5-O-(二甲氧基三苯甲游基)-n6-甲基-2-脱氧腺苷酸 | 98056-69-0

• 物质功能分类: 生物 - 生物化学试剂
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 5-O-(二甲氧基三苯甲游基)-n6-甲基-2-脱氧腺苷酸
• 中文别名: 2'-脱氧-5'-O-DMT-N6-甲基腺苷；2'-脱氧-5'-O-二甲氧基三苯甲基-N6-甲基腺苷
• 英文名称: 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁶-methyladenosine
• 英文别名: 5'-dimethoxytrityl-N⁶-methyl-2'-deoxyadenosine；(2R,3S,5R)-2-((Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-5-(6-(methylamino)-9H-purin-9-yl)tetrahydrofuran-3-ol；(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-[6-(methylamino)purin-9-yl]oxolan-3-ol
• CAS: 98056-69-0
• 化学式: C₃₂H₃₃N₅O₅
• mdl: MFCD00079127
• 分子量: 567.645
• InChiKey: OKZZBPBWGABLJR-UPRLRBBYSA-N

物化性质

• 沸点：
  782.9±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.31±0.1 g/cm3(Predicted)
• 溶解度：
  DMSO：100 mg/mL（176.17 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.281
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

制备方法与用途

2′-脱氧-5′-O-二甲氧基三苯甲基-N6-甲基腺苷是一种腺苷类衍生物，可作为生化试剂使用。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5-O-(二甲氧基三苯甲游基)-n6-甲基-2-脱氧腺苷酸 在 甲酸 、 potassium tert-butylate 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 1.08h， 生成 Phosphoric acid dibenzyl ester (2R,3S,5R)-2-hydroxymethyl-5-(6-methylamino-purin-9-yl)-tetrahydro-furan-3-yl ester
  参考文献：
  名称：

  作用于P2Y（1）嘌呤能受体的新型拮抗剂：合成和构象分析，使用电位和核磁共振滴定技术。

  摘要：

  人P2Y（1）受体广泛分布在许多组织中，并具有G蛋白偶联受体的经典结构。该受体被5'-二磷酸腺苷（ADP）激活，对血小板聚集至关重要。在本文中，我们描述了新颖的P2Y（1）拮抗剂的合成，这些拮抗剂至少可以作为定义P2Y（1）受体的生理作用的工具，而最多只能作为新的抗血栓形成剂。因此，我们制备了2，N（6）-二甲基-2'-脱氧腺苷-3'，5'-二磷酸酯衍生物1e。化合物1e抑制ADP诱导的血小板聚集，形状改变和细胞内钙升高的能力证明了其生物学活性。该化合物是P2Y（1）受体的完全拮抗剂，pA（2）值为7.11 +/- 0。11和发现是比参考N（6）-甲基-2'-脱氧腺苷-3'，5'-双磷酸酯（1a，pA（2）= 6.55 +/- 0.05）强4倍，揭示了2-甲基的效力增强作用。使用电位滴定法和核磁共振滴定技术分析了1e与1a相比更好的活性，突出了该化合物的特定构象特征。这些结果清楚地表明对于

  DOI：

  10.1021/jm0104062
• 作为产物：
  描述：

  1-Methyl-2'-deoxyadenosine iodide 在 吡啶 、 sodium hydroxide 作用下， 反应 1.0h， 生成 5-O-(二甲氧基三苯甲游基)-n6-甲基-2-脱氧腺苷酸
  参考文献：
  名称：

  GATC位点中包含N 6-甲基腺嘌呤残基的寡核苷酸的化学合成

  摘要：

  为了通过NMR研究腺嘌呤甲基化的作用，已经通过磷酸三酯或亚磷酰胺方法在硅胶载体上合成了一组寡脱氧核苷酸。的完全保护的制备2'-脱氧Ñ 6 -methyladenosine 3'-磷酸4和（2'-脱氧Ñ 6 -methyladenosin -3'- ø -基）（甲氧基）morpholinophosphine 5进行说明。报道了这些包含N 6-甲基腺嘌呤的分子的大规模化学合成，通过HPLC纯化和通过MS表征。

  DOI：

  10.1002/hlca.19860690511

文献信息

• Homopurine <i>R</i>_P-stereodefined phosphorothioate analogs of DNA with hampered Watson–Crick base pairings form Hoogsteen paired parallel duplexes with (2′-OMe)-RNAs
  作者：Anna Maciaszek、Katarzyna Jastrzębska、Piotr Guga

  DOI：10.1039/c8ob03112f

  日期：——

  phosphorothioate oligomers ((RP-PS)-DN(NX)A) with hampered Watson-Crick base pairings. It was found that the m6dA units slightly reduce the thermodynamic stability of antiparallel duplexes formed with RNA and (2'-OMe)-RNA matrices, whereas m,m2dG units prevent their formation. The m6dA units stabilize (by up to 4.5 °C per modified unit) the parallel duplexes formed by (RP-PS)-DN(NX)A with Hoogsteen-paired (2'-OMe)-RNA

