4-amino-1-(2-deoxy-2,2’-difluoro-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-iodopyrimidin-2(1H)-one | 95058-82-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 4-amino-1-(2-deoxy-2,2’-difluoro-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-iodopyrimidin-2(1H)-one
• 英文别名: 2a(2)-Deoxy-2a(2),2a(2)-difluoro-5-iodocytidine；4-amino-1-[(2R,4R,5R)-3,3-difluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-iodopyrimidin-2-one
• CAS: 95058-82-5
• 化学式: C₉H₁₀F₂IN₃O₄
• 分子量: 389.097
• InChiKey: IVLOQZLTEBYPEQ-WYDQCIBASA-N

物化性质

• 熔点：
  >290 °C
• 沸点：
  509.7±60.0 °C(Predicted)
• 密度：
  2.43±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.7
• 重原子数：
  19
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  4-amino-1-(2-deoxy-2,2’-difluoro-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-iodopyrimidin-2(1H)-one 在 吡啶 、 copper(l) iodide 、 四(三苯基膦)钯 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 28.5h， 生成 4-(dibutylaminomethylideneamino)-1-[2-deoxy-2,2’-difluoro-5-O-(4,4’-dimethoxytrityl)-β-D-erythropentofuranosyl]-5-(phenylethynyl)pyrimidin-2(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  吉西他滨，吡咯logemcitabine和2'-氟-2'-脱氧胞苷：合成，物理性质和糖氟化对银离子介导的碱基配对的影响。

  摘要：

  银介导的“ dC-dC”碱基对的稳定性不仅取决于核碱基的结构，而且对糖部分的结构修饰也很敏感。2'-氟化2'-脱氧胞嘧啶核苷具有阿拉伯（向上）和核糖（向下）构型的氟原子，以及双氟取代剂（抗癌药吉西他滨）和新型荧光苯基吡咯并-吉西他滨（phPyrGem）已合成。所有核苷均显示天然存在的2'-脱氧胞苷的识别面。核苷被转化为亚磷酰胺，并通过固相合成掺入12聚体寡核苷酸中。在中心位置附近经过氟修饰的“ dC-dC”对的DNA双链体中添加银离子可显着提高双链体的稳定性。含氟糖残基的双链体的稳定性增加要高于那些未改变2'-脱氧核糖部分的双链体。对“ dC-dT”对也有类似的观察，对“ dC-dA”对也有较小的观察。通过吡咯环环化至胞嘧啶部分，银离子介导的碱基对稳定性的增加被逆转，如2'-氟化ph所示PyrGem与苯基吡咯并-dC （ph PyrdC）的比较。这种现象是由氟取代引起的立体电子效应引起的，

  DOI：

  10.1002/chem.201703427
• 作为产物：
  描述：

  吉西他滨 在 氢碘酸 、 碘 作用下， 以 四氯化碳 、 乙醇 、 水 为溶剂， 反应 16.0h， 以90%的产率得到4-amino-1-(2-deoxy-2,2’-difluoro-β-D-erythro-pentofuranosyl)-5-iodopyrimidin-2(1H)-one
  参考文献：
  名称：

  吉西他滨，吡咯logemcitabine和2'-氟-2'-脱氧胞苷：合成，物理性质和糖氟化对银离子介导的碱基配对的影响。

  摘要：

  银介导的“ dC-dC”碱基对的稳定性不仅取决于核碱基的结构，而且对糖部分的结构修饰也很敏感。2'-氟化2'-脱氧胞嘧啶核苷具有阿拉伯（向上）和核糖（向下）构型的氟原子，以及双氟取代剂（抗癌药吉西他滨）和新型荧光苯基吡咯并-吉西他滨（phPyrGem）已合成。所有核苷均显示天然存在的2'-脱氧胞苷的识别面。核苷被转化为亚磷酰胺，并通过固相合成掺入12聚体寡核苷酸中。在中心位置附近经过氟修饰的“ dC-dC”对的DNA双链体中添加银离子可显着提高双链体的稳定性。含氟糖残基的双链体的稳定性增加要高于那些未改变2'-脱氧核糖部分的双链体。对“ dC-dT”对也有类似的观察，对“ dC-dA”对也有较小的观察。通过吡咯环环化至胞嘧啶部分，银离子介导的碱基对稳定性的增加被逆转，如2'-氟化ph所示PyrGem与苯基吡咯并-dC （ph PyrdC）的比较。这种现象是由氟取代引起的立体电子效应引起的，

