羧基粘康酸内酯 | 13249-46-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 中文名称: 羧基粘康酸内酯
• 英文名称: γ-carboxymuconolactone
• 英文别名: γ-Carboxymuconolacton；2-(Carboxymethyl)-5-oxo-2,5-dihydro-2-furoic acid；2-(carboxymethyl)-5-oxofuran-2-carboxylic acid
• CAS: 13249-46-2
• 化学式: C₇H₆O₆
• 分子量: 186.121
• InChiKey: DHCUIDTZCMREHG-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  586.8±45.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.655±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  13
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  101
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  羧基粘康酸内酯 在 γ-carboxy-muconolactone decarboxylase 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 0.08h， 生成 3-氧代己二酸
  参考文献：
  名称：

  PcaHG，PcaB和PcaL催化的分解代谢反应的体外重建：何氏红球菌RHA1中β-酮己二酸途径的原儿茶酸分支。

  摘要：

  β-酮己二酸途径是微生物中芳香族化合物分解代谢的主要途径。基因组测序的最新进展已导致可利用的遗传数据库中来自β-酮己二酸途径的基因迅速积累，但这些基因的功能仍未表征。在这项研究中，何氏红球菌的β-酮己二酸途径的原儿茶酸分支在体外被重建。通过高效液相色谱法分析了PcaHG，PcaB和PcaL的反应产物。使用LC-MS和核磁共振进一步表征了这些反应产物β-酮己二酸酯烯醇-内酯，3-羧基-顺式，顺式-粘康酸酯，γ-羧基粘康内酯，粘康内酯和β-酮己二酸酯。此外，PcaL的体外反应 首次证明了由γ-羧基-粘康内酯脱羧酶和β-酮己二酸酯烯醇-内酯水解酶活性组成的双结构域蛋白。这项工作为分析与遗传数据库中沉积的β-酮己二酸途径增加有关的酶的催化特性提供了基础。

  DOI：

  10.1080/09168451.2014.993915
• 作为产物：
  描述：

  (1Z,3Z)-2-carboxy-muconic acid 在 3-carboxy-cis,cis-muconatecycloisomerase 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 0.08h， 生成 羧基粘康酸内酯
  参考文献：
  名称：

  PcaHG，PcaB和PcaL催化的分解代谢反应的体外重建：何氏红球菌RHA1中β-酮己二酸途径的原儿茶酸分支。

  摘要：

  β-酮己二酸途径是微生物中芳香族化合物分解代谢的主要途径。基因组测序的最新进展已导致可利用的遗传数据库中来自β-酮己二酸途径的基因迅速积累，但这些基因的功能仍未表征。在这项研究中，何氏红球菌的β-酮己二酸途径的原儿茶酸分支在体外被重建。通过高效液相色谱法分析了PcaHG，PcaB和PcaL的反应产物。使用LC-MS和核磁共振进一步表征了这些反应产物β-酮己二酸酯烯醇-内酯，3-羧基-顺式，顺式-粘康酸酯，γ-羧基粘康内酯，粘康内酯和β-酮己二酸酯。此外，PcaL的体外反应 首次证明了由γ-羧基-粘康内酯脱羧酶和β-酮己二酸酯烯醇-内酯水解酶活性组成的双结构域蛋白。这项工作为分析与遗传数据库中沉积的β-酮己二酸途径增加有关的酶的催化特性提供了基础。

  DOI：

  10.1080/09168451.2014.993915

文献信息

• Compositions and methods for improving tomato production
  申请人：NewLeaf Symbiotics, Inc.

  公开号：US10368547B2

  公开（公告）日：2019-08-06

  The present invention provides both compositions comprising Methylobacterium and compositions comprising Methylobacterium that are depleted of substances that promote growth of resident microorganisms on a tomato plant or seed. Also provided are methods for improving tomato production, methods of making the compositions, and methods of treating a tomato plant, plant part, or seed with the compositions comprising Methylobacterium.

  本发明提供了包含甲基细菌的组合物和包含甲基细菌的组合物，这些组合物去除了促进番茄植株或种子上常驻微生物生长的物质。本发明还提供了提高番茄产量的方法、组合物的制造方法，以及用包含甲基杆菌的组合物处理番茄植株、植株部分或种子的方法。
• Processes and host cells for genome, pathway, and biomolecular engineering
  申请人：enEvolv, Inc.

