7'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-methylmorpholino uridine-4'-N-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropyl]phosphoramidite | 1037305-43-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 7'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-methylmorpholino uridine-4'-N-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropyl]phosphoramidite
• 英文别名: 6'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-cyanoethyl-1'-(N¹-thymidine) morpholino (N,N-diisopropylamino) phosphorodiamidite；3-[[(2S,6R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-6-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)morpholin-4-yl]-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1037305-43-3
• 化学式: C₄₀H₅₀N₅O₇P
• 分子量: 743.84
• InChiKey: XEHSKNSZPOYQCS-KKAJOCKXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.4
• 重原子数：
  53
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  126
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-(2’,3’,5’-tri-O-acetyl-β-D-ribofuranosyl)-thymine 在 sodium periodate 、 4,5-二氰基咪唑 、 ammonium biborate tetrahydrate 作用下， 以 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.0h， 生成 7'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-methylmorpholino uridine-4'-N-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropyl]phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  [EN] SYNTHESIS OF BACKBONE MODIFIED MORPHOLINO OLIGONUCLEOTIDES AND CHIMERAS USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY
  [FR] SYNTHÈSE D'OLIGONUCLÉOTIDES MORPHOLINO MODIFIÉS PAR SQUELETTE ET CHIMÈRES UTILISANT LA CHIMIE PHOSPHORAMIDITE

  摘要：

  提供了替代传统N,N-二甲基氨基PMO类似物的吗啉基寡核苷酸以及高产率有效合成这些寡核苷酸的方法。这些寡核苷酸具有硫代磷酰胺酸酰胺、磷酸酰胺酰胺、磷酸酰胺二酯和烷基磷酰胺酰胺连接基。可以制备含有未修饰DNA/RNA和其他DNA/RNA类似物的嵌合体。这些寡核苷酸与互补的DNA或RNA形成的双链比天然DNA或DNA/RNA复合物更稳定，与RNA酶H1活性，可以使用标准脂质试剂转染到细胞中。因此，这些类似物在许多应用中非常有用。

  公开号：

  WO2018057430A1

文献信息

• Synthesis of Phosphorodiamidate Morpholino Oligonucleotides and Their Chimeras Using Phosphoramidite Chemistry
  作者：Sibasish Paul、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/jacs.6b08854

  日期：2016.12.7

  Phosphorodiamidate morpholinos (PMOs) and PMO-DNA chimeras have been prepared on DNA synthesizers using phosphoramidite chemistry. This was possible by first generating boranephosphoroamidate morpholino internucleotide linkages followed by oxidative substitution with four different amines: N,N-dimethylamine, N-methylamine, ammonia, and morpholine. When compared to a natural DNA duplex, the amino modified

  使用亚磷酰胺化学在 DNA 合成仪上制备了磷酰胺吗啉 (PMO) 和 PMO-DNA 嵌合体。这可以通过首先生成硼烷氨基磷酸酯吗啉代核苷酸间键，然后用四种不同的胺氧化取代：N,N-二甲胺、N-甲胺、氨和吗啉。与天然 DNA 双链体相比，发现氨基修饰的 PMO 与互补 DNA 或 RNA 具有更高的解链温度，而具有吗啉代、二甲氨基或 N-甲基氨基磷二酰胺键的其余 PMO 类似物的解链温度相当或减少。此外，发现 N,N-二甲氨基 PMO-DNA 嵌合体可刺激 RNaseH1 活性。用荧光标记的 PMO 嵌合体处理 HeLa 细胞表明，这些类似物在脂质转染试剂的存在下被细胞有效吸收。由于简单的合成程序，各种 PMO 类似物现在很容易获得，因此应该为反义、诊断和纳米技术寡核苷酸领域的研究开辟新途径。
• Synthesis and Characterization of Thiophosphoramidate Morpholino Oligonucleotides and Chimeras
  作者：Heera K. Langner、Katarzyna Jastrzebska、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1021/jacs.0c04335