  5'-O-DMT-N6-甲基-脱氧腺苷和5'-O-DMT-N2，N2-合成了二甲基-O6-二苯基氨基甲酰基-脱氧鸟苷（OTP-NY，NY = DMT-m6dA或DMT-m，m2dGDPC），拆分为纯P-非对映异构体，并用于P-立体控制合成的2'，3,5，-硫代磷酸核苷NXPST（NX = m6dA或m，m2dG），其中立体生成的磷原子的绝对构型通过酶法建立。非对映体纯OTP-NY和标准OTP-N（N = DMT-dABz或DMT-dGBz，DPC）用于合成受阻的RP-立体定义的硫代磷酸酯低聚物（（RP-PS）-DN（NX）A）沃森克里克碱基配对。发现m6dA单元会稍微降低与RNA和（2' -OMe）-RNA矩阵，而m，m2dG单位阻止其形成。与类似的参考双链体相比，m6dA单元可稳定（每个修饰单元最高4.5°C）由（RP-PS）-DN（NX）A与Hoogsteen配对（2'-OMe）-RN
• Tanaka, Toshiki; Tamatsukuri, Sigeru; Ikehara, Morio, Chemical and pharmaceutical bulletin, 1986, vol. 34, # 5, p. 2044 - 2048
  作者：Tanaka, Toshiki、Tamatsukuri, Sigeru、Ikehara, Morio

  DOI：——

  日期：——
• Influence of Local Duplex Stability and <i>N</i>⁶-Methyladenine on Uracil Recognition by Mismatch-Specific Uracil-DNA Glycosylase (Mug)
  作者：Victoria Valinluck、Pingfang Liu、Artur Burdzy、Junichi Ryu、Lawrence C. Sowers

  DOI：10.1021/tx020062y

  日期：2002.12.1

  To maintain genomic integrity, DNA repair enzymes continually remove damaged bases and lesions resulting from endogenous and exogenous processes. These repair enzymes must distinguish damaged bases from normal bases to prevent the inadvertent removal of normal bases, which would promote genomic instability. The mechanisms by which this high level of specificity is accomplished are as yet unresolved. One member of the uracil-DNA glycosylase family of repair enzymes, Escherichia coli mismatch-specific uracil-DNA glycosylase (Mug), is reported to distinguish U:G mispairs from U:A base pairs based upon specific contacts with the mispaired guanine after flipping the target uracil out of the duplex. However, recent studies suggest other mechanisms for base selection, including local duplex stability. In this study, we used the modified base N-6-methyladenine to probe the effect of local helix perturbation on Mug recognition of uracil. N-6-Methyladenine is found in E. coli as part of both the mismatch repair and restriction-modification systems. In its cis isomer, N-6-methyladenine destabilizes hydrogen bonding by interfering with pseudo-Watson-Crick base pairing. It is observed that the selection of uracil by Mug is sequence dependent and that uracil residues in sequences of reduced thermostability are preferentially removed. The replacement of adenine by N-6-methyladenine increases the frequency of removal of the uracil residue paired opposite the modified adenine. These results are in accord with suggestions that local helix stability is an important determinant of base recognition by some DNA repair enzymes and provide a potential strategy for identifying the sequence location of modified bases in DNA.
• [EN] MODIFIED OLIGONUCLEOTIDES<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES MODIFIÉS
  申请人：[en]ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：WO2022155418A1

  公开（公告）日：2022-07-21

  One aspect of the present invention relates to double-stranded RNA (dsRNA) molecules comprising a 6-methyladenine nucleobase and capable of inhibiting the expression of a target gene. Other aspects of the invention relate to pharmaceutical compositions comprising these dsRNA molecules suitable for therapeutic use, and methods of inhibiting the expression of a target gene by administering these dsRNA molecules, e.g., for the treatment of various disease conditions.
• Novel Antagonists Acting at the P2Y₁ Purinergic Receptor:  Synthesis and Conformational Analysis Using Potentiometric and Nuclear Magnetic Resonance Titration Techniques
  作者：Pierre Raboisson、Anthony Baurand、Jean-Pierre Cazenave、Christian Gachet、Myriam Retat、Bernard Spiess、Jean-Jacques Bourguignon

  DOI：10.1021/jm0104062

  日期：2002.2.1

  5'-bisphosphate (1a, pA(2) = 6.55 +/- 0.05), revealing the potency-enhancing effects of the 2-methyl group. The better activity of 1e as compared to 1a was analyzed using both potentiometric and nuclear magnetic resonance titration techniques, which highlighted specific conformational features of this compound. These results clearly indicate the preference for both compounds for an anti conformation at the

  人P2Y（1）受体广泛分布在许多组织中，并具有G蛋白偶联受体的经典结构。该受体被5'-二磷酸腺苷（ADP）激活，对血小板聚集至关重要。在本文中，我们描述了新颖的P2Y（1）拮抗剂的合成，这些拮抗剂至少可以作为定义P2Y（1）受体的生理作用的工具，而最多只能作为新的抗血栓形成剂。因此，我们制备了2，N（6）-二甲基-2'-脱氧腺苷-3'，5'-二磷酸酯衍生物1e。化合物1e抑制ADP诱导的血小板聚集，形状改变和细胞内钙升高的能力证明了其生物学活性。该化合物是P2Y（1）受体的完全拮抗剂，pA（2）值为7.11 +/- 0。11和发现是比参考N（6）-甲基-2'-脱氧腺苷-3'，5'-双磷酸酯（1a，pA（2）= 6.55 +/- 0.05）强4倍，揭示了2-甲基的效力增强作用。使用电位滴定法和核磁共振滴定技术分析了1e与1a相比更好的活性，突出了该化合物的特定构象特征。这些结果清楚地表明对于