1,3-(N,N'-bis(1,5,9-triazacycododecane))propane | 112498-63-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机氮化合物
• 英文名称: 1,3-(N,N'-bis(1,5,9-triazacycododecane))propane
• 英文别名: 1,3-bis-N,N'-(1,5,9-triazacyclododecyl)propane；1,3-bis-N1-(1,5,9-triazacyclododecyl)propane；1,3-bis(1,5,9-triazacyclododecyl)propane；1-[3-(1,5,9-Triazacyclododec-1-yl)propyl]-1,5,9-triazacyclododecane
• CAS: 112498-63-2
• 化学式: C₂₁H₄₆N₆
• 分子量: 382.636
• InChiKey: FDDFUCIQHOEJRX-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  536.3±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  0.906±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.6
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  1.0
• 拓扑面积：
  54.6
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  钠二苄基磷酸酯 、 copper(II) bis(trifluoromethanesulfonate) 、 1,3-(N,N'-bis(1,5,9-triazacycododecane))propane 在 NaOCH₃ 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 [(1,3-bis-N1-(1,5,9-triazacyclododecyl)propane)Cu2(OH)((PhCH2O)2PO2)](CF3SO3)2
  参考文献：
  名称：

  甲醇中双核铜 (II) 复合物促进 RNA 和 DNA 模型系统的快速三步裂解。催化功效的能量起源

  摘要：

  1,3-双-N(1)-(1,5,9-三氮杂环十二烷基)丙烷与相关甲醇盐 (2-Cu(II)(2):(-OCH(3) )) 制备，及其与 RNA 模型（2-羟丙基-对硝基苯基磷酸酯 (1, HPNPP)）和两个 DNA 模型（甲基对硝基苯基磷酸酯 (3) 和异丁基对氯苯基磷酸酯）的反应动力学(4)) 在 (s)(s) pH 7.2 +/- 0.2 的甲醇溶液中进行研究。2-Cu(II)(2):(-OH)(H(2)O)(CF(3)SO(3)-)(3):0.5CH(3)CH(2)的X射线衍射结构)OCH(2)CH(3) 和 2-Cu(II)(2):(-OH)((C(6)H(5)CH(2)O)(2)PO(2)-)( CF(3)SO(3)-)2 显示了第一个复合物中两个 Cu(II) 离子之间桥连 -OH 和 H(2)O 的配位模式，以及第二个复合物中桥连 -OH 和磷酸盐基团之间的配位模式。对 1

  DOI：

  10.1021/ja073780l
• 作为产物：
  描述：

  1,5,9-三氮杂环十二烷 在 sodium hydroxide 作用下， 反应 3.0h， 生成 1,3-(N,N'-bis(1,5,9-triazacycododecane))propane
  参考文献：
  名称：

  中环三胺的选择性N保护

  摘要：

  1,4,7-三氮杂环壬烷和1,5,9-三氮杂环十二烷的选择性N-保护以及相关双-冠冕的合成的有效方案是基于三环原酰胺的合成中间体。

  DOI：

  10.1039/c39870000886
• 作为试剂：
  描述：

  甲醇 、 sodium 4-nitrophenyl phenylphosphonate 在 sodium methylate 、 zinc trifluoromethanesulfonate 、 1,3-(N,N'-bis(1,5,9-triazacycododecane))propane 作用下， 生成 O-methyl phenylphosphonate
  参考文献：
  名称：

  关于甲醇中合成的双核Zn（ii）配合物促进的RNA模型的逐步与一致裂解问题：不可裂解的膦酸酯探针的实现†

  摘要：

  为了解决由双核Zn（II）络合物（4）在s s pH 9.8和25°C促进的2-羟丙基芳基和烷基RNA模型（1a-k）环化的协调反应和逐步反应机制的问题，不可裂解的O-羟丙基苯基膦酸酯类似物6a和6b在甲醇。这些膦酸酯未在研究中进行异构化，唯一可观察到的甲醇分解反应是释放出1,2-丙二醇并形成邻甲基苯基膦酸酯。用于甲醇分解通过促进所观察到的一级速率常数4是ķ OBS 6A =（1.47±0.09）×10 -4小号-1和ķ OBS 6B =（2.08±0.09）×10 -6小号-1，分别。在增加[ 4 ]的条件下，分析了一系列邻芳基苯基膦酸酯（8a–f）的甲醇分解速率，以提供结合常数K b和催化速率常数k cat max。，用于8  ：  4 Michaelis配合物的单分子分解。log（k cat max）对s s p K a苯酚（布环烷基中离去基团的共轭酸的酸度常数）的布朗斯台德图。甲醇）拟合为log