  日期：2020.9.23

  demonstrate high stability towards 3'-exonuclease. Hybridization studies show that TMO chimeras consisting of alternating TMO and DNA-pS subunits exhibit higher binding affinity towards complementary RNA relative to the canonical DNA/RNA duplex (~10 oC). Oligonucleotides that consist entirely of TMO linkages also show higher RNA binding affinity, but do not recruit RNase H1. Chimeric TMO analogues demonstrate

  这份手稿概述了一种称为硫代磷酰胺吗啉 (TMO) 的新型寡核苷酸类似物的优化化学合成和初步生化表征。他们的合理设计取决于整合两个经过充分研究的药效团，即硫代磷酸酯 (pS) 和吗啉代，以创建吗啉代-pS 杂合寡核苷酸。我们简单的合成策略能够轻松地将吗啉代-pS 部分和治疗相关的糖修饰串联起来，以创建迄今为止在寡治疗领域尚未开发的新型寡核苷酸 (ON) 类似物。专门经过 TMO 修饰的 ONs 对 3'-核酸外切酶具有高稳定性。杂交研究表明，由交替的 TMO 和 DNA-pS 亚基组成的 TMO 嵌合体相对于规范的 DNA/RNA 双链体 (~10 oC) 对互补 RNA 表现出更高的结合亲和力。完全由 TMO 键组成的寡核苷酸也显示出更高的 RNA 结合亲和力，但不会招募 RNase H1。在旨在评估其作为 HeLa 细胞中 hsa-miR-15b-5p 的 microRNA 抑制剂的潜力的体外生物测定筛选过程中，嵌合
• Synthesis and properties of morpholino chimeric oligonucleotides
  作者：Nan Zhang、Chunyan Tan、Puqin Cai、Yuyang Jiang、Peizhuo Zhang、Yufen Zhao

  DOI：10.1016/j.tetlet.2008.04.035

  日期：2008.5

  Chimeric oligonucleotides with the novel morpholino modification and the phosphoramidate linkers have been synthesized and characterized. These oligonucleotides showed moderate thermal stability with complementary RNA and DNA, and enhanced resistance toward the nuclease (t(1/2) > 10 h). The phosphoramidate linker made the synthesis of such oligonucleotides applicable on a DNA synthesizer. Under the acidic condition (pH 3.0), the phosphoramidate linkers were readily cleaved, and such property might be useful for the DNA-sequence determination. (C) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• [EN] SYNTHESIS OF BACKBONE MODIFIED MORPHOLINO OLIGONUCLEOTIDES AND CHIMERAS USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY<br/>[FR] SYNTHÈSE D'OLIGONUCLÉOTIDES MORPHOLINO MODIFIÉS PAR SQUELETTE ET CHIMÈRES UTILISANT LA CHIMIE PHOSPHORAMIDITE
  申请人：UNIV COLORADO REGENTS

  公开号：WO2018057430A1

  公开（公告）日：2018-03-29

  Amine substituted morpholino oligonucleotides, other than the classical N,N-dimethylamino PMO analogue, and methods of efficiently synthesizing these oligonucleotides with high yield are provided. Morpholino oligonucleotides having thiophosphoramidate, phosphoramidate, phosphoramidate diester, and alkyl phosphoramidate linkers. Chimeras containing unmodified DNA/RNA and other analogs of DNA/RNA can be prepared. These oligonucleotides form duplexes with complementary DNA or RNA that are more stable than natural DNA or DNA/RNA complexes, are active with RNAse H1, and may be transfected into cells using standard lipid reagents. These analogues are therefore useful for numerous applications.

  提供了替代传统N,N-二甲基氨基PMO类似物的吗啉基寡核苷酸以及高产率有效合成这些寡核苷酸的方法。这些寡核苷酸具有硫代磷酰胺酸酰胺、磷酸酰胺酰胺、磷酸酰胺二酯和烷基磷酰胺酰胺连接基。可以制备含有未修饰DNA/RNA和其他DNA/RNA类似物的嵌合体。这些寡核苷酸与互补的DNA或RNA形成的双链比天然DNA或DNA/RNA复合物更稳定，与RNA酶H1活性，可以使用标准脂质试剂转染到细胞中。因此，这些类似物在许多应用中非常有用。