4-氨基-1-(2-脱氧-2-氟-beta-D-阿拉伯呋喃糖基)-5-甲基-2(1H)-嘧啶酮 | 78636-53-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 4-氨基-1-(2-脱氧-2-氟-beta-D-阿拉伯呋喃糖基)-5-甲基-2(1H)-嘧啶酮
• 英文名称: 1-(2-deoxy-2-fluoro-β-D-arabinofuranosyl)-5-methylcytosine
• 英文别名: 5-methyl-1-[2-deoxy-2-fluoro-α-D-arabinofuranosyl]cytosine；5-Me-2’F-araC；4-amino-1-[(2R,3S,4R,5R)-3-fluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 78636-53-0
• 化学式: C₁₀H₁₄FN₃O₄
• 分子量: 259.237
• InChiKey: QZZJZXAWLQYJFK-JVZYCSMKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.6
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

制备方法与用途

2′-脱氧-2′-氟-5-甲基阿糖胞苷是一种胞苷核苷类似物，与胞苷类似物一样，它能抑制DNA甲基转移酶（如Zebularine、HY-13420），并具有潜在的抗代谢和抗肿瘤活性。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-氨基-1-(2-脱氧-2-氟-beta-D-阿拉伯呋喃糖基)-5-甲基-2(1H)-嘧啶酮 在 氨 、 溶剂黄146 作用下， 生成 2'-氟-5-甲基阿拉伯糖基尿嘧啶
  参考文献：
  名称：

  核苷。123.抗病毒核苷的合成：5-取代的1-（2-脱氧-2-卤代-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胞嘧啶和-尿嘧啶。一些结构-活动关系。

  摘要：

  描述了几种2'-卤素-5-取代-阿拉伯呋喃糖基胞嘧啶和-尿嘧啶的合成，并研究了结构与体外抗疱疹病毒活性的关系。与2'-溴类似物的2'-氯相比，那些含有2'-氟功能的阿拉伯核苷通常表现出更有效的抗疱疹病毒（HSV）活性。2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]优于2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]的活性证明了氟在2'-“ up”（阿拉伯糖）构型中增强抗病毒效力的重要性。 '-氟-5-碘-核糖-C。在本文测试的所有核苷中，FIAC表现出最强的抗HSV体外活性。2'

  DOI：

  10.1021/jm00356a007
• 作为产物：
  描述：

  5-甲基胞嘧啶 在 硫酸氢铵 、 氨 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 168.0h， 生成 4-氨基-1-(2-脱氧-2-氟-beta-D-阿拉伯呋喃糖基)-5-甲基-2(1H)-嘧啶酮
  参考文献：
  名称：

  核苷。123.抗病毒核苷的合成：5-取代的1-（2-脱氧-2-卤代-β-D-阿拉伯呋喃糖基）胞嘧啶和-尿嘧啶。一些结构-活动关系。

  摘要：

  描述了几种2'-卤素-5-取代-阿拉伯呋喃糖基胞嘧啶和-尿嘧啶的合成，并研究了结构与体外抗疱疹病毒活性的关系。与2'-溴类似物的2'-氯相比，那些含有2'-氟功能的阿拉伯核苷通常表现出更有效的抗疱疹病毒（HSV）活性。2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]优于2'-氟-5-碘-ara-C [3a，FIAC]的活性证明了氟在2'-“ up”（阿拉伯糖）构型中增强抗病毒效力的重要性。 '-氟-5-碘-核糖-C。在本文测试的所有核苷中，FIAC表现出最强的抗HSV体外活性。2'

  DOI：

  10.1021/jm00356a007

文献信息

• Probing Synergistic Effects of DNA Methylation and 2′-β-Fluorination on i-Motif Stability
  作者：Hala Abou Assi、Yu Chen Lin、Israel Serrano、Carlos González、Masad J. Damha

