N³-[2-(4-tolylsulfonyl)ethyl] uridine | 944127-02-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: N³-[2-(4-tolylsulfonyl)ethyl] uridine
• 英文别名: 1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-3-[2-(4-methylphenyl)sulfonylethyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 944127-02-0
• 化学式: C₁₈H₂₂N₂O₈S
• 分子量: 426.447
• InChiKey: CAEMEEOGSGKTKZ-MWQQHZPXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.8
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  153
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  对甲苯基乙烯基砜 、 尿嘧啶核苷 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 24.0h， 生成 N³-[2-(4-tolylsulfonyl)ethyl] uridine
  参考文献：
  名称：

  High-quality oligo-RNA synthesis using the new 2′-O-TEM protecting group by selectively quenching the addition of p-tolyl vinyl sulphone to exocyclic amino functions

  摘要：

  利用我们的 2′-O-（4-甲苯磺酰基）乙氧基甲基（2′-O-TEM）基团[Org. Biomol. Chem. 5, 333 (2007)]合成的寡核苷酸在由 F 促进的脱保护过程中，副产物对甲苯基乙烯基砜（TVS）形成。已证明形成的 TVS 会与完全脱保护寡核苷酸的腺苷 (A)、鸟苷 (G) 和胞苷 (C) 的外环氨基功能发生反应，生成不良加合物，然后通过 HPLC 进行纯化，并通过 1H、13C 异核多键相关 (HMBC) NMR 和质谱分析进行明确表征。研究发现，核碱基对 TVS 的相对亲核反应活性如下：N6-A；N4-C；N2-G；N3-U。不过，TVS 与 RNA 核碱基的这种反应性可以通过使用各种胺类作为清除剂来抑制，从而生成各种迈克尔加合物。在所有这些胺类中，吗啉和哌啶是最有效的 TVS 清除剂，即使是粗品也能得到高纯度的寡核糖核酸，可直接用于 RNA 化学生物学研究：RNA 合成、RNA 烷基化、对甲苯乙烯基砜、迈克尔加成。

  DOI：

  10.1139/v07-025

文献信息

• High-quality oligo-RNA synthesis using the new 2′-<i>O-</i>TEM protecting group by selectively quenching the addition of <i>p-</i>tolyl vinyl sulphone to exocyclic amino functions
  作者：Chuanzheng Zhou、Wimal Pathmasiri、Dmytro Honcharenko、Subhrangsu Chatterjee、Jharna Barman、Jyoti Chattopadhyaya

  DOI：10.1139/v07-025

  日期：2007.4.1

  During the F^–-promoted deprotection of the oligo–RNA, synthesized using our 2′-O-(4-tolylsulfonyl)ethoxymethyl (2′-O-TEM) group [Org. Biomol. Chem. 5, 333 (2007)], p-tolyl vinyl sulphone (TVS) is formed as a by-product. The TVS formed has been shown to react with the exocyclic amino functions of adenosine (A), guanosine (G), and cytidine (C) of the fully deprotected oligo–RNA to give undesirable adducts, which are then purified by HPLC and unambiguously characterized by ¹H, ¹³C Heteronuclear Multiple Bond Correlation (HMBC) NMR and mass spectroscopic analysis. The relative nucleophilic reactivities of the nucleobases toward TVS have been found to be the following: N⁶–A > N⁴–C > N²–G > > N³–U. This reactivity of TVS toward RNA nucleobases to give various Michael adducts could, however, be suppressed by using various amines as scavengers. Among all these amines, morpholine and piperidine are the most efficient scavenger for TVS, which gave highly pure oligo–RNA even in the crude form and can be used directly in RNA chemical biology studies.Key words: RNA synthesis, RNA alkylation, p-tolyl vinyl sulphone, Michael addition.

  利用我们的 2′-O-（4-甲苯磺酰基）乙氧基甲基（2′-O-TEM）基团[Org. Biomol. Chem. 5, 333 (2007)]合成的寡核苷酸在由 F 促进的脱保护过程中，副产物对甲苯基乙烯基砜（TVS）形成。已证明形成的 TVS 会与完全脱保护寡核苷酸的腺苷 (A)、鸟苷 (G) 和胞苷 (C) 的外环氨基功能发生反应，生成不良加合物，然后通过 HPLC 进行纯化，并通过 1H、13C 异核多键相关 (HMBC) NMR 和质谱分析进行明确表征。研究发现，核碱基对 TVS 的相对亲核反应活性如下：N6-A；N4-C；N2-G；N3-U。不过，TVS 与 RNA 核碱基的这种反应性可以通过使用各种胺类作为清除剂来抑制，从而生成各种迈克尔加合物。在所有这些胺类中，吗啉和哌啶是最有效的 TVS 清除剂，即使是粗品也能得到高纯度的寡核糖核酸，可直接用于 RNA 化学生物学研究：RNA 合成、RNA 烷基化、对甲苯乙烯基砜、迈克尔加成。