1-(3-aminopropyl)-N-[(3-endo)-9-methyl-9-azabicyclo-[3.3.1]non-3-yl]-1H-indazole-3-carboxamide | 1211107-94-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 苯并吡唑类
• 英文名称: 1-(3-aminopropyl)-N-[(3-endo)-9-methyl-9-azabicyclo-[3.3.1]non-3-yl]-1H-indazole-3-carboxamide
• CAS: 1211107-94-6
• 化学式: C₂₀H₂₉N₅O
• 分子量: 355.483
• InChiKey: GSAVAAKDTVSQKT-MUJYYYPQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.13
• 重原子数：
  26.0
• 可旋转键数：
  5.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  76.18
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  5.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3-aminopropyl)-N-[(3-endo)-9-methyl-9-azabicyclo-[3.3.1]non-3-yl]-1H-indazole-3-carboxamide 、 4-[3-(三氟甲基)-3H-双吖丙啶-3-基]苯甲酸 在 三乙胺 、 N-[(dimethylamino)-3-oxo-1H-1,2,3-triazolo[4,5-b]pyridin-1-yl-methylene]-N-methylmethanaminium hexafluorophosphate 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以24%的产率得到N-((1R,3r,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl)-1-(3-(4-(3-(trifluoromethyl)-3H-diazirin-3-yl)benzamido)propyl)-1H-indazole-3-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  使用光交联拮抗剂绘制人 5-HT3 受体的正构结合位点。

  摘要：

  5-羟色胺门控 5-HT3 受体是一种配体门控离子通道。它位于中枢和周围神经系统的突触处，使其成为主要的药理学靶点，例如，用于以高亲和力结合神经递质结合位点并阻止通道打开的止吐药物。结构生物学技术的进步导致公开的三维受体结构激增；然而，迄今为止尚未实现解决配体结合的高分辨率 5-HT3 受体结构。正构结合位点中的配体结合位点已在很大程度上从诱变和对接研究中预测。我们报告了一系列光交联化合物的合成，其结构基于临床使用的止吐药格拉司琼 (Kytril)。这些以低纳摩尔亲和力从正构结合位点置换的[3H]格拉司琼并显示出与人5-HT3受体的特异性光交联。通过蛋白质-MS/MS 进行的详细分析确定了结合环 C 尖端附近的一个残基 (Met-228) 作为共价修饰位点。

  DOI：

  10.1021/acschemneuro.8b00327
• 作为产物：
  描述：

  N-(9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl)-1H-indazole-3-carboxamide 在 盐酸 、 potassium tert-butylate 、 水 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 0.25h， 生成 1-(3-aminopropyl)-N-[(3-endo)-9-methyl-9-azabicyclo-[3.3.1]non-3-yl]-1H-indazole-3-carboxamide
  参考文献：
  名称：

  使用光交联拮抗剂绘制人 5-HT3 受体的正构结合位点。

  摘要：

  5-羟色胺门控 5-HT3 受体是一种配体门控离子通道。它位于中枢和周围神经系统的突触处，使其成为主要的药理学靶点，例如，用于以高亲和力结合神经递质结合位点并阻止通道打开的止吐药物。结构生物学技术的进步导致公开的三维受体结构激增；然而，迄今为止尚未实现解决配体结合的高分辨率 5-HT3 受体结构。正构结合位点中的配体结合位点已在很大程度上从诱变和对接研究中预测。我们报告了一系列光交联化合物的合成，其结构基于临床使用的止吐药格拉司琼 (Kytril)。这些以低纳摩尔亲和力从正构结合位点置换的[3H]格拉司琼并显示出与人5-HT3受体的特异性光交联。通过蛋白质-MS/MS 进行的详细分析确定了结合环 C 尖端附近的一个残基 (Met-228) 作为共价修饰位点。

  DOI：

  10.1021/acschemneuro.8b00327

文献信息

• Mapping the Orthosteric Binding Site of the Human 5-HT₃ Receptor Using Photo-cross-linking Antagonists
  作者：Thomas Jack、Michele Leuenberger、Marc-David Ruepp、Sanjeev Kumar V. Vernekar、Andrew J. Thompson、Sophie Braga-Lagache、Manfred Heller、Martin Lochner

  DOI：10.1021/acschemneuro.8b00327

  日期：2019.1.16

  Ligand binding poses in the orthosteric binding site have been largely predicted from mutagenesis and docking studies. We report the synthesis of a series of photo-cross-linking compounds whose structures are based on the clinically used antiemetic drug granisetron (Kytril). These displaced [3H]granisetron from the orthosteric binding site with low nanomolar affinities and showed specific photo-cross-linking

  5-羟色胺门控 5-HT3 受体是一种配体门控离子通道。它位于中枢和周围神经系统的突触处，使其成为主要的药理学靶点，例如，用于以高亲和力结合神经递质结合位点并阻止通道打开的止吐药物。结构生物学技术的进步导致公开的三维受体结构激增；然而，迄今为止尚未实现解决配体结合的高分辨率 5-HT3 受体结构。正构结合位点中的配体结合位点已在很大程度上从诱变和对接研究中预测。我们报告了一系列光交联化合物的合成，其结构基于临床使用的止吐药格拉司琼 (Kytril)。这些以低纳摩尔亲和力从正构结合位点置换的[3H]格拉司琼并显示出与人5-HT3受体的特异性光交联。通过蛋白质-MS/MS 进行的详细分析确定了结合环 C 尖端附近的一个残基 (Met-228) 作为共价修饰位点。