核糖体将 3'-
氨酰基-tRNA 和 3'-肽基-tRNA 结合在一起,通过两种主要方式结合它们来实现肽基转移。首先,它们的反密码子环与 mRNA 结合,而 mRNA 本身锚定在
核糖体亚基界面上,通过与小
核糖体亚基解码中心的相互作用增强的连续反密码子:密码子配对。其次,它们的受体茎与肽基转移酶中心结合,该中心将 3'-
氨酰基和 3'-肽基末端对齐,以实现亲核
氨基和亲电酯羰基的最佳相互作用。推断内在密码子:反密码子结合可能是在
核糖体肽合成的早期阶段使 tRNA 3' 末端接近的主要因素,我们想知道原始
氨基酸是否可能已被分配给那些结合相应反密码子环的密码子最紧。通过测量反密码子茎环与短寡核苷酸的结合,我们确定家族盒密码子:反密码子配对通常比分裂盒密码子:反密码子配对更紧密。此外,我们发现两个家族盒反密码子茎环可以同时紧密结合一对连续密码子,而两个分裂盒反密码子茎环则不能。分配给家族框的
氨基酸对