5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate | 102987-83-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate
• 英文别名: cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine-3'-yl phosphonate；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine-3'-O-(2-cyanoethyl) H-phosphonate；5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)thymidine-3′-O-[2-cyanoethyl]phosphonate；3-[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyphosphonoyloxypropanenitrile
• CAS: 102987-83-7
• 化学式: C₃₄H₃₆N₃O₉P
• 分子量: 661.648
• InChiKey: NCNQBMWZLFKDQR-OJDZSJEKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.3
• 重原子数：
  47
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  146
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate 在 吡啶 、 水 、 碘 作用下， 反应 0.03h， 以99%的产率得到2-cyanoethyl 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine-3'-yl phosphate
  参考文献：
  名称：

  无碱基保护，封端反应和PN键裂解反应的寡聚脱氧核苷酸合成的质子阻断策略。

  摘要：

  基于迄今为止最简单和合理的酸碱反应原理，开发了一种新的N-未保护的亚磷酰胺方法，称为“质子嵌段”方法，用于寡聚脱氧核苷酸的化学合成。该概念涉及用“质子”保护脱氧胞苷和脱氧腺苷的核碱基，以在缩合过程中通过使用pK（a）值低于2.8的启动子将它们转化为未反应的质子化碱基。将此策略应用于d [CpT]和d [ApT]的合成，以检查与碱基残基相关的副反应。在这种“质子阻断”方法中，发现三氟甲磺酸5-硝基苯并咪唑鎓（NBT）是最好的促进剂，THF优于CH（3）CN作为溶剂，因此可以大大抑制由于促进剂固有的酸性而引起的伴随的三苯甲基化反应。将该策略应用于固相合成，在HPLC分析中得到的d [CpT]，d [ApT]，d [ApA]，d [CpC]和d [GpT]几乎都是单峰。同样，成功合成了d [ApApApT]和d [CpCpCpT]，而没有明显的副反应。最后，以d [CpCpCpCpCpCpCpT]和d

  DOI：

  10.1021/jo034204k
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 四氮唑 、 水 、 三乙胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 1.33h， 生成 5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate
  参考文献：
  名称：

  A new and versatile approach to the preparation of valuable deoxynucleoside 3′-phosphite intermediates

  摘要：

  DOI：

  10.1016/s0040-4039(00)84506-2

文献信息

• Large scale, liquid phase oligonucleotide synthesis by alkyl H-phosphonate approach
  作者：Kamlesh J. Padiya、Manikrao M. Salunkhe

  DOI：10.1016/s0968-0896(99)00287-4

  日期：2000.2

  the liquid phase synthesis of oligonucleotide is described, it is based on oxidative coupling using alkyl H-phosphonate synthon and polyethylene glycol (PEG5000) as a soluble support. Nucleoside alkyl H-phosphonate undergoes oxidative coupling in presence of NBS. The use of polyethylene glycol as a soluble polymeric support preserves some convenient features of the solid phase synthesis with new interesting

  描述了一种液相合成寡核苷酸的新方法，该方法基于使用烷基H-膦酸酯合成子和聚乙二醇（PEG5000）作为可溶性载体的氧化偶联。HBS的核苷烷基在NBS存在下进行氧化偶联。聚乙二醇作为可溶性聚合物载体的使用保留了固相合成的一些便利特征，并具有新的令人感兴趣的优点。该液相方法在速度和偶联收率方面看来是有效的，并且可以评估大量寡核苷酸（100 microM）的产生。
• SOLID PHASE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS BY USING β-CE<i>H</i>-PHOSPHONATE APPROACH
  作者：Kamlesh J. Padiya、Nikhil U. Mohe、Manikrao M. Salunkhe

  DOI：10.1081/scc-120002704

  日期：2002.1.1

  ABSTRACT A new approach to the solid phase synthesis of oligonucleotide is described, which is based on oxidative coupling of nucleoside 3′-β-CE H-phosphonates in presence of N-Bromosuccinimide (NBS) as a coupling agent.

  摘要描述了一种寡核苷酸固相合成的新方法，该方法基于在 N-溴代琥珀酰亚胺 (NBS) 作为偶联剂存在下核苷 3'-β-CE H-膦酸酯的氧化偶联。
• Synthesis of nucleoside phosphoroselenolates via the efficient Michaelis–Arbuzov reaction of selenocyanates
  作者：Olga Eguaogie、Patrick F. Conlon、Joseph S. Vyle

  DOI：10.1016/j.tetlet.2016.09.096

  日期：2016.11

  The Michaelis–Arbuzov reactions of benzylselenocyanate and 5′-deoxythymidine-5′-selenocyanate with thymidine H-phosphonate proceeded rapidly in the presence of a neutral silylating agent and 2,6-lutidine to give the corresponding Se-alkyl phosphoroselenolate triesters. Deprotection under mild conditions enabled the isolation of phosphoroselenolate diesters which were fully characterised.

  在中性甲硅烷基化剂和2,6-二甲基吡啶的存在下，苄基硒氰酸酯和5'-脱氧胸苷-5'-硒氰酸酯与胸苷H-膦酸酯的Michaelis-Arbuzov反应迅速进行，得到相应的Se-烷基磷酸亚硒酸酯三酯。在温和的条件下脱保护使得能够分离出特征充分的亚油酸酯磷酸二酯。
• Synthesis and Properties of Oligonucleotides Having Ethynylphosphonate Linkages
  作者：Masahiko Horiba、Takao Yamaguchi、Satoshi Obika

  DOI：10.1021/acs.joc.9b01318

  日期：2020.2.21

  into oligonucleotides. The oligonucleotides containing EP linkages appropriately formed a duplex with their complementary single-stranded RNA (ssRNA) and single-stranded DNA. The oligonucleotides containing both the EP linkages and 2'-O,4'-C-methylene-bridged nucleic acid/locked nucleic acid exhibited strong duplex-forming ability toward the complementary ssRNA. The EP-modified oligonucleotides exhibited

  乙炔基膦酸酯（EP）连接的胸苷二聚体是通过钯催化的交叉偶联反应合成的，并成功地掺入了寡核苷酸中。含有EP键的寡核苷酸可以与其互补的单链RNA（ssRNA）和单链DNA形成双链体。既包含EP键又包含2'-O，4'-C-亚甲基桥连的核酸/锁核酸的寡核苷酸对互补ssRNA表现出很强的双链体形成能力。EP修饰的寡核苷酸显示出比其天然对应物更高的核酸外切酶抗性。此外，对gapmer型反义寡核苷酸的一种EP修饰导致靶标ssRNA中切割位点的转换。所以，
• Studies on reactions of nucleoside H-phosphonate diesters with bifunctional reagents. Part 4. Chemoselectivity during oxidative coupling of nucleoside H-phosphonate diesters with amino alcohols controlled by protonation of the amino function
  作者：Michal Sobkowski、Jacek Stawiński、Adam Kraszewski

  DOI：10.1016/0040-4039(95)00238-8

  日期：1995.3

  The course of oxidative coupling of H-phosphonate diesters with amino alcohols, promoted by iodine, can be controlled by protonation of the amine function of amino alcohols. Based on this phenomenon, a rapid and efficient method for synthesis of aminoalkyl phosphotriesters or hydroxyalkyl phosphoramidates was developed.

  碘促进的H-膦酸酯二酯与氨基醇的氧化偶联过程可以通过氨基醇的胺官能化来控制。基于这种现象，开发了一种快速有效的合成氨基烷基磷酸三酯或羟烷基氨基磷酸酯的方法。