  公开号：US10370654B2

  公开（公告）日：2019-08-06

  The present disclosure provides compositions and methods for genomic engineering.

  本公开提供了基因组工程的组合物和方法。
• Methylobacterium compositions and plants, plant parts and seeds coated therewith
  申请人：NewLeaf Symbiotics, Inc.

  公开号：US10945441B2

  公开（公告）日：2021-03-16

  The present invention provides both compositions comprising Methylobacterium and compositions comprising Methylobacterium that are depleted of substances that promote growth of resident microorganisms on a lettuce plant or seed. Also provided are methods for improving lettuce production, methods of making the compositions, and methods of treating a lettuce plant or seed with the compositions comprising Methylobacterium.

  本发明提供了包含甲基芽孢杆菌的组合物和包含甲基芽孢杆菌的组合物，这些组合物中缺少促进莴苣植物或种子上常驻微生物生长的物质。本发明还提供了提高莴苣产量的方法、制造组合物的方法以及用包含甲基杆菌的组合物处理莴苣植物或种子的方法。
• Complete genome and protein sequence of the hyperthermophile methanopyrus kandleri av19 and monophyly of archael methanogens and methods of use thereof
  申请人：Slesarev Alexei

  公开号：US20060068386A1

  公开（公告）日：2006-03-30

  We have determined the complete 1,694,969 nucleotide sequence of the GC-rich genome of Methanopyrus kandleri using a novel approach. It is based on unlinking genomic DNA with the ThermoFidelase version of M. kandleri topoisomerase V and cycle sequencing directed by 2′-modified oligonucleotides (Fimers). 3.3× sequencing redundancy was sufficient to assemble the genome with <1 error per 40 kb. Using a combination of sequence database searches and coding potential prediction, 1692 protein-coding genes and 39 genes for structural RNAs were identified. M. kandleri proteins show an unusually high content of negatively charged amino acids, which might be an adaptation to its high intracellular salinity. Previous phylogenetic analysis of 16S RNA suggested that M. kandleri belonged to a very deep branch, close to the root of the archaeal tree. However, genome comparisons, using both trees constructed from concatenated alignments of ribosomal proteins and trees based on gene content, indicate that M. kandleri consistently groups with other archaeal methanogens. M. kandleri shares the set of genes implicated in methanogenesis and, in part, its operon organization with Methanococcus jannaschii and Methanothermobacter thermoautotrophicus . These findings indicate that archaeal methanogens are monophyletic. A distinctive feature of M. kandleri is the paucity of proteins involved in signaling and regulation of gene expression: Also, M. kandleri appears to have fewer genes acquired via lateral transfer than other archaea. These features might reflect the extreme habitat of this organism.

  我们测定了富含 GC 的甲壳虫基因组 1 694 969 个核苷酸的完整序列。 Methanopyrus kandleri 采用了一种新方法。该方法基于用 ThermoFidelase 版本的 的 ThermoFidelase 版本解开基因组 DNA 拓扑异构酶 V 和 2′修饰寡核苷酸（Fimers）引导的循环测序。3.3 倍的测序冗余足以组装基因组，每 40 kb 的误差小于 1。通过序列数据库搜索和编码潜能预测相结合的方法，确定了 1692 个蛋白质编码基因和 39 个结构 RNA 基因。 M. kandleri 蛋白质显示出异常高的带负电荷氨基酸含量，这可能是为了适应其细胞内的高盐度。先前的 16S RNA 系统进化分析表明，M. 属于一个非常深的分支 属于一个很深的分支，靠近古菌树的根部。然而，利用核糖体蛋白质的连接排列构建的树和基于基因含量的树进行的基因组比较表明，M. kandleri 与其他古甲烷菌一致。 M. kandleri 与其他古甲烷菌有相同的甲烷发生基因集，其操作体组织也部分与 和 和 热自养甲烷杆菌 .这些发现表明，古甲烷菌是单系的。坎德勒氏甲烷菌的一个显著特点是 Kandleri 的一个显著特点是缺乏参与信号传导和基因表达调控的蛋白质：另外、 此外，M. 通过横向转移获得的基因似乎少于其他古细菌。这些特征可能反映了这种生物的极端生境。
• PROCESSES AND HOST CELLS FOR GENOME, PATHWAY, AND BIOMOLECULAR ENGINEERING
  申请人：enEvolv, Inc.

  公开号：EP3027754A1

  公开（公告）日：2016-06-08