在
正辛烷中(RS)-2-
溴苯基
乙酸乙酯与1-
辛醇之间的酯交换反应中,洋葱假单胞菌
脂肪酶对(R-异构体是57。描述了两种策略来研究参与该酶对映选择性的结构基础。模仿过渡态的四面体中间体的分子模型能够鉴定出每种对映异构体的两种潜在生产性底物结合模式。然而,用反应快和慢的对映异构体获得的构象具有相等的势能,并且它们大多数具有催化必不可少的氢键。在此基础上,不可能区分非对映异构体。第二种方法是原始方法,它包含一个简单但鲁棒的伪分子动力学模拟方案,该方案在约束条件下绘制活性部位对映异构体的可能轨迹。对于快速反应的对映异构体,总是发现酶/底物的相互作用能较低,这令人满意地证实了实验结果。能量差异归因于这些底物与衬砌通路的疏
水性残基网络的特定相互作用。此外,机制细节表明,疏
水残基的枢转侧链以协调的步进齿轮运动起作用,其基本作用是选择并引导底物朝向活性位点。使用这种
脂肪酶,这种动态特征可能是对此尚未开发的