[Gly6]-polymyxin B3 | 1173923-70-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机聚合物 - 多肽
• 英文名称: [Gly6]-polymyxin B3
• 英文别名: octanoyl-Dab-Thr-Dab-Dab(1)-Dab-Gly-Leu-Dab-Dab-Thr-(1)；N-[(2S)-4-amino-1-[[(2S,3R)-1-[[(2S)-4-amino-1-oxo-1-[[(3S,6S,9S,12S,18S,21S)-6,9,18-tris(2-aminoethyl)-3-[(1R)-1-hydroxyethyl]-12-(2-methylpropyl)-2,5,8,11,14,17,20-heptaoxo-1,4,7,10,13,16,19-heptazacyclotricos-21-yl]amino]butan-2-yl]amino]-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]amino]-1-oxobutan-2-yl]octanamide
• CAS: 1173923-70-0
• 化学式: C₄₈H₉₀N₁₆O₁₃
• 分子量: 1099.34
• InChiKey: QWJXRGKPSLIQCG-AQQFSTMASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.7
• 重原子数：
  77
• 可旋转键数：
  27
• 环数：
  1.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.77
• 拓扑面积：
  491
• 氢给体数：
  18
• 氢受体数：
  18

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  octanoyl-Dab(Cbz(2-Cl))(Cbz(2-Cl))-Thr(Bn)(Bn)-Dab(Cbz(2-Cl))(Cbz(2-Cl))-Dab(1)-Dab(Cbz(2-Cl))(Cbz(2-Cl))-Gly-Leu-Dab(Cbz(2-Cl))(Cbz(2-Cl))-Dab(Cbz(2-Cl))(Cbz(2-Cl))-Thr(Bn)(Bn)-(1) 在 氢氟酸 、 苯甲醚 作用下， 反应 1.0h， 生成 [Gly6]-polymyxin B3
  参考文献：
  名称：

  Contribution of Each Amino Acid Residue in Polymyxin B3 to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity

  摘要：

  这项关于多粘菌素 B（一种环肽抗生素）结构-活性关系的研究使用了 16 种合成多粘菌素 B3 类似物，包括丙氨酸扫描类似物，以阐明侧链对抗菌活性和脂多糖 (LPS) 结合的贡献。在这些类似物中，[Ala5]-多粘菌素 B3 对大肠杆菌 (E. coli)、鼠伤寒沙门氏菌 (S. Typhimurium) 和铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 的抗菌活性大大降低，MIC 值为 4-16 nmol/ml，这表明第 5 位的 Dab（α,γ-二氨基丁酸）残基是有助于杀菌活性的最重要的残基。 Dab 位于内酰胺环内（位置 5、8 和 9）时的抗菌贡献大于位于环外（位置 1 和 3）时的抗菌贡献。 [D-Ala6]-、[L-Phe6]-、[Ala7]- 和 [Gly7]-多粘菌素 B3 类似物保留了有效的抗菌活性，表明D-Phe6-Leu7 区域的疏水性和第 6 位 D-构型的减少对于抗菌活性是必不可少的。 LPS结合研究表明，内酰胺环疏水性降低影响不大，但1、3、5、8和9位Dab残基的Nγ-氨基功能极大地影响了LPS结合，其中Dab5的贡献最为显着。

  DOI：

  10.1248/cpb.57.240

文献信息

• POLYMYXIN DERIVATIVE, PREPARATION METHOD AND APPLICATION THEREOF
  申请人：Institute of Medicinal Biotechnology, Chinese Academy of Medical Sciences

  公开号：EP3556769A1

  公开（公告）日：2019-10-23

  Provided are a polymyxin derivative having a general formula I structure, and a preparation method and an application thereof. The method for preparing the polymyxin derivative comprises the following steps: (1) an Fmoc-AA-OP side chain free amino group of a protected basic amino acid reacting with a halogenated resin to obtain an Fmoc-AA-OP-resin; (2) the Fmoc-AA-OP-resin being coupled one by one to obtain a linear peptide-resin; (3) the linear peptide-resin selectively removing a protective group, and carrying out solid-phase cyclization to obtain a cyclic peptide-resin; (4) the cyclic peptide-resin undergoing acidic hydrolysis and ether precipitation to obtain a crude product of a cyclic polypeptide; (5) the crude product being purified and/or salt transferred and lyophilized to obtain a pure product of the cyclic polypeptide. The polymyxin derivative may be used for preparing an antibacterial drug, and used in particular for preparing an antibacterial drug having an expanded antibacterial spectrum, improved antibacterial activity and reduced renal toxicity, comprising preparing an antibacterial drug against a "superbugs" which carries the NDM-1 gene.

  本发明提供了一种具有通式 I 结构的多粘菌素衍生物及其制备方法和应用。该多粘菌素衍生物的制备方法包括以下步骤：(1) 受保护的碱性氨基酸的 Fmoc-AA-OP 侧链游离氨基与卤化树脂反应，得到 Fmoc-AA-OP 树脂；(2) 将 Fmoc-AA-OP 树脂逐一偶联，得到线性肽树脂；(3) 线性肽树脂选择性脱去保护基，进行固相环化，得到环状肽树脂；(4) 环肽树脂经过酸性水解和乙醚沉淀，得到环多肽的粗产品； (5) 粗产品经过纯化和/或盐转移和冻干，得到环多肽的纯产品。多粘菌素衍生物可用于制备抗菌药物，特别是用于制备抗菌谱扩大、抗菌活性提高和肾毒性降低的抗菌药物，包括制备针对携带 NDM-1 基因的 "超级细菌 "的抗菌药物。