9-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}壬酸 | 212688-52-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 中文名称: 9-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}壬酸
• 英文名称: fmoc-9-aminononanoic acid
• 英文别名: 9-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)nonanoic acid
• CAS: 212688-52-3
• 化学式: C₂₄H₂₉NO₄
• 分子量: 395.499
• InChiKey: LWISAKTUHDLUTN-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  605.7±38.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.158±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.3
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  75.6
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  4

安全信息

• 危险性防范说明：
  P261,P305+P351+P338
• 危险性描述：
  H302,H315,H319,H335

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  9-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}壬酸 、 、 三氟乙酸 、 Fmoc-Pbf-L-精氨酸 在 6-chloro-3-((dimethylamino)(dimethyliminio)methyl)-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-3-ium-1-olatehexafluorophosphate(V) 、 N,N-二异丙基乙胺 、 哌啶 作用下， 以 N-甲基吡咯烷酮 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.17h， 以26%的产率得到DPA938
  参考文献：
  名称：

  精氨酸连接的新霉素B二聚体：合成，rRNA结合和抗性酶活性† ‡

  摘要：

  组成核糖体解码中心的核苷酸是高度保守的，因为它们对于维持翻译保真度很重要。与人类类似物相比，细菌A位点的碱基变异较小，从而使氨基糖苷（AG）抗生素能够选择性地结合在核糖体的该区域内，并对微生物蛋白质的合成产生负面影响。这里，通过使用荧光位移筛选试验，我们表明，新霉素B（NEO）由连接的二聚物大号不同长度和组合物结合的连接体与相比于NEO模型A位的RNA更高的亲和力，与IC含精氨酸- 50值范围在〜40–70 nM之间，并且一定范围的接头长度表明，细菌A位RNA明显优于人类类似物。此外，AG修饰酶（AMEs），例如AG O-磷酸转移酶，在许多类型的传染性细菌中赋予抗生素抗性，它们在体外显示出对某些L-精氨酸连接的NEO二聚体的活性显着降低。这些二聚体对几种细菌菌株的抗微生物活性比其母体NEO弱。

  DOI：

  10.1039/c5md00427f

文献信息

• Design of Substrate Transmembrane Mimetics as Structural Probes for γ-Secretase
  作者：Sanjay Bhattarai、Sujan Devkota、Kathleen M. Meneely、Minli Xing、Justin T. Douglas、Michael S. Wolfe

  DOI：10.1021/jacs.9b13405

  日期：2020.2.19

  γ-secretase. Moreover, enzyme inhibition kinetics and photoaffinity probe displacement experiments demonstrate that both the docking exosite and the active site are engaged by the bipartite inhibitors. The solution conformations of these potent transmembrane-mimetic inhibitors are similar to those of bound natural substrates, suggesting these probes are preorganized for high-affinity binding and should

  γ-分泌酶是一种膜包埋的天冬氨酰蛋白酶复合物，在生物学和医学中处于核心地位。这种酶如何识别跨膜底物并催化脂双层中的水解尚不清楚。模拟整个底物跨膜结构域并与活性位点结合的抑制剂应该为结构生物学提供重要的工具，从而深入了解底物门控和捕获处于活性状态的蛋白酶。在这里，我们报告了 γ-分泌酶复合物的跨膜肽模拟抑制剂，其包含一个 N 端螺旋肽区域，该区域与底物对接外位点和 C 端过渡态类似物部分结合，靶向活性位点。γ-分泌酶的化学计量抑制需要这两个区域。而且，酶抑制动力学和光亲和探针置换实验表明，对接的外部位点和活性位点都被二分抑制剂接合。这些有效的跨膜模拟抑制剂的溶液构象与结合的天然底物的溶液构象相似，表明这些探针是为高亲和力结合而预先组织的，并且应该允许通过冷冻电子可视化准备用于膜内蛋白水解的活性 γ-分泌酶复合物显微镜。
• Design of Transmembrane Mimetic Structural Probes to Trap Different Stages of γ-Secretase–Substrate Interaction
  作者：Sanjay Bhattarai、Sujan Devkota、Michael S. Wolfe

  DOI：10.1021/acs.jmedchem.1c01395

  日期：2021.10.28

  substrate, identifying potent inhibitors for each class. These TMD mimetics exhibited non-competitive inhibition and occupy both the exosite and the active site, as demonstrated by inhibitor cross-competition experiments and photoaffinity probe binding assays. The new probes should be important structural tools for trapping different stages of substrate recognition and processing via ongoing cryo-electron

  阿尔茨海默病淀粉样前体蛋白的跨膜结构域 (TMD) 被 γ-分泌酶通过内切蛋白水解和三羧肽酶“修剪”逐步切割。我们最近开发了一种用于结构分析的原型底物 TMD 模拟物——由连接到过渡态类似物的螺旋肽抑制剂组成——它同时接合底物外部位点和活性位点，并预先组织以捕获羧肽酶过渡态。在这里，我们开发了这个原型的变体，旨在允许可视化内切蛋白水解、TMD 螺旋展开和底物横向门控的过渡状态，确定每个类别的有效抑制剂。这些 TMD 模拟物表现出非竞争性抑制并占据外部位点和活性位点，正如抑制剂交叉竞争实验和光亲和探针结合试验所证明的那样。新探针应该是用于捕获不同阶段的底物识别和处理的重要结构工具通过正在进行的带有γ-分泌酶的低温电子显微镜，最终有助于合理的药物设计。
• Compounds comprising pseudo-amino acids
  申请人：Betley Richard Jason

  公开号：US20050096456A1

  公开（公告）日：2005-05-05

  This invention relates to compounds, and in particular to polypeptides, their use and methods for their production. The polypeptides are produced from “pseudo-cystein” amino acids that facilitate the assembly of polypeptides by native chemical ligation. The invention provides a compound comprising a polypeptide, the polypeptide having at a C-terminal end a pseudo amino acid, the pseudo amino acid having a side chain containing a 1-amino-2-thiol moiety. For example the polypeptide comprises the structure: formula (I) wherein: R is a polypeptide chain; X is a linker.

  本发明涉及化合物，特别是多肽，它们的使用和制备方法。这些多肽是由“伪半胱氨酸”氨基酸产生的，它们通过天然化学连接促进多肽的组装。该发明提供了一种化合物，包括一个多肽，该多肽在C-末端具有伪氨基酸，该伪氨基酸具有一个侧链，其中包含1-氨基-2-硫基基团。例如，该多肽包括结构：式(I)，其中：R是一个多肽链；X是一个连接剂。
• COMPOUNDS COMPRISING PSEUDO-AMINO ACIDS
  申请人：AdProTech Limited

  公开号：EP1487860A1

  公开（公告）日：2004-12-22
• CYCLIC PEPTIDES, THEIR PREPARATION AND THEIR USE AS INHIBITORS OF THE PLATELET ADHESION
  申请人：SANOFI

  公开号：EP2598157B1

  公开（公告）日：2016-10-12