  DOI：

  10.1039/b918310h

文献信息

• Mono- and dinuclear metal complexes containing the 1,5,9-triazacyclododecane ([12]aneN₃) unit and their interaction with DNA
  作者：Alfredo Medina-Molner、Melanie Rohner、Devaraj Pandiarajan、Bernhard Spingler

  DOI：10.1039/c4dt02713b

  日期：——

  It takes two to tango: Only the dinuclear but not the mononuclear metal complexes of triazacyclododecane ([12]aneN₃) were able to induce the Z-DNA of poly d(GC).

  需要两个人才能跳探戈：只有三氮杂十二烷([12]aneN3)的二核金属配合物而非一核金属配合物能诱导聚d(GC)的Z-DNA形成。
• Rapid Three-Step Cleavage of RNA and DNA Model Systems Promoted by a Dinuclear Cu(II) Complex in Methanol. Energetic Origins of the Catalytic Efficacy
  作者：Zhong-Lin Lu、C. Tony Liu、Alexei A. Neverov、R. Stan Brown

  DOI：10.1021/ja073780l

  日期：2007.9.1

  kinetics with a k(cat)/K(M) value of 30 M(-1) s(-1) which is 3.8 x 10(7)-fold greater than the methoxide promoted reaction of 3 (7.9 x 10(-7) M(-1) s(-1)). A free energy calculation indicates that the binding of 2-Cu(II)(2):(-OCH(3)) to the transition states for 1 and 3 cleavage stabilizes them by -21 and -24 kcal/mol, respectively, relative to that of the methoxide promoted reactions. The results are compared

  1,3-双-N(1)-(1,5,9-三氮杂环十二烷基)丙烷与相关甲醇盐 (2-Cu(II)(2):(-OCH(3) )) 制备，及其与 RNA 模型（2-羟丙基-对硝基苯基磷酸酯 (1, HPNPP)）和两个 DNA 模型（甲基对硝基苯基磷酸酯 (3) 和异丁基对氯苯基磷酸酯）的反应动力学(4)) 在 (s)(s) pH 7.2 +/- 0.2 的甲醇溶液中进行研究。2-Cu(II)(2):(-OH)(H(2)O)(CF(3)SO(3)-)(3):0.5CH(3)CH(2)的X射线衍射结构)OCH(2)CH(3) 和 2-Cu(II)(2):(-OH)((C(6)H(5)CH(2)O)(2)PO(2)-)( CF(3)SO(3)-)2 显示了第一个复合物中两个 Cu(II) 离子之间桥连 -OH 和 H(2)O 的配位模式，以及第二个复合物中桥连 -OH 和磷酸盐基团之间的配位模式。对 1
• The Dinuclear Zn(II) Complex Catalyzed Cyclization of a Series of 2-Hydroxypropyl Aryl Phosphate RNA Models:  Progressive Change in Mechanism from Rate-Limiting P−O Bond Cleavage to Substrate Binding
  作者：Shannon E. Bunn、C. Tony Liu、Zhong-Lin Lu、Alexei A. Neverov、R. Stan Brown

  DOI：10.1021/ja076847d

  日期：2007.12.1

  substrates (4b,a) the rate-limiting step is binding. The catalysis of the cyclization of these substrates is extremely efficient. The kcat/KM values for the catalyzed reactions range from 2.75 x 10(5) to 2.3 x 10(4) M-1 s-1, providing an acceleration of 1 x 10(8) to 4 x 10(9) relative to the methoxide reaction (k2OCH3, which ranges from 2.6 x 10(-3) to 5.9 x 10(-6) M-1 s-1 for 4a-g). At a pH of 9.8 where the

  制备了 1,3-[N,N'-双(1,5,9-三氮杂环十二烷)]丙烷 (1-Zn(II)2:(-OCH3)) 的甲醇桥连双核 Zn(II) 络合物，并通过停流分光光度法在甲醇中在 pH 9.8、T = 25°C 下研究了其对一系列 2-羟丙基磷酸芳基酯 (4a-g) 环化的催化作用。1-Zn(II)2:(-OCH3) 的氢氧化物类似物的 X 射线衍射结构，即 1-Zn(II)2:(-OH)，表明每个 Zn(II) 离子都是配位的由三氮杂环十二烷单元的三个 N 和一个桥连氢氧化物组成。底物 4a-g 的环化揭示了从 Michaelis-Menten 饱和动力学观察到的较差底物（4-OCH3 (4g); 4-H (4f); 3-OCH3 (4e); 4-Cl (4d); 3-NO2, (4c)) 到二级动力学（在 1-Zn(II)2:(-OCH3) 中线性）对于更好的底物（4-NO2，3-CH3
• Biomimetic Cleavage of RNA Models Promoted by a Dinuclear Zn(II) Complex in Ethanol. Greater than 30 kcal/mol Stabilization of the Transition State for Cleavage of a Phosphate Diester
  作者：C. Tony Liu、Alexei A. Neverov、R. Stan Brown

