5-{3-(2'-trifluoroacetamidoethoxy)propyn-1-yl}-2',3'-dideoxycytidine monophosphate | 204062-01-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪类
• 英文名称: 5-{3-(2'-trifluoroacetamidoethoxy)propyn-1-yl}-2',3'-dideoxycytidine monophosphate
• 英文别名: [(2S,5R)-5-[4-amino-2-oxo-5-[3-[2-[(2,2,2-trifluoroacetyl)amino]ethoxy]prop-1-ynyl]pyrimidin-1-yl]oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
• CAS: 204062-01-1
• 化学式: C₁₆H₂₀F₃N₄O₈P
• 分子量: 484.326
• InChiKey: PDNHJLFLJLIGCF-NWDGAFQWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.8
• 重原子数：
  32
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  173
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  四乙基碳酸氢铵 、 三丁基焦磷酸铵 、 5-{3-(2'-trifluoroacetamidoethoxy)propyn-1-yl}-2',3'-dideoxycytidine monophosphate 以 三正丁胺 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 5-{3-(2-trifluoroacetamidoethoxy)propyn-1-yl}-2',3'-dideoxycytidine triphosphate
  参考文献：
  名称：

  Substituted propargylethoxyamido nucleosides, oligonucleotides and

  摘要：

  揭示了具有以下结构的替代丙炔乙氧基氨基核苷：其中X从氨基烷酸、烷基氨基苯甲酸、α-氨基酸和4-氨基-2-丁炔酸组成的群体中选择。R.sub.1和R.sub.2分别选择自--H、低烷基、保护基和标记的群体中；R.sub.3从--H和低烷基组成的群体中选择。B是7-去氮嘌呤、嘌呤或嘧啶核苷碱基。当B是嘌呤或7-去氮嘌呤时，糖基团附加在嘌呤或去氮嘌呤的N.sup.9-位置，当B是嘧啶时，糖基团附加在嘧啶的N.sup.1-位置。当B是嘌呤时，相邻的三键碳附加在嘌呤的8-位置，当B是7-去氮嘌呤时，相邻的三键碳附加在7-去氮嘌呤的7-位置，当B是嘧啶时，相邻的三键碳附加在嘧啶的5-位置。W.sub.1从--H和--OH组成的群体中选择。W.sub.2是--OH或使核苷酸无法在3'-位置形成磷二酯键的基团。W.sub.3从--PO.sub.4、--P.sub.2O.sub.7、--P.sub.3O.sub.10、磷酸盐类似物和--OH组成的群体中选择。此外，提供了一种使用上述X-替代的丙炔乙氧基氨基核苷的引物延伸方法，并提供了包含上述X-替代的丙炔乙氧基氨基核苷的多核苷酸。

  公开号：

  US05770716A1

文献信息

• Propargylethoxyamino nucleotide primer extensions
  申请人：The Perkin-Elmer Corporation

  公开号：US20020045180A1

  公开（公告）日：2002-04-18

  Propargylethoxyamino nucleosides are disclosed having the structure 1 wherein R 1 and R 2 are —H, lower alkyl, or label; B is a 7-deazapurine, purine, or pyrimidine nucleoside base; W 1 is —H or —OH; W 2 is —OH or a moiety which renders the nucleoside incapable of forming a phosphodiester bond at the 3′-position; and W 3 is —PO 4 , —P 2 O 7 , —P 3 O 10 , phosphate analog, or —OH. Additionally, a primer extension method is provided employing the above propargylethoxyamino nucleosides.

  本文披露了具有以下结构的丙炔乙氧氨基核苷：其中R1和R2为—H、低碳基或标记；B为7-脱氮嘌呤、嘌呤或嘧啶核苷碱基；W1为—H或—OH；W2为—OH或一种使核苷酸无法在3'-位点形成磷酸二酯键的基团；W3为—PO4、—P2O7、—P3O10、磷酸盐类似物或—OH。此外，还提供了一种使用上述丙炔乙氧氨基核苷的引物延伸方法。
• Propargylethoxyamino nucleotides
  申请人：PE Corporation (NY)

  公开号：US20030148470A1

  公开（公告）日：2003-08-07

  Propargylethoxyamino nucleosides are disclosed having the structure 1 wherein R 1 and R 2 are —H, lower alkyl, or label; B is a 7-deazapurine, purine, or pyrimidine nucleoside base; W 1 is —H or —OH; W 2 is —OH or a moiety which renders the nucleoside incapable of forming a phosphodiester bond at the 3′-position; and W 3 is —PO 4 , —P 2 O 7 , —P 3 O 10 , phosphate analog, or —OH. Additionaly, a primer extension method is provided employing the above propargylethoxyamino nucleosides.

  本文揭示了具有以下结构的丙炔基乙氧基氨基核苷： 其中，R1和R2为—H、低碳基或标记；B为7-去氮嘌呤、嘌呤或嘧啶核苷酸碱基；W1为—H或—OH；W2为—OH或一种使核苷酸无法在3'-位点形成磷酸二酯键的基团；W3为—PO4、—P2O7、—P3O10、磷酸盐类似物或—OH。此外，提供了一种使用上述丙炔基乙氧基氨基核苷的引物延伸方法。
• PROPARGYLETHOXYAMINO NUCLEOTIDES
  申请人：Khan H. Shaheer

  公开号：US20060286561A1

  公开（公告）日：2006-12-21

  Propargylethoxyamino nucleosides are disclosed having the structure wherein R 1 and R 2 are —H lower alkyl, or label; B is a 7-deazapurine, purine, or pyrimidine nucleoside base; W 1 is —H or —H; W 2 is —H or a moiety which renders the nucleoside incapable of forming a phosphodiester bond at the 3′-position; and W 3 is —PO 4 , —P 2 O 7 , —P 3 O 10 , phosphate analog, or —OH. Additionaly, a primer extension method is provided employing the above propargylethoxyamino nucleosides.

  本文揭示了具有以下结构的丙炔基乙氧基氨基核苷： 其中R1和R2是—H低碳基或标记；B是7-去氮嘌呤，嘌呤或嘧啶核苷碱基；W1是—H或—H；W2是—H或使核苷酸在3'-位点无法形成磷酸二酯键的基团；W3是—PO4，—P2O7，—P3O10，磷酸盐类似物或—OH。此外，提供了一种使用上述丙炔基乙氧基氨基核苷的引物延伸方法。
• SUBSTITUTED PROPARGYLETHOXYAMIDO NUCLEOSIDES
  申请人：PE Corporation (NY)

  公开号：EP0923597B1

  公开（公告）日：2001-09-26
• US5770716A
  申请人：——

  公开号：US5770716A

  公开（公告）日：1998-06-23