[1'-(14)C]ATP | 865805-55-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: [1'-(14)C]ATP
• CAS: 865805-55-6
• 化学式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
• 分子量: 509.173
• InChiKey: ZKHQWZAMYRWXGA-RTCWRAIWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.63
• 重原子数：
  31.0
• 可旋转键数：
  8.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  279.13
• 氢给体数：
  7.0
• 氢受体数：
  14.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  [1'-(14)C]ATP 在 class II ribonucleotidetriphosphate reductase 、 adenosylcobalamine 、 2'-脱氧鸟苷 5'-(四氢三磷酸酯) 、 calcium chloride 、 1,4-二巯基-2,3-丁二醇 作用下， 反应 2.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  人胸苷磷酸化酶对胸苷水解的过渡态分析

  摘要：

  人胸苷磷酸化酶 (hTP) 负责胸苷 (dT) 稳态，其作用促进血管生成。在没有磷酸盐的情况下，hTP 催化 dT 的缓慢水解脱嘧啶，产生胸腺嘧啶和 2-脱氧核糖 (dRib)。其过渡态使用多重动力学同位素效应 (KIE) 测量进行表征。富含同位素的胸苷由葡萄糖或（脱氧）核糖酶促合成，内在 KIE 用于解释过渡态结构。来自 [1'-(14)C]-、[1-(15)N]-、[1'-(3)H]-、[2'R-(3)H]-、[2'S-( 3)H]-、[4'-(3)H]- 和 [5'-(3)H]dTs 提供的值为 1.033 ± 0.002、1.004 ± 0.002、1.325 ± 0.003、1.101 ± 0.004、± 1.085 、 1.040 ± 0.003 和 1.033 ± 0.003。过渡态分析揭示了一种逐步机制，即早期形成的 2-脱氧核糖化以及水分子对高能中间体的亲核攻击的更高能量

  DOI：

  10.1021/ja105041j
• 作为产物：
  描述：

  [1'-(14)C]ADP 在 5’-三磷酸腺苷 作用下， 生成 [1'-(14)C]ATP
  参考文献：
  名称：

  Transition state sturcture of 5'-methylthioadenosine/s-adenosylhomocysteine nucleosidases

  摘要：

  提供了一种设计假想抑制剂5'-甲基硫腺苷/ S-腺苷基高同型半胱氨酸核苷酸酶的方法。该方法包括设计一种化学稳定的化合物，其类似于5'-甲基硫腺苷/ S-腺苷基高同型半胱氨酸核苷酸酶过渡态的电荷和几何形状。此外，还提供了使用上述方法发现的抑制剂抑制5'-甲基硫腺苷/ S-腺苷基高同型半胱氨酸核苷酸酶的方法。

  公开号：

  US20110086812A1

文献信息

• Transition State Structure of <i>E. coli t</i>RNA-Specific Adenosine Deaminase
  作者：Minkui Luo、Vern L. Schramm

  DOI：10.1021/ja078008x

  日期：2008.2.1

  rotation occur on the path to the transition state. The late SNAr transition-state established here for E. coli TadA is similar to the late transition state reported for cytidine deaminase. It differs from the early SNAr transition states described recently for the adenosine deaminases from human, bovine, and Plasmodium falciparum sources. The ecTadA transition state structure reveals the detailed architecture

  细菌 tRNA 特异性腺苷脱氨酶 (TadA) 在 tRNA 的摆动位置催化腺苷基本脱氨为肌苷，并且是允许单个 tRNA 物种识别多个密码子所必需的。大肠杆菌 TadA 的过渡态结构通过动力学同位素效应 (KIE) 和量子化学计算进行表征。大肠杆菌 tRNA(Arg2) 的茎环用作最小化的 TadA 底物，其腺苷酸编辑位点同位素标记为 [1'-(3)H]、[5'-(3)H2]、[1 '-(14)C], [6-(13)C], [6-(15)N], [6-(13)C, 6-(15)N] 和 [1-(15)N] . [6-(13)C]-, [6-(15)N]-, [1-(15)N]-, [1'- 的本征 KIE 分别为 1.014、1.022、0.994、1.014 和 0.963 (3)H]-、[5'-(3)H2]-分别标记的底物。KIE 套件与具有完整的亲 S 面羟基攻击和几乎完整的 N1 质子化的晚期
• Transition-State Variation in Human, Bovine, and <i>Plasmodium falciparum</i> Adenosine Deaminases
  作者：Minkui Luo、Vipender Singh、Erika A. Taylor、Vern L. Schramm

  DOI：10.1021/ja072122y

  日期：2007.6.1

  Adenosine deaminases (ADAs) from human, bovine, and Plasmodium falciparum sources were analyzed by kinetic isotope effects (KIEs) and shown to have distinct but related transition states. Human adenosine deaminase (HsADA) is present in most mammalian cells and is involved in B- and T-cell development. The ADA from Plasmodium falciparum (PfADA) is essential in this purine auxotroph, and its inhibition is expected to have therapeutic effects for malaria. Therefore, ADA is of continuing interest for inhibitor design. Stable structural mimics of ADA transition states are powerful inhibitors. Here we report the transition-state structures of PfADA, HsADA, and bovine ADA (BtADA) solved using competitive kinetic isotope effects (KIE) and density functional calculations. Adenines labeled at [6-C-13], [6-N-15], [6-C-13, 6-N-15], and [1-N-15] were synthesized and enzymatically coupled with [1'-C-14] ribose to give isotopically labeled adenosines as ADA substrates for KIE analysis. [6-C-13], [6-N-15], and [1-N-15]adenosines reported intrinsic KIE values of (1.010, 1.011, 1.009), (1.005, 1.005, 1.002), and (1.004, 1.001, 0.995) for PfADA, HsADA, and BtADA, respectively. The differences in intrinsic KIEs reflect structural alterations in the transition states. The [1-N-15] KIEs and computational modeling results indicate that PfADA, HsADA, and BtADA adopt early SNAr transition states, where N1 protonation is partial and the bond order to the attacking hydroxyl nucleophile is nearly complete. The key structural variation among PfADA, HsADA, and BtADA transition states lies in the degree of N1 protonation with the decreased bond lengths of 1.92, 1.55, and 1.28 angstrom, respectively. Thus, PfADA has the earliest and BtADA has the most developed transition state. This conclusion is consistent with the 20-36-fold increase of k(cat) in comparing PfADA with HsADA and BtADA.