有效结合RNA的小分子相对较少。长期以来,对与HIV-1反式激活应答(TAR)发夹(一种顺式作用的HIV
基因组元件)结合的分子的研究一直是靶向RNA
化学的重要模型系统。在这里,我们报告了一系列与HIV-1 TAR RNA结合的分子的合成,生化和结构评估。一个有前途的类似物15保留了最初命中的TAR结合亲和力,并用40μM的IC 50取代了TAt衍生的肽。可溶性类似物2的NMR表征显示此类化合物的非规范结合模式。最后,评估2和15通过引物延伸(SHAPE)分析的选择性2'-羟基酰化反应,表明在体外合成的365-nt HIV-1 5'-非翻译区(UTR)内与TAR结合的特异性。因此,这些化合物表现出与TAR相互作用的新颖且特定的模式,为RNA
配体设计提供了重要建议。