methyl 2-(4-((2,4,6-trioxotetrahydropyrimidin-5(2H)-ylidene)methyl)phenoxy)acetate | 6138-21-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 苯和取代衍生物
• 英文名称: methyl 2-(4-((2,4,6-trioxotetrahydropyrimidin-5(2H)-ylidene)methyl)phenoxy)acetate
• 英文别名: methyl {4-[(2,4,6-trioxotetrahydropyrimidin-5(2H)-ylidene)methyl]phenoxy}acetate；methyl 2-[4-[(2,4,6-trioxo-1,3-diazinan-5-ylidene)methyl]phenoxy]acetate
• CAS: 6138-21-2
• 化学式: C₁₄H₁₂N₂O₆
• 分子量: 304.259
• InChiKey: DRJZANBOOKKVTE-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.9
• 重原子数：
  22
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.14
• 拓扑面积：
  111
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  对羟基苯甲醛 在 sodium hydride 作用下， 以 乙醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 24.67h， 生成 methyl 2-(4-((2,4,6-trioxotetrahydropyrimidin-5(2H)-ylidene)methyl)phenoxy)acetate
  参考文献：
  名称：

  非尿嘧啶环片段与结核分枝杆菌尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (MtUng) 复合物的晶体结构作为新型抑制剂设计的起点：巴比妥酸片段的案例研究

  摘要：

  尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG 或 Ung）是参与从 DNA 中切除尿嘧啶作为修复机制的关键酶。因此，设计 Ung 抑制剂是治疗不同癌症和传染病的一种有前景的策略。尿嘧啶环及其衍生物已被证明可以抑制结核分枝杆菌Ung ( Mt Ung)，这是由于与尿嘧啶结合袋 (UBP) 特异性且强烈的结合所致。为了设计新型Mt Ung 抑制剂，我们筛选了几个假设占据Mt Ung UBP 的非尿嘧啶环片段，因为它们与尿嘧啶结构基序高度相似。这些努力导致新型Mt Ung 环抑制剂的发现。在这里，我们报告了这些片段的共结晶姿势，证实了它们在 UBP 内的结合，从而为新型先导化合物的设计提供了稳健的结构框架。我们选择巴比妥酸(BA) 环作为进一步衍生化和SAR 分析的案例研究。建模研究预测所设计的类似物的 BA 环与Mt Ung UBP相互作用，就像尿嘧啶环一样。使用放射性和基于荧光的测定法在体外筛选合成的化合物这些研究产生了一种新型的基于

  DOI：

  10.1016/j.ejmech.2023.115604

文献信息

• Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study with the barbituric acid fragment
  作者：Sharyu Kesharwani、Prateek Raj、Anju Paul、Koyel Roy、Amritansh Bhanot、Avani Mehta、Aiswarya Gopal、Umesh Varshney、Balasubramanian Gopal、Sandeep Sundriyal

  DOI：10.1016/j.ejmech.2023.115604

  日期：2023.10

  in the discovery of novel MtUng ring inhibitors. Here we report the co-crystallised poses of these fragments, confirming their binding within the UBP, thus providing a robust structural framework for the design of novel lead compounds. We selected the barbituric acid (BA) ring as a case study for further derivatisation and SAR analysis. The modelling studies predicted the BA ring of the designed analogues

  尿嘧啶DNA糖基化酶（UDG 或 Ung）是参与从 DNA 中切除尿嘧啶作为修复机制的关键酶。因此，设计 Ung 抑制剂是治疗不同癌症和传染病的一种有前景的策略。尿嘧啶环及其衍生物已被证明可以抑制结核分枝杆菌Ung ( Mt Ung)，这是由于与尿嘧啶结合袋 (UBP) 特异性且强烈的结合所致。为了设计新型Mt Ung 抑制剂，我们筛选了几个假设占据Mt Ung UBP 的非尿嘧啶环片段，因为它们与尿嘧啶结构基序高度相似。这些努力导致新型Mt Ung 环抑制剂的发现。在这里，我们报告了这些片段的共结晶姿势，证实了它们在 UBP 内的结合，从而为新型先导化合物的设计提供了稳健的结构框架。我们选择巴比妥酸(BA) 环作为进一步衍生化和SAR 分析的案例研究。建模研究预测所设计的类似物的 BA 环与Mt Ung UBP相互作用，就像尿嘧啶环一样。使用放射性和基于荧光的测定法在体外筛选合成的化合物这些研究产生了一种新型的基于