidine provides novel tools for cancer treatment. Part II
  作者：Dagmara Baraniak、Daniel Baranowski、Piotr Ruszkowski、Jerzy Boryski

  DOI：10.1080/15257770.2019.1610891

  日期：2019.11.2

  Abstract The fluorinated nucleoside dimers with a 1,2,3-triazole linkage are novel compounds within the field of bioorganic chemistry. We report on the synthesis and properties of two groups of nucleoside dimers analogs possessing a different arrangement of the 1,4-disubstituted 1,2,3-triazole linkage. Based on analysis of the 3JHH, 3JH1′C2, and 3JH1′C6 we estimated conformational preferences of sugar

  摘要具有1,2,3-三唑键的氟化核苷二聚体是生物有机化学领域中的新型化合物。我们报告了具有1,4-二取代的1,2,3-三唑键的不同排列的两组核苷二聚体类似物的合成和性质。基于对3JHH，3JH1'C2和3JH1'C6的分析，我们估计了糖部分的构象偏爱和糖苷键周围的方向。这些化合物显示出中等的抗癌活性，并在三种不同的癌细胞系中进行了细胞抑制研究。
• Solvent-controlled regioselective protection of 5′-O-protected thymidine
  作者：K. Teste、L. Colombeau、A. Hadj-Bouazza、R. Lucas、R. Zerrouki、P. Krausz、Y. Champavier

  DOI：10.1016/j.carres.2008.04.026

  日期：2008.7

  This paper describes an efficient procedure for selective 3'-O- or 3-N-protection of 5'-O-tert-butyldimethylsilylthymidine, depending on the use of aprotic polar solvents with low or high dielectric constant, respectively. These syntheses were activated by either ultrasound or microwaves. Several alkyl bromides offer a convenient route to prepare 3'-O- or 3-N-protected and functionalized thymidine derivatives. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.