thymidylyl (3'-5') 5'-seleno-5'-deoxythymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: thymidylyl (3'-5') 5'-seleno-5'-deoxythymidine
• 英文别名: TpSedT；[(2S,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methylselanyl-[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyphosphinic acid
• 化学式: C₂₀H₂₇N₄O₁₁PSe
• 分子量: 609.388
• InChiKey: DOEFXBXWKKQLSR-KPRKPIBOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.76
• 重原子数：
  37
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  204
• 氢给体数：
  5
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  5'-O-(p,p'-dimethoxytrityl)thymidine 3'-(2-cyanoethyl) H-phosphonate 在 吡啶 、 2,6-二甲基吡啶 、 三乙基硅烷 、 N,O-双三甲硅基乙酰胺 、 叔丁胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 氯仿 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 thymidylyl (3'-5') 5'-seleno-5'-deoxythymidine
  参考文献：
  名称：

  通过硒酸酯的有效Michaelis-Arbuzov反应合成核苷磷酸亚油酸酯

  摘要：

  在中性甲硅烷基化剂和2,6-二甲基吡啶的存在下，苄基硒氰酸酯和5'-脱氧胸苷-5'-硒氰酸酯与胸苷H-膦酸酯的Michaelis-Arbuzov反应迅速进行，得到相应的Se-烷基磷酸亚硒酸酯三酯。在温和的条件下脱保护使得能够分离出特征充分的亚油酸酯磷酸二酯。

  DOI：

  10.1016/j.tetlet.2016.09.096

文献信息

• Solid-phase synthesis and structural characterisation of phosphoroselenolate-modified DNA: a backbone analogue which does not impose conformational bias and facilitates SAD X-ray crystallography
  作者：Patrick F. Conlon、Olga Eguaogie、Jordan J. Wilson、Jamie S. T. Sweet、Julian Steinhoegl、Klaudia Englert、Oliver G. A. Hancox、Christopher J. Law、Sarah A. Allman、James H. R. Tucker、James P. Hall、Joseph S. Vyle

  DOI：10.1039/c9sc04098f

  日期：——

  Oligodeoxynucleotides incorporating internucleotide phosphoroselenolate linkages have been prepared under solid-phase synthesis conditions using dimer phosphoramidites. These dimers were constructed following the high yielding Michaelis–Arbuzov (M–A) reaction of nucleoside H-phosphonate derivatives with 5′-deoxythymidine-5′-selenocyanate and subsequent phosphitylation. Efficient coupling of the dimer

  已经使用二聚体亚磷酰胺在固相合成条件下制备了掺入核苷酸间磷酸硒酸键的寡脱氧核苷酸。这些二聚体是在核苷H-膦酸酯衍生物与 5'-脱氧胸苷-5'-硒氰酸酯发生高产率 Michaelis-Arbuzov (M-A) 反应以及随后的亚磷酸酯化后构建的。在手动和自动条件下均观察到二聚体亚磷酰胺与固相支撑底物的有效偶联，并且仅需要对标准 DNA 合成循环进行微小修改。为了进一步证明 M-A 化学的实用性，支持物结合的硒核苷与H-膦酸酯反应，然后使用亚磷酰胺化学进行扩链。在最初揭开甲基保护的硒代磷酸二酯后，使用标准脱保护和纯化程序分离纯寡脱氧核苷酸，随后通过质谱和圆二色性进行表征。源自具有 A 型、B 型或混合构象偏好的自互补序列的修饰双链体和天然双链体的 CD 谱基本上是重叠的。这些序列还用于研究修饰对双链体稳定性的影响，当在 A 型或混合双链体的 5' 末端引入或并置时，显示出上下文依赖性不稳定（每个硒代磷酸盐