TDP-3-keto-4,6-dideoxy-D-glucose | 872470-99-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷酸
• 英文名称: TDP-3-keto-4,6-dideoxy-D-glucose
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,6R)-3-hydroxy-6-methyl-4-oxotetrahydro-2H-pyran-2-yl dihydrogen diphosphate；[hydroxy-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphoryl] [(2R,3S,6R)-3-hydroxy-6-methyl-4-oxooxan-2-yl] hydrogen phosphate
• CAS: 872470-99-0
• 化学式: C₁₆H₂₄N₂O₁₄P₂
• 分子量: 530.319
• InChiKey: RZMOCWAVIGQAOB-DIRLFQLBSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.8
• 重原子数：
  34
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.69
• 拓扑面积：
  228
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose 在 DesII from Streptomyces venezuelae 、 S-adenosyl methionine 作用下， 生成 TDP-3-keto-4,6-dideoxy-D-glucose
  参考文献：
  名称：

  自由基 S-腺苷甲硫氨酸酶 DesII 与 TDP-D-岩藻糖的机理研究

  摘要：

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。

  DOI：

  10.1002/anie.201409540

文献信息

• Stoichiometry of the Redox Neutral Deamination and Oxidative Dehydrogenation Reactions Catalyzed by the Radical SAM Enzyme DesII
  作者：Mark W. Ruszczycky、Sei-hyun Choi、Hung-wen Liu

  DOI：10.1021/ja909451a

  日期：2010.2.24

  TDP-d-desosamine. DesII also catalyzes the dehydrogenation of the nonphysiological substrate TDP-D-quinovose to TDP-3-keto-6-deoxy-d-glucose. These properties prompted an investigation of how DesII handles SAM in the redox neutral deamination versus the oxidative dehydrogenation reactions. This work was facilitated by the development of an enzymatic synthesis of TDP-4-amino-4,6-dideoxy-d-glucose that

  来自 Streptomyces venezuelae 的 DesII 是一种自由基 SAM（S-腺苷-l-甲硫氨酸）酶，可催化 TDP-4-amino-4,6-dideoxy-d-葡萄糖脱氨基形成 TDP-3-keto-4,6-双脱氧-d-葡萄糖在TDP-d-脱糖胺的生物合成中的作用。DesII 还催化非生理底物 TDP-D-quinovose 脱氢为 TDP-3-keto-6-deoxy-d-glucose。这些特性促使我们研究 DesII 如何在氧化还原中性脱氨反应与氧化脱氢反应中处理 SAM。TDP-4-amino-4,6-dideoxy-d-葡萄糖的酶促合成的发展促进了这项工作，该酶将转氨平衡与甲酸的热力学有利氧化相结合。在这项研究中，发现 DesII 消耗 SAM 与 TDP 糖的化学计量为 0.96 +/- 0.05 和 1.01 +/- 0。05 分别用于脱氨基和脱氢反应，使用
• Mechanistic Studies of the Radical<i>S</i>-Adenosylmethionine Enzyme DesII with TDP-<scp>D</scp>-Fucose
  作者：Yeonjin Ko、Mark W. Ruszczycky、Sei-Hyun Choi、Hung-wen Liu

  DOI：10.1002/anie.201409540

  日期：2015.1.12

  DesII is a radical S‐adenosylmethionine (SAM) enzyme that catalyzes the C4‐deamination of TDP‐4‐amino‐4,6‐dideoxyglucose through a C3 radical intermediate. However, if the C4 amino group is replaced with a hydroxy group (to give TDP‐quinovose), the hydroxy group at C3 is oxidized to a ketone with no C4‐dehydration. It is hypothesized that hyperconjugation between the C4 CN/O bond and the partially

  DesII 是一种自由基S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 酶，可通过 C3 自由基中间体催化 TDP-4-氨基-4,6-二脱氧葡萄糖的 C4 脱氨基作用。然而，如果 C4 氨基被羟基取代（得到 TDP-奎诺糖），C3 上的羟基会被氧化成酮，而不会发生 C4 脱水。据推测，C4 C - N/O 键和自由基中间体 C3 处部分填充的 p 轨道之间的超共轭调节了消除与脱氢竞争的程度。为了研究这一假设，我们检查了 DesII 与 TDP-奎诺糖 (TDP-岩藻糖) C4-差向异构体的反应。该反应主要导致 TDP-6-脱氧古洛糖的形成，并可能导致 TDP-岩藻糖的再生。底物自由基的其余部分在 C3-脱氢和 C4-脱水之间大致相等地分配。因此，改变 C4 的立体化学可以实现消除和脱氢之间更平衡的竞争。