1-((2R,3R,4R,5S)-4-allyl-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1616784-12-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-((2R,3R,4R,5S)-4-allyl-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• CAS: 1616784-12-3
• 化学式: C₁₈H₃₀N₂O₅Si
• 分子量: 382.532
• InChiKey: GUVSZILCFBXQQW-RRCSTGOVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.01
• 重原子数：
  26.0
• 可旋转键数：
  6.0
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.67
• 拓扑面积：
  93.55
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,3R,4R,5S)-4-allyl-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 吡啶 作用下， 反应 14.0h， 以85%的产率得到1-((2R,3R,4R,5S)-4-allyl-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(((4-methoxyphenyl)diphenylmethoxy)methyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  酰胺是磷酸核苷间键的极佳模拟物，并且在短干扰 RNA 中具有良好的耐受性。

  摘要：

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。

  DOI：

  10.1093/nar/gku235
• 作为产物：
  描述：

  1-[3-C-allyl-2,5-O-bis(tert-butyldimethylsilyl)-β-D-pentofuranosyl]-uracyl 在 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 为溶剂， 反应 4.0h， 以92%的产率得到1-((2R,3R,4R,5S)-4-allyl-3-((tert-butyldimethylsilyl)oxy)-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  酰胺是磷酸核苷间键的极佳模拟物，并且在短干扰 RNA 中具有良好的耐受性。

  摘要：

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。

  DOI：

  10.1093/nar/gku235

文献信息

• Erratum
  作者：Mutisya, Daniel、Selvam, Chelliah、Lunstad, Benjamin D.、Pallan, Pradeep S.、Haas, Amanda、Leake, Devin、Egli, Martin、Rozners, Eriks

  DOI：10.1093/nar/gku669

  日期：2014.9.15

  Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs

  酰胺是磷酸核苷间键的出色模拟物，在短干扰RNA中具有良好的耐受性