5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-t-butyldimethylsilyl-O⁴-(hydroxybutyl)thymidine | 1396763-84-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-t-butyldimethylsilyl-O⁴-(hydroxybutyl)thymidine
• 英文别名: 3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O4-(hydroxybutyl)thymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-4-(4-hydroxybutoxy)-5-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 1396763-84-0
• 化学式: C₄₁H₅₄N₂O₈Si
• 分子量: 730.974
• InChiKey: MGWWMFOOMYANNS-HKIDPNTFSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.41
• 重原子数：
  52
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-t-butyldimethylsilyl-O⁴-(hydroxybutyl)thymidine 在 四丁基氟化铵 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 3.17h， 生成 3'-O-(β-cyanoethyl-N,N'-diisopropyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O4-(phenoxyacetyloxybutyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases

  摘要：

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。

  DOI：

  10.1039/c2ob25705j
• 作为产物：
  描述：

  Monosodium salt of 1,4-butanediol 、 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside 以 1,4-二氧六环 为溶剂， 反应 15.0h， 以79.8%的产率得到5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-t-butyldimethylsilyl-O⁴-(hydroxybutyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases

  摘要：

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。

  DOI：

  10.1039/c2ob25705j

文献信息

• Site-specific covalent capture of human O⁶-alkylguanine-DNA-alkyltransferase using single-stranded intrastrand cross-linked DNA
  作者：D. K. O'Flaherty、C. J. Wilds

  DOI：10.1039/c6ob02246d

  日期：——

  nsferase (hAGT) to the 3′-end of DNA in excellent yields with short reaction times by using intrastrand cross-linked (IaCL) DNA probes. This strategy exploited the substrate specificity of hAGT to generate the desired DNA–protein covalent complex. IaCL DNA linking two thymidine residues, or linking a thymidine residue to a 2′-deoxyguanosine residue (either in a 5′→3′ or 3′→5′ fashion), lacking a phosphodiester

  据报道，通过使用链内交联（IaCL）DNA探针，可在短时间内以优异的产率将人O 6-烷基鸟嘌呤-DNA-烷基转移酶（hAGT）缀合到DNA的3'-末端。该策略利用了hAGT的底物特异性来生成所需的DNA-蛋白质共价复合物。制备了连接两个胸苷残基或将胸苷残基连接至2'-脱氧鸟苷残基（以5'→3'或3'→5'的方式），在交联位点缺少磷酸二酯键的IaCL DNA使用亚磷酰胺策略，然后进行固相合成。相对于未修饰的对照双链体，所有包含模型IaCL的双链体均显示出热稳定性降低。所述Ô 4 -胸苷-亚烷基- ö评估的任何AGT均无法修复4-胸苷和（5'→3'） O 6 -2'-脱氧鸟苷-亚烷基-O 4-胸苷IaCL DNA加合物（人AGT和大肠杆菌的同源物，OGT和Ada​​- C）。（5'→3'） O 4-胸苷-亚烷基-O 6含有丁烯或庚烯系链的-2'-脱氧鸟苷IaCL DNA已被人类变异体有效修复，
• Preparation of Covalently Linked Complexes Between DNA and <i>O</i>⁶-Alkylguanine-DNA Alkyltransferase Using Interstrand Cross-Linked DNA
  作者：Francis P. McManus、Amardeep Khaira、Anne M. Noronha、Christopher J. Wilds

  DOI：10.1021/bc300553u

  日期：2013.2.20

  O-6-alkylguanine-DNA alkyltransferases (AGT) are responsible for the removal of alkylation at both the O-6 atom of guanine and O-4 atom of thymine. AGT homologues show vast substrate differences with respect to the size of the adduct and which alkylated atoms they can restore. The human AGT (hAGT) has poor capabilities for removal of methylation at the O-4 atom of thymidine, which is not the case in most homologues. No structural data are available to explain this poor hAGT repair. We prepared and characterized O(6)G-butylene-(OT)-T-4 (XLGT4) and O(6)G-heptylene-(OT)-T-4 (XLGT7) interstrand cross-linked (ICL) DNA as probes for hAGT and the Escherichia coli homologues, OCT and Ada-C, for the formation of DNA-ACT covalent complexes. XLGT7 reacted only with hAGT and did so with a cross-linking efficiency of 25%, while XLGT4 was inert to all ACT tested. The hAGT mediated repair of XLGT7 occurred slowly, on the order of hours as opposed to the repair of O-6-methyl-2'-deoxyguanosine which requires seconds. Sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analysis of the repair reaction revealed the formation of a covalent complex with an observed migration in accordance with a DNA-ACT complex. The identity of this covalent complex, as determined by mass spectrometry, was composed of a heptamethylene bridge between the O-4 atom of thymidine (in an 11-mer DNA strand) to residue Cys145 of hAGT. This procedure can be applied to produce well-defined covalent complexes between ACT with DNA.
• O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases
  作者：Francis P. McManus、Derek K. O'Flaherty、Anne M. Noronha、Christopher J. Wilds

  DOI：10.1039/c2ob25705j

  日期：——

  DNA duplexes containing a directly opposed O4-2′-deoxythymidine-alkyl-O4-2′-deoxythymidine (O4-dT-alkyl-O4-dT) interstrand cross-link (ICL) have been prepared by the synthesis of cross-linked nucleoside dimers which were converted to phosphoramidites to produce site specific ICL. ICL duplexes containing alkyl chains of four and seven methylene groups were prepared and characterized by mass spectrometry and nuclease digests. Thermal denaturation experiments revealed four and seven methylene containing ICL increased the Tm of the duplex with respect to the non-cross-linked control with an observed decrease in enthalpy based on thermodynamic analysis of the denaturation curves. Circular dichroism experiments on the ICL duplexes indicated minimal difference from B-form DNA structure. These ICL were used for DNA repair studies with O6-alkylguanine DNA alkyltransferase (AGT) proteins from human (hAGT) and E. coli (Ada-C and OGT), whose purpose is to remove O6-alkylguanine and in some cases O4-alkylthymine lesions. It has been previously shown that hAGT can repair O6-2′-deoxyguanosine-alkyl-O6-2′-deoxyguanosine ICL. The O4-dT-alkyl-O4-dT ICL prepared in this study were found to evade repair by hAGT, OGT and Ada-C. Electromobility shift assay (EMSA) results indicated that the absence of any repair by hAGT was not a result of binding. OGT was the only AGT to show activity in the repair of oligonucleotides containing the mono-adducts O4-butyl-4-ol-2′-deoxythymidine and O4-heptyl-7-ol-2′-deoxythymidine. Binding experiments conducted with hAGT demonstrated that the protein bound O4-alkylthymine lesions with similar affinities to O6-methylguanine, which hAGT repairs efficiently, suggesting the lack of O4-alkylthymine repair by hAGT is not a function of recognition.

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。