1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-4-((((4-methoxyphenyl)diphenylmethyl)amino)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1246813-07-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-4-((((4-methoxyphenyl)diphenylmethyl)amino)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• CAS: 1246813-07-9
• 化学式: C₄₅H₄₆IN₃O₆Si
• 分子量: 879.867
• InChiKey: PHGCTSQPTUTYJM-NJZAESGASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.9
• 重原子数：
  56.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  103.81
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  8.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-4-((((4-methoxyphenyl)diphenylmethyl)amino)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 2.0h， 以95%的产率得到1-((2R,4S,5R)-5-(hydroxymethyl)-4-((((4-methoxyphenyl)diphenylmethyl)amino)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] REAGENTS FOR REVERSIBLY TERMINATING PRIMER EXTENSION
  [FR] RÉACTIFS UTILISÉS POUR L'INTERRUPTION RÉVERSIBLE D'EXTENSION D'AMORCE

  摘要：

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及包括改性2'-脱氧核苷酸三磷酸和寡核苷酸的物质组合的领域，当这些物质附加到引物的3'-末端时形成，其中这些改性包括连接到它们的3'-羟基的NH2基团和以可切割的方式通过连接器固定到核碱基上的荧光物种的标签。这种组合物及其相关的过程使得并改善了使用循环可逆终止策略进行寡核苷酸测序，正如美国专利6,664,079中所概述的那样。具体而言，该发明涉及的是包含可检测标签的核糖和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸和可能由它们衍生的寡核苷酸的物质组合。该发明还涉及DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶通过将这些三磷酸添加到引物而合成所述寡核苷酸的过程。

  公开号：

  WO2010110775A1
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-amino-1-(5'-O-tert-butyldiphenylsilyl)-2'-deoxy-5-iodouracil 、 4-甲氧基三苯基氯甲烷 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 以98%的产率得到1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-butyldiphenylsilyl)oxy)methyl)-4-((((4-methoxyphenyl)diphenylmethyl)amino)oxy)tetrahydrofuran-2-yl)-5-iodopyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  [EN] REAGENTS FOR REVERSIBLY TERMINATING PRIMER EXTENSION
  [FR] RÉACTIFS UTILISÉS POUR L'INTERRUPTION RÉVERSIBLE D'EXTENSION D'AMORCE

  摘要：

  这项发明涉及核酸化学领域，更具体地涉及包括改性2'-脱氧核苷酸三磷酸和寡核苷酸的物质组合的领域，当这些物质附加到引物的3'-末端时形成，其中这些改性包括连接到它们的3'-羟基的NH2基团和以可切割的方式通过连接器固定到核碱基上的荧光物种的标签。这种组合物及其相关的过程使得并改善了使用循环可逆终止策略进行寡核苷酸测序，正如美国专利6,664,079中所概述的那样。具体而言，该发明涉及的是包含可检测标签的核糖和2'-脱氧核糖核苷酸的5'-三磷酸和可能由它们衍生的寡核苷酸的物质组合。该发明还涉及DNA聚合酶、RNA聚合酶或逆转录酶通过将这些三磷酸添加到引物而合成所述寡核苷酸的过程。

  公开号：

  WO2010110775A1