2-F-RC(N-BZ)亚磷酰胺单体 | 161442-19-9

• 物质功能分类: 医药中间体 - 原料药中间体
• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 中文名称: 2-F-RC(N-BZ)亚磷酰胺单体
• 中文别名: N-苯甲酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-2'-氟胞苷3'-[2-氰基乙基N,N-二异丙基氨基亚磷酸酯；N-苯甲酰基-5'-O-[二(4-甲氧基苯基)苯基甲基]-2'-脱氧-2'-氟胞苷3'-[2-氰基乙基N,N-二异丙基氨基亚磷酸酯]；N4-苯甲酰基-5'-O-DMT-2'-氟-脱氧胞苷-3'-氰乙氧基亚磷酰胺；(2R,3R,4R,5R)-5-(4-苯甲酰胺基-2-氧代嘧啶-1(2H)-基)-2-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-氟四氢呋喃-3-基(2-氰乙基)二异丙基亚磷酰胺
• 英文名称: N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2'-fluoro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine 3'-(β-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 2'-F-Bz-dC Phosphoramidite；N-[1-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxy-3-fluorooxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• CAS: 161442-19-9
• 化学式: C₄₆H₅₁FN₅O₈P
• 分子量: 851.912
• InChiKey: CKKJPMGSTGVCJJ-GNUWXFRUSA-N

物化性质

• 溶解度：
  DMSO：100 mg/mL（117.38 mM；需要超声波）

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.8
• 重原子数：
  61
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  144
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

安全信息

• 包装等级：
  III
• 危险类别：
  6.1
• 危险性防范说明：
  P201,P261,P280,P305+P351+P338,P308+P313
• 危险品运输编号：
  2811
• 危险性描述：
  H315,H317,H319,H335,H360
• 储存条件：
  2-8℃

制备方法与用途

用途

N4-苯甲酰基-5′-O-DMT-2′-氟-脱氧胞苷-3′-氰乙氧基亚磷酰胺是一种荧光寡核苷酸RNA探针，还可用于提高代谢稳定性和诱导有效的RNAi介导的基因沉默。

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxy-2'-fluorouridine-3'-O-[(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite] 、 2-F-RC(N-BZ)亚磷酰胺单体 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 生成
  参考文献：
  名称：

  低聚核糖核苷酸及其2'-脱氧-2'-氟类似物的异核NMR光谱结构比较

  摘要：

  合成了1-（2'-Deoxy-2'-fluororibofuranosyl）pyrimidines，并掺入RNA寡核苷酸中，得到5'-r [C f GC f（U f U f C f G）GC f G] -3'（ ç ˚F：C的短形式= 2'-脱氧-2'-氟胞苷;ù ˚F：U的短形式= 2'-脱氧-2'-氟尿苷）。通过UV，CD和NMR光谱研究了低聚物，以解决F标记如何取代核糖环中的13 C标记的问题。通过利用19引起的化学位移的改善分散进行了通孔（NOE）和键合（标量耦合）实验F作为替代杂核。给出了氟化的与未改性的低聚物的结构比较。事实证明，与主要采用发夹构象的未修饰寡核苷酸相反，氟化寡核苷酸以14：3的平衡存在于发夹和双链体构象之间。此外，氟化的发夹结构采用两个不同的构象，这两个构象的U和C核苷单元的糖构象不同，如19 F-NMR化学位移所检测到的。讨论了2'-OH基团在RNA二级结构中作为稳定元件的作用。

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800614
• 作为产物：
  描述：

  2'-氟-2'-脱氧尿苷 在 ammonium hydroxide 、 二甲基十二/十四烷基叔胺 、 三乙胺 、 N,N-二异丙基乙胺 、 氯磷酸二苯酯 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 甲醇 、 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 乙腈 为溶剂， 反应 27.83h， 生成 2-F-RC(N-BZ)亚磷酰胺单体
  参考文献：
  名称：

  低聚核糖核苷酸及其2'-脱氧-2'-氟类似物的异核NMR光谱结构比较

  摘要：

  合成了1-（2'-Deoxy-2'-fluororibofuranosyl）pyrimidines，并掺入RNA寡核苷酸中，得到5'-r [C f GC f（U f U f C f G）GC f G] -3'（ ç ˚F：C的短形式= 2'-脱氧-2'-氟胞苷;ù ˚F：U的短形式= 2'-脱氧-2'-氟尿苷）。通过UV，CD和NMR光谱研究了低聚物，以解决F标记如何取代核糖环中的13 C标记的问题。通过利用19引起的化学位移的改善分散进行了通孔（NOE）和键合（标量耦合）实验F作为替代杂核。给出了氟化的与未改性的低聚物的结构比较。事实证明，与主要采用发夹构象的未修饰寡核苷酸相反，氟化寡核苷酸以14：3的平衡存在于发夹和双链体构象之间。此外，氟化的发夹结构采用两个不同的构象，这两个构象的U和C核苷单元的糖构象不同，如19 F-NMR化学位移所检测到的。讨论了2'-OH基团在RNA二级结构中作为稳定元件的作用。

  DOI：

  10.1002/hlca.19970800614

文献信息

• Uniformly modified 2'-deoxy-2'-fluoro-phosphorothioate oligonucleotides as nuclease-resistant antisense compounds with high affinity and specificity for RNA targets
  作者：Andrew M. Kawasaki、Martin D. Casper、Susan M. Freier、Elena A. Lesnik、Maryann C. Zounes、Lendell L. Cummins、Carolyn Gonzalez、P. Dan Cook