  DOI：10.1002/chem.201704591

  日期：2018.1.9

  possible role of DNA i‐motif structures in telomere biology and in the transcriptional regulation of oncogene promoter regions is supported by several recent studies. Herein we investigate the effect of four cytidine nucleosides (and combinations thereof) on i‐motif structure and stability, namely 2′‐deoxycytidine (dC), 2′‐deoxy‐5‐methyl‐cytidine (5‐Me‐dC), 2′‐deoxy‐2′‐fluoro‐arabinocytidine (2′F‐araC), and

  近期的一些研究支持了DNA i-基序结构在端粒生物学和癌基因启动子区域转录调控中的可能作用。本文我们研究了4个胞苷核苷（及其组合）对i-基序结构和稳定性的影响，即2'-脱氧胞苷（dC），2'-脱氧-5-甲基胞苷（5-Me-dC），2 '-脱氧-2'-氟-阿拉伯糖胞苷（2'F-araC）和2'-脱氧-2'-氟-5-甲基-阿拉伯糖胞苷（5-Me-2'F-araC）。碱基对5-Me-2'F-araC：2'F-araC产生的i-基序的pH为1/2（“ p K a”）值与生理pH值（7.34±0.3）紧密匹配。在pH 7.0下最稳定的端粒序列（HJ-2）的NMR分析表明，该结构被杂化5-Me-dC：2'F-araC半质子化碱基对稳定，因此突出了碱基与糖之间相互作用的重要性修改i-motif结构的稳定性。
• 5-Substituted 1-(2'-deoxy-2'-substituted-beta-D-arabinofuranosyl) pyrimidine nucleosides and pharmaceutical compositions containing them
  申请人：Sloan-Kettering Institute For Cancer Research

  公开号：EP0010205A1

  公开（公告）日：1980-04-30

  1. Pyrimidine nucleosides exhibiting anti-viral and anti-tumor effects have the formula wherein A is OR', SR', NR3R4 or NHacyl wherein R' and R' are the same or different and are hydrogen, lower alkyl of 1 to 7 carbon atoms, aralkyl, or aryl; NHacyl is alkanoyl or aroyl amide; B is oxygen or sulfur; X is halogen, alkylsulfonyl or arylsulfonyl; Y is halogen, amino, monoalkyl- or monoaralkylamino, dialkylamino, aminomethyl, hydroxymethyl, lower alkyl, aryl, aralkyl, vinyl and substituted vinyl or ethynyl and substituted ethynyl; Z is methyne or nitrogen; R1 and R2 are the same or different and are hydrogen acyl or aroyl.

  1.具有抗病毒和抗肿瘤作用的嘧啶核苷的化学式为 其中 A是OR'、SR'、NR3R4或NHacyl，其中R'和R'相同或不同，并且是氢、1至7个碳原子的低级烷基、芳基或芳基； NHacyl 是烷酰基或芳基酰胺； B 是氧或硫； X 是卤素、烷基磺酰基或芳基磺酰基； Y 是卤素、氨基、单烷基或单芳基氨基、二烷基氨基、氨甲基、羟甲基、低级烷基、芳基、芳烷基、乙烯基和取代乙烯基或乙炔基和取代乙炔基； Z 是甲基或氮； R1 和 R2 相同或不同，并且是氢酰基或芳基。
• 2'-DEOXY-2'-FLUORO-BETA-D-ARABINONUCLEOSIDE 5'-TRIPHOSPHATES AND THEIR USE IN ENZYMATIC NUCLEIC ACID SYNTHESIS
  申请人：Masad Damha J.

  公开号：US20090298708A1

  公开（公告）日：2009-12-03

  The invention relates to arabinose modified nucleoside 5′ triphosphates and to the biosynthesis and amplification of oligonucleotides containing and/or from templates containing arabinose modified nucleosides. The invention further relates to methods of generating modified oligonucleotide libraries for use in selection strategies, such as SELEX. The arabinose modified oligonucleotides of the invention are useful for modulating target nucleic acid expression, such as RNA.
• US4211773A
  申请人：——

  公开号：US4211773A

  公开（公告）日：1980-07-08
• US4594339A
  申请人：——

  公开号：US4594339A

  公开（公告）日：1986-06-10