1-<5-O--β-D-ribofuranosyl>-5-methyl-1-1H,3H-pyrimidine-2,4-dione | 138239-62-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-<5-O--β-D-ribofuranosyl>-5-methyl-1-1H,3H-pyrimidine-2,4-dione
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-methyluridine；1-((2R,3R,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione；5’-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-5-methyluridine；5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-5-methyluridine；5'-O-DMTr-5-methyluridine；5'-DMT-5-methyluridine；5'-ODMTr-5-Me-U；5'-DMTr-T；5'-O-[Bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-5-methyluridine；1-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 138239-62-0
• 化学式: C₃₁H₃₂N₂O₈
• 分子量: 560.604
• InChiKey: SWYBMSHCUZGERH-LTGLEFCMSA-N

物化性质

• 密度：
  1.319±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.7
• 重原子数：
  41
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  127
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  8

制备方法与用途

5'-(4',4'-二甲氧基三丁基)-5-甲基尿苷是一种胸苷类似物，能够以插入形式作用于复制中的DNA。这类化合物可用于标记细胞并追踪DNA的合成过程。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-<5-O--β-D-ribofuranosyl>-5-methyl-1-1H,3H-pyrimidine-2,4-dione 在 四氮唑 、 sodium periodate 、 ammonium biborate tetrahydrate 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 N²-di(tert-butyl)isobutylsilyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 3'-O-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  [EN] SYNTHESIS OF BACKBONE MODIFIED MORPHOLINO OLIGONUCLEOTIDES AND CHIMERAS USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY
  [FR] SYNTHÈSE D'OLIGONUCLÉOTIDES MORPHOLINO MODIFIÉS PAR SQUELETTE ET CHIMÈRES UTILISANT LA CHIMIE PHOSPHORAMIDITE

  摘要：

  提供了替代传统N,N-二甲基氨基PMO类似物的吗啉基寡核苷酸以及高产率有效合成这些寡核苷酸的方法。这些寡核苷酸具有硫代磷酰胺酸酰胺、磷酸酰胺酰胺、磷酸酰胺二酯和烷基磷酰胺酰胺连接基。可以制备含有未修饰DNA/RNA和其他DNA/RNA类似物的嵌合体。这些寡核苷酸与互补的DNA或RNA形成的双链比天然DNA或DNA/RNA复合物更稳定，与RNA酶H1活性，可以使用标准脂质试剂转染到细胞中。因此，这些类似物在许多应用中非常有用。

  公开号：

  WO2018057430A1
• 作为产物：
  描述：

  O,O-二(三甲基甲硅烷基)胸苷 在 吡啶 、 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 、 乙腈 为溶剂， 反应 25.75h， 生成 1-<5-O--β-D-ribofuranosyl>-5-methyl-1-1H,3H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  2' - O，5-二甲基尿苷：全合成和单晶X射线衍射研究†

  摘要：

  合成2' - O，5-二甲基尿苷（5）的新方法以较高的产率提供了标题化合物。一锅核糖基化方法的应用导致了5-甲基尿苷（核糖嘧啶，3b）的高效，高产率合成。的X射线衍射分析5中公开的这种核苷的糖部分的构象为反，Ñ（3'-内型），克+。

  DOI：

  10.1002/jhet.5570300522

文献信息

• 1-(2,3-Anhydro-.beta.-D-lyxofuranosyl)cytosine derivatives as potential inhibitors of the human immunodeficiency virus
  作者：Thomas R. Webb、Hiroaki Mitsuya、Samuel Broder

  DOI：10.1021/jm00402a038

  日期：1988.7

  We report here that 1-(2,3-anhydro-beta-D-lyxofuranosyl)cytosine has activity against the human immunodeficiency virus in vitro. A number of 2',3'-anhydro-beta-D-lyxofuranosyl nucleoside derivatives were prepared, but none had the activity of the title compound. New efficient procedures were developed for the synthesis of 3'-deoxy-3'-alkyl- and 3'-deoxy-beta-D-arabinosylpyrimidine derivatives.

  我们在这里报告1-（2,3-脱水-β-D-呋喃糖基）胞嘧啶在体外对人免疫缺陷病毒具有活性。制备了许多2'，3'-脱水-β-D-呋喃呋喃糖基核苷衍生物，但没有一个具有标题化合物的活性。开发了用于合成3'-脱氧-3'-烷基-和3'-脱氧-β-D-阿拉伯糖基嘧啶衍生物的新的有效程序。
• Synthesis of 2′-O-[(Triisopropylsilyl)oxy]methyl (= tom)-Protected Ribonucleoside Phosphoramidites Containing Various Nucleobase Analogues
  作者：Sébastien Porcher、Stefan Pitsch

