1-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}-7-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}heptane | 1396763-87-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}-7-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}heptane
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-4-[7-[1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methyl-2-oxopyrimidin-4-yl]oxyheptoxy]-5-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 1396763-87-3
• 化学式: C₈₁H₁₀₄N₄O₁₄Si₂
• 分子量: 1413.91
• InChiKey: TZPHLIVUOOLEAL-QJBCRGOSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  16.23
• 重原子数：
  101
• 可旋转键数：
  34
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.46
• 拓扑面积：
  176
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}-7-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}heptane 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 0.42h， 以82%的产率得到1-{O4-[5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}-7-{O4-[5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}heptane
  参考文献：
  名称：

  O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases

  摘要：

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。

  DOI：

  10.1039/c2ob25705j
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-dimethoxytrityl-3'-O-t-butyldimethylsilyl-O⁴-(hydroxyheptyl)thymidine 、 3'-O-t-butyldimethylsilyl-5'-O-dimethoxytrityl-1-[5-methyl-4-triazolylpyrimidin-2(1H)-onyl]-β-D-2'-deoxyriboside 在 吡啶 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 反应 108.0h， 以39.5%的产率得到1-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}-7-{O4-[3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidyl]}heptane
  参考文献：
  名称：

  O4-Alkyl-2′-deoxythymidine cross-linked DNA to probe recognition and repair by O6-alkylguanine DNA alkyltransferases

  摘要：

  通过合成交联核苷二聚体制备了含有直接对立的 O4-2â²-脱氧胸苷-烷基-O4-2â²-脱氧胸苷（O4-dT-烷基-O4-dT）链间交联（ICL）的 DNA 双链体。制备了含有四个和七个亚甲基的烷基链的 ICL 双链体，并通过质谱分析和核酸酶消化进行了表征。热变性实验表明，与未交联的对照组相比，含有四个和七个亚甲基的 ICL 提高了双链体的 Tm 值，根据变性曲线的热力学分析，焓值也有所降低。对 ICL 双链体进行的环二色性实验表明，它们与 B 型 DNA 结构的差异极小。这些 ICL 被用来与来自人类（hAGT）和大肠杆菌（Ada-C 和 OGT）的 O6-烷基鸟嘌呤 DNA 烷基转移酶（AGT）蛋白一起进行 DNA 修复研究。以前的研究表明，hAGT 可以修复 O6-2â²-脱氧鸟苷-烷基-O6-2â²-脱氧鸟苷 ICL。本研究中制备的 O4-dT-alkyl-O4-dT ICL 可逃避 hAGT、OGT 和 Ada-C 的修复。电迁移试验（EMSA）结果表明，hAGT 没有进行任何修复并不是因为结合的结果。在修复含有 O4-丁基-4-醇-2â²-脱氧胸苷和 O4-庚基-7-醇-2â²-脱氧胸苷的寡核苷酸时，OGT 是唯一显示出活性的 AGT。用 hAGT 进行的结合实验表明，该蛋白结合 O4-烷基胸腺嘧啶病变的亲和力与 hAGT 能有效修复的 O6-甲基鸟嘌呤相似，这表明 hAGT 缺乏对 O4-烷基胸腺嘧啶的修复功能并不是识别功能的问题。

  DOI：

  10.1039/c2ob25705j