  DOI：

  10.1002/chem.201703427

文献信息

• [EN] S-ANTIGEN TRANSPORT INHIBITING OLIGONUCLEOTIDE POLYMERS AND METHODS<br/>[FR] POLYMÈRES OLIGONUCLÉOTIDIQUES INHIBANT LE TRANSPORT DE L'ANTIGÈNE S ET MÉTHODES
  申请人：ALIGOS THERAPEUTICS INC

  公开号：WO2021119325A1

  公开（公告）日：2021-06-17

  Various embodiments provide STOPS™ polymers that are S-antigen transport inhibiting oligonucleotide polymers, processes for making them and methods of using them to treat diseases and conditions. In some embodiments the STOPS™ modified oligonucleotides include an at least partially phosphorothioated sequence of alternating A and C units having modifications as described herein. The sequence independent antiviral activity against hepatitis B of embodiments of STOPS™ modified oligonucleotides, as determined by HBsAg Secretion Assay, is an EC50 that is less than 100 nM.

  各种实施方式提供了STOPS™聚合物，这些聚合物是S-抗原转运抑制寡核苷酸聚合物，提供了制备它们的方法以及使用它们治疗疾病和症状的方法。在某些实施方式中，STOPS™修饰的寡核苷酸包括至少部分磷硫酸酯化的交替A和C单元序列，具有如本文所述的修饰。通过HBsAg分泌测定确定的STOPS™修饰的寡核苷酸对乙型肝炎的序列无关抗病毒活性，其EC50小于100 nM。
• WHEELER, WILLIAM J.;MABRY, THOMAS E.;JONES, C. DAVID, J. LABELL. COMPOUNDS AND RADIOPHARM. , 29,(1991) N, C. 583-589
  作者：WHEELER, WILLIAM J.、MABRY, THOMAS E.、JONES, C. DAVID

  DOI：——

  日期：——
• Gemcitabine, Pyrrologemcitabine, and 2′-Fluoro-2′-Deoxycytidines: Synthesis, Physical Properties, and Impact of Sugar Fluorination on Silver Ion Mediated Base Pairing
  作者：Xiurong Guo、Peter Leonard、Sachin A. Ingale、Frank Seela

  DOI：10.1002/chem.201703427

  日期：2017.12.14

  duplexes with fluorinated sugar residues than for those with an unchanged 2′‐deoxyribose moiety. Similar observations were made for “dC‐dT” pairs and to a minor extent for “dC‐dA” pairs. The increase in silver ion mediated base‐pair stability was reversed by annulation of a pyrrole ring to the cytosine moiety, as shown for 2′‐fluorinated phPyrGem in comparison with phenylpyrrolo‐dC (phPyrdC). This

  银介导的“ dC-dC”碱基对的稳定性不仅取决于核碱基的结构，而且对糖部分的结构修饰也很敏感。2'-氟化2'-脱氧胞嘧啶核苷具有阿拉伯（向上）和核糖（向下）构型的氟原子，以及双氟取代剂（抗癌药吉西他滨）和新型荧光苯基吡咯并-吉西他滨（phPyrGem）已合成。所有核苷均显示天然存在的2'-脱氧胞苷的识别面。核苷被转化为亚磷酰胺，并通过固相合成掺入12聚体寡核苷酸中。在中心位置附近经过氟修饰的“ dC-dC”对的DNA双链体中添加银离子可显着提高双链体的稳定性。含氟糖残基的双链体的稳定性增加要高于那些未改变2'-脱氧核糖部分的双链体。对“ dC-dT”对也有类似的观察，对“ dC-dA”对也有较小的观察。通过吡咯环环化至胞嘧啶部分，银离子介导的碱基对稳定性的增加被逆转，如2'-氟化ph所示PyrGem与苯基吡咯并-dC （ph PyrdC）的比较。这种现象是由氟取代引起的立体电子效应引起的，