  DOI：10.1002/hlca.200590209

  日期：2005.10

  new and shorter synthetic strategies, and sometimes introduced other nucleobase-protecting groups. The 2′-O-tom, 5′-O-(dimethoxytrityl)-protected ribonucleosides N2-acetylisocytidine 5, O2-(diphenylcarbamoyl)-N6-isobutyrylisoguanosine 8, N6-isobutyryl-N2-(methoxyacetyl)purine-2,6-diamine ribonucleoside (= N8-isobutyryl-2-[(methoxyacetyl)amino]adenosine) 11, 5-methyluridine 13, and 5,6-dihydrouridine 15

  报道了旨在有效制备多种2'- O -[（三异丙基甲硅烷基）氧基]甲基（＝ tom）保护的含有修饰的核碱基的核糖核苷亚磷酰胺结构单元的研究的第一结果。所有这里提出的核苷已经掺入到RNA序列通过其他几组，采用2'- ö -tbdms-或2'- ø -汤姆保护的亚磷酰胺结构单元（TBDMS =（叔丁基）二甲基甲硅烷）。现在，我们优化了现有反应，开发了一些新的和较短的合成策略，有时还引入了其他核碱基保护基团。2'- ø -汤姆，5'- ø - （二甲氧基三苯甲基）保护的核糖核苷Ñ2-乙酰基异胞苷5，O 2-（二苯基氨基甲酰基）-N 6-异丁酰基异鸟苷8，N 6-异丁酰基-N 2-（甲氧基乙酰基）嘌呤-2,6-二胺核糖核苷（=  N 8-异丁酰基-2-[（甲氧基乙酰基）氨基]腺苷）11，5-甲基尿苷13，和5,6-二氢尿苷15通过首先引入核碱基保护基团和二甲氧基三苯甲基，分别，接着2'-制备ø -汤姆基（方案1）。另一个呈现2'-
• Compounds and oligomeric compounds comprising novel nucleobases
  申请人：——

  公开号：US20040033973A1

  公开（公告）日：2004-02-19

  The present invention relates to nucleoside compositions comprising novel nucleobases and oligomeric compounds comprising at least one such nucleoside. These oligomeric compounds typically have enhanced binding affinity properties compared to oligomeric compounds without the modification. The oligomeric compounds are useful, for example, for investigative and therapeutic purposes.

  本发明涉及包含新型核碱基的核苷酸组合物以及包含至少一种此类核苷酸的寡聚合物化合物。这些寡聚合物化合物通常具有比没有这种修饰的寡聚合物化合物更强的结合亲和性能。这些寡聚合物化合物可用于调查和治疗等用途。
• Synthesis of triazole-linked morpholino oligonucleotides via Cu^I catalysed cycloaddition
  作者：Matthew J. Palframan、Rima D. Alharthy、Paulina K. Powalowska、Christopher J. Hayes

  DOI：10.1039/c6ob00007j

  日期：——

  Triazole-linked morpholino (TLMO) oligonucleic acids were synthesised using the CuI catalysed (3 + 2) azide–alkyne cycloaddition (CuAAC) reaction. The modified DNA analogues were incorporated into 13-mer sequences via solid phase synthesis. UV melting experiments showed that the TLMO modification gives higher Tm values than the corresponding TLDNA modification.

  使用 Cu I催化的 (3 + 2) 叠氮化物-炔烃环加成 (CuAAC) 反应合成三唑连接的吗啉代 ( TL MO) 寡核酸。修饰的 DNA 类似物通过固相合成被整合到 13-mer 序列中。紫外熔解实验表明，TL MO 修饰比相应的TL DNA 修饰产生更高的T m值。
• Tightly linked morpholino-nucleoside chimeras: new, compact cationic oligonucleotide analogues
  作者：Nóra Debreczeni、Miklós Bege、Mihály Herczeg、Ilona Bereczki、Gyula Batta、Pál Herczegh、Anikó Borbás

  DOI：10.1039/d1ob01174j

  日期：——

  cellular uptake and is therefore a major obstacle to the biological application of native oligonucleotides. Backbone modifications, particularly charge alterations is a proven strategy to provide artificial oligonucleotides with improved properties. Here, we describe the synthesis of a new type of oligonucleotide analogues consisting of a morpholino and a ribo- or deoxyribonucleoside in which the 5′-amino

  核酸的聚阴离子磷酸二酯主链导致高核酸酶敏感性和低细胞摄取，因此是天然寡核苷酸的生物应用的主要障碍。主链修饰，特别是电荷改变是一种经过验证的策略，可以提供具有改进特性的人工寡核苷酸。在这里，我们描述了由吗啉代和核糖或脱氧核糖核苷组成的新型寡核苷酸类似物的合成，其中核苷单元的5'-氨基提供吗啉环的氮。该合成方案与三苯甲基和二甲氧基三苯甲基保护基团和叠氮基官能团兼容，并扩展到高级低聚物的合成。由于吗啉单元的N-烷基化叔胺结构，嵌合体在水介质中带正电荷。