N-[2-(N-dithiasuccinoyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine | 249287-95-4

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机酸及其衍生物 - 羧酸及其衍生物
• 英文名称: N-[2-(N-dithiasuccinoyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine
• 英文别名: 2-[2-(3,5-Dioxo-1,2,4-dithiazolidin-4-yl)ethyl-[2-[2-oxo-4-(phenylmethoxycarbonylamino)pyrimidin-1-yl]acetyl]amino]acetic acid
• CAS: 249287-95-4
• 化学式: C₂₀H₁₉N₅O₈S₂
• 分子量: 521.532
• InChiKey: DEFGSVGYYGUIAG-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 熔点：
  198-200 °C
• 密度：
  1.59±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.4
• 重原子数：
  35
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  217
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  {(2-Amino-ethyl)-[2-(4-benzyloxycarbonylamino-2-oxo-2H-pyrimidin-1-yl)-acetyl]-amino}-acetic acid 在 sodium hydroxide 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 作用下， 以 乙醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 0.83h， 生成 N-[2-(N-dithiasuccinoyl)aminoethyl]-N-[[4-N-(benzyloxycarbonyl)cytosin-1-yl]acetyl]glycine
  参考文献：
  名称：

  Use of the Dithiasuccinoyl (Dts) Amino Protecting Group for Solid-Phase Synthesis of Protected Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomers^1-3

  摘要：

  "肽核酸"(PNA)寡聚体将DNA的寡核苷酸骨架替换为无手性且中性的聚[N-(2-氨基乙基)甘氨酸]骨架，并通过甲基 carbonyl 连接物将四个天然碱基连接到甘氨酸氮上。本研究描述了将N-omega-Boc/侧链Z保护的PNA单体高效转化为相应受硫化N-omega-二硫琥珀酰基(Dts)保护的衍生物。在酸性条件下去除Boc后，使用双(乙氧基 carbonyl)硫化物处理得到N-omega-乙氧基 carbonyl(Etc)衍生物，这些衍生物在 alpha-carboxyl 上被硅化，并与(chlorocarbonyl)sulfenyl chloride反应生成杂环。纯品单体的净收率为71-78%。固相模式下Dts基团的硫醇化去除条件，以及受保护单体的偶联条件，已得到广泛研究和优化。一种包含以下步骤的方案被用于固相合成：(i) 使用二硫苏糖醇(DTT)(0.5 M)在醋酸(HOAc)(0.5 M)-CH2Cl2(2 + 8分钟)中去除Dts；(ii) 使用N,N-二异丙基乙胺(DIEA)-CH2Cl2(1:19, 1 + 2分钟)进行短时间中和；(iii) 使用HBTU-DIEA(3:1)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP)中进行3小时的偶联。该方案应用于Dts-T-4-Gly-NH2、Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2、Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2和Dts-G(Z)-C(Z)-A(Z)-T-Gly-NH2的固相合成。所述受保护的PNA衍生物从载体上分离，并通过质谱法验证了其结构。

  DOI：

  10.1021/jo9824394

文献信息

• Use of the Dithiasuccinoyl (Dts) Amino Protecting Group for Solid-Phase Synthesis of Protected Peptide Nucleic Acid (PNA) Oligomers^1-3
  作者：Marta Planas、Eduard Bardají、Knud J. Jensen、George Barany

  DOI：10.1021/jo9824394

  日期：1999.10.1

  "Peptide nucleic acid" (PNA) oligomers replace the oligonucleotide backbone of DNA with an achiral and neutral poly[N-(2-aminoethyl)glycine] backbone, and the four-natural nucleobases are attached through methylene carbonyl linkages to the glycine nitrogens. The present work describes the efficient conversion of N-omega-Boc/side-chain Z-protected PNA monomers to the corresponding derivatives protected by the thiolyzable N-omega-dithiasuccinoyl (Dts) function. After acidolytic removal of Boc, treatment with bis(ethoxythiocarbonyl) sulfide gave the N-omega-ethoxythiocarbonyl (Etc) derivatives, which were silylated at the alpha-carboxyl and converted to the heterocycle by reaction with (chlorocarbonyl)sulfenyl chloride. Net yields of homogeneous monomers were 71-78%. Conditions in the solid-phase mode for thiolytic removal of the Dts group, and for coupling of protected monomers, have been studied extensively and optimized. A protocol featuring (i); Dts removal with dithiothreitol (DTT) (0.5 M) in acetic acid (HOAc) (0.5 M)-CH2Cl2 (2 + 8 min) (ii) short neutralization with N,N-diisopropylethylamine (DIEA)-CH2Cl2 (1:19, 1 + 2 min); and (iii) coupling mediated by HBTU-DIEA (3:1) in N-methyl-2-pyrrolidinone (NMP) (3 h) pas applied to the solid-phase synthesis of Dts-T-4-Gly-NH2, Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2, Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2, and Dts-G(Z)-C (Z)-A(Z)-T-Gly-NH2. The indicated protected PNA derivatives were released from the support, and their structures were verified by mass spectrometry.

  "肽核酸"(PNA)寡聚体将DNA的寡核苷酸骨架替换为无手性且中性的聚[N-(2-氨基乙基)甘氨酸]骨架，并通过甲基 carbonyl 连接物将四个天然碱基连接到甘氨酸氮上。本研究描述了将N-omega-Boc/侧链Z保护的PNA单体高效转化为相应受硫化N-omega-二硫琥珀酰基(Dts)保护的衍生物。在酸性条件下去除Boc后，使用双(乙氧基 carbonyl)硫化物处理得到N-omega-乙氧基 carbonyl(Etc)衍生物，这些衍生物在 alpha-carboxyl 上被硅化，并与(chlorocarbonyl)sulfenyl chloride反应生成杂环。纯品单体的净收率为71-78%。固相模式下Dts基团的硫醇化去除条件，以及受保护单体的偶联条件，已得到广泛研究和优化。一种包含以下步骤的方案被用于固相合成：(i) 使用二硫苏糖醇(DTT)(0.5 M)在醋酸(HOAc)(0.5 M)-CH2Cl2(2 + 8分钟)中去除Dts；(ii) 使用N,N-二异丙基乙胺(DIEA)-CH2Cl2(1:19, 1 + 2分钟)进行短时间中和；(iii) 使用HBTU-DIEA(3:1)在N-甲基-2-吡咯烷酮(NMP)中进行3小时的偶联。该方案应用于Dts-T-4-Gly-NH2、Dts-G(Z)-G(Z)-T-A(Z)-Gly-NH2、Dts-A(Z)-T-C(Z)-G(Z)-Gly-NH2和Dts-G(Z)-C(Z)-A(Z)-T-Gly-NH2的固相合成。所述受保护的PNA衍生物从载体上分离，并通过质谱法验证了其结构。