  DOI：10.1021/ja806462x

  日期：2008.12.10

  rate limiting step from cleavage of the phosphate to a conformational change where the binding of the phosphate changes from one P-O- ----Zn(II) interaction to a Zn(II)----O-P-O---Zn(II) double activation. An energetics calculation comparing the ethoxide promoted cleavage of 1a-g with the 3:Zn(ll)2:(-OEt) promoted reaction indicates that the complex, 3:Zn(II)2, stabilizes the ethoxide plus substrate transition

  在 pH 9.0 +/ 的乙醇中研究了由双核 Zn(II) 络合物 (3:Zn(II)2:(-OCH2CH3)) 促进的一系列七个取代的芳基 2-羟丙基磷酸酯 (1a-g) 的裂解- 0.2 和 25 摄氏度。对于所有底物，产物酚类的出现动力学遵循非常强的饱和行为，其中结合复合物的解离常数的上限为 Km = 3 x 10(-7) M 和 k( cat)(max corr.) 值（针对三氟甲磺酸盐抑制校正）范围从 168 到 3 s(-1)。部分 s(s)pH/log k(cat)(max corr)。3:Zn(II)2:(-OCH2CH3)-催化的 le（3-甲氧基苯基 2-羟丙基磷酸酯）反应的曲线是钟形的，从 7.9-10 趋于稳定，并且适合两个动力学上重要的电离，具有s(s)pKa 值为 7.22 和 10.9。log (k(cat)(max corr.)) 与 酚类的 s(s)pKa
• A Simple DNase Model System Comprising a Dinuclear Zn(II) Complex in Methanol Accelerates the Cleavage of a Series of Methyl Aryl Phosphate Diesters by 10¹¹−10¹³
  作者：Alexei A. Neverov、C. Tony Liu、Shannon E. Bunn、David Edwards、Christopher J. White、Stephanie A. Melnychuk、R. Stan Brown

  DOI：10.1021/ja8006963

  日期：2008.5.1

  The di-Zn(II) complex of 1,3-bis[N-1,N-1'-(1,5,9-triazacyclododecyl)] propane with an associated methoxide (3:Zn(II)(2):-OCH3) was prepared and its catalysis of the methanolysis of a series of fourteen methyl aryl phosphate diesters (6) was studied at (s)(s)pH 9.8 in methanol at 25.0 +/- 0.1 degrees C. Plots of k(obs) VS [3:Zn(II)(2):-OCH3](free) for all members of 6 show saturation behavior from which K-M and k(cat)(max) were determined. The second order rate constants for the catalyzed reactions (k(cat)(max)/K-M) for each substrate are larger than the corresponding methoxide catalyzed reaction (k(2)(-OMe)) by 1.4 x 10(8) to 3 x 10(9)-fold. The values of kcatmax for all members of 6 are between 4 x 10(11) and 3 x 10(13) times larger than the solution reaction at (s)(s)pH 9.8, with the largest accelerations being given for substrates where the departing aryloxy unit contains ortho-NO2 or C(= O)OCH3 groups. Based on the linear Bronsted plots of k(cat)(max) VS (s)(s)pK(a)of the phenol, beta(Ig) values of -0.57 and -0.34 are determined respectively for the catalyzed methanolysis of "regular' substrates that do not contain the ortho-NO2 or C(= O)OCH3 groups, and those substrates that do. The data are consistent with a two step mechanism for the catalyzed reaction with rate limiting formation of a catalyst-coordinated phosphorane intermediate, followed by fast loss of the aryloxy leaving group. A detailed energetics calculation indicates that the catalyst binds the transition state comprising [CH3O-:6]double dagger, giving a hypothetical [3:Zn(II)(2):CH3O-:6]double dagger complex, by -21.4 to -24.5 kcal/mol, with the strongest binding being for those substrates having the ortho-NO2 or C(= O)OCH3 groups.