肟醚菌胺通过抑制病原菌细胞微粒体中呼吸途径之一的电子传递系统内的细胞色素b和C1间的作用而起效。它能够抑制病原菌生活史上的孢子发芽、附着器形成,进而阻碍侵入水稻体内稻瘟病菌和纹枯病菌丝的生长,从而控制发病茎株的增加。肟醚菌胺对一些对抗其他杀菌剂产生抗性的菌株有效且具有良好的持效性,但如果没有直接接触孢子或附着器,则效果较差。