(R/S)-1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methyl-1-propanol | 1200461-10-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: (R/S)-1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methyl-1-propanol
• 英文别名: 1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methyl-1-propanol；1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methylpropan-1-ol
• CAS: 1200461-10-4
• 化学式: C₁₀H₁₂N₂O₅
• 分子量: 240.216
• InChiKey: VUFOWPYCHOHKDR-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  17
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  112
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R/S)-1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methyl-1-propanol 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 9-[β-D-2′-deoxyribofuranosyl]-6-chloro-7-[1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methylpropyloxy]methyl-7-deazapurine
  参考文献：
  名称：

  [EN] 5-METHOXY. 3'-OH UNBLOCKED, FAST PHOTOCLEAVABLE TERMINATING NUCLEOTIDES AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
  [FR] 5-MÉTHOXY-NUCLÉOTIDES À TERMINAISON RAPIDEMENT PHOTOCLIVABLE NON BLOQUÉS EN 3'OH ET PROCÉDÉS DE SÉQUENÇAGE D'ACIDE NUCLÉIQUE

  摘要：

  本发明通常涉及用于DNA和RNA测序和分析方法及系统中的3'-OH未阻断核苷酸和核苷的标记和未标记的5-甲氧基取代硝基苯基光致裂解终止基团。这些化合物可用作可逆终止剂，因为它们表现出快速的核苷酸结合动力学、单碱基终止、高核苷酸选择性和快速的终止基团裂解，导致自然发生的核苷酸。

  公开号：

  WO2013040257A1
• 作为产物：
  描述：

  2,6-二硝基苯胺 在 二碘甲烷 、 苯基溴化镁 、 亚硝酸异戊酯 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 9.08h， 生成 (R/S)-1-(2,6-dinitrophenyl)-2-methyl-1-propanol
  参考文献：
  名称：

  Nucleotides and nucleosides and methods for their use in DNA sequencing

  摘要：

  本发明一般涉及带标记和未标记的可切割终止基团以及用于DNA测序和其他类型的DNA分析的方法。更具体地，该发明部分涉及具有化学可切割、光解可切割、酶可切割或非光解可切割基团的核苷酸和核苷以及它们在DNA测序中的使用方法及其在生物医学研究中的应用。

  公开号：

  US09200319B2

文献信息

• Stereochemistry of Benzylic Carbon Substitution Coupled with Ring Modification of 2-Nitrobenzyl Groups as Key Determinants for Fast-Cleaving Reversible Terminators
  作者：Brian P. Stupi、Hong Li、Jinchun Wang、Weidong Wu、Sidney E. Morris、Vladislav A. Litosh、Jesse Muniz、Megan N. Hersh、Michael L. Metzker

  DOI：10.1002/anie.201106516

  日期：2012.2.13

  reversible terminators have been developed, which upon exposure to UV light generate natural hydroxymethyl nucleotides (see scheme). The combination of a stereospecific (S)‐tert‐butyl group (R) at the benzylic carbon and a 5‐OMe group (R′) on the 2‐nitrobenzyl ring substantially increase the rate of photochemical cleavage. For 7‐deaza‐7‐hydroxymethyl‐2′‐deoxyguanosine, these modifications led to a rate increase

  已经开发出一套完整的 2-硝基苄基修饰的可逆终止剂，它们在暴露于紫外线下时会产生天然的羟甲基核苷酸（见方案）。苄基碳上的立体特异性 ( S )-叔丁基 (R) 和 2-硝基苄基环上的 5-OMe 基团 (R') 的组合显着提高了光化学裂解的速率。对于 7-deaza-7-hydroxymethyl-2'-deoxyguanosine，这些修饰导致速率增加超过一个数量级。
• NUCLEOTIDES AND NUCLEOSIDES AND METHODS FOR THEIR USE IN DNA SEQUENCING
  申请人：LITOSH Vladislav A.

  公开号：US20100041041A1

  公开（公告）日：2010-02-18

  The present invention relates generally to labeled and unlabled cleavable terminating groups and methods for DNA sequencing and other types of DNA analysis. More particularly, the invention relates in part to nucleotides and nucleosides with chemically cleavable, photocleavable, enzymatically cleavable, or non-photocleavable groups and methods for their use in DNA sequencing and its application in biomedical research.

  本发明涉及标记和未标记的可断裂终止基团以及用于DNA测序和其他类型的DNA分析的方法。更具体地，本发明部分涉及具有化学可断裂、光解、酶解或非光解基团的核苷酸和核苷以及它们在DNA测序中的使用及其在生物医学研究中的应用。
• Nucleotides and Nucleosides and Methods for their Use in DNA Sequencing
  申请人：Litosh Vladislav A.

  公开号：US20130035237A1

  公开（公告）日：2013-02-07

  The present invention relates generally to labeled and unlabled cleavable terminating groups and methods for DNA sequencing and other types of DNA analysis. More particularly, the invention relates in part to nucleotides and nucleosides with chemically cleavable, photocleavable, enzymatically cleavable, or non-photocleavable groups and methods for their use in DNA sequencing and its application in biomedical research.

  本发明通常涉及带有标记和未标记的可断裂终止基团及其在DNA测序和其他类型的DNA分析中的方法。更具体地，本发明部分涉及具有化学可断裂、光解、酶解或非光解基团的核苷酸和核苷以及它们在DNA测序中的应用及其在生物医学研究中的应用方法。
• 3′-OH unblocked, fast photocleavable terminating nucleotides and methods for nucleic acid sequencing
  申请人：Stupi Brian

  公开号：US08889860B2

  公开（公告）日：2014-11-18

  The present invention relates generally to 3′-OH unblocked, labeled and unlabeled nucleotides and nucleosides with 5-methoxy-substituted nitrobenzyl-based photocleavable terminating groups for use in methods and systems related to DNA and RNA sequencing and analysis. These compounds, which may be represented by the following formulas: wherein the variables are defined herein, may be used as reversible terminators as they exhibit fast nucleotide incorporation kinetics, single-base termination, high nucleotide selectivity, and rapid terminating group cleavage that results in a naturally occurring nucleotide.

  本发明涉及3'-OH未阻塞、标记和未标记的核苷酸和核苷，其具有基于5-甲氧基取代硝基苯基的光致裂解终止基团，用于与DNA和RNA测序和分析相关的方法和系统。这些化合物可以表示为以下公式：其中变量在此定义，可以用作可逆终止剂，因为它们表现出快速核苷酸合成动力学、单碱基终止、高核苷酸选择性和快速终止基团裂解，从而产生自然存在的核苷酸。
• 3'-OH UNBLOCKED, FAST PHOTOCLEAVABLE TERMINATING NUCLEOTIDES AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
  申请人：STUPI Brian

  公开号：US20130122489A1

  公开（公告）日：2013-05-16

  The present invention relates generally to 3′-OH unblocked nucleotides and nucleosides labeled and unlabeled with 5-methoxy-substituted nitrobenzyl-based photocleavable terminating groups for use in methods and systems related to DNA and RNA sequencing and analysis. These compounds may be used as reversible terminators as they exhibit fast nucleotide incorporation kinetics, single-base termination, high nucleotide selectivity, and rapid terminating group cleavage that results in a naturally occurring nucleotide.

  本发明涉及一般用于DNA和RNA测序和分析方法和系统的5-甲氧基取代硝基苯基光解终止基团标记和未标记的3'-OH未阻断核苷酸和核苷的使用。这些化合物可用作可逆终止剂，因为它们表现出快速核苷酸合成动力学、单碱基终止、高核苷酸选择性和快速终止基团裂解，从而产生自然发生的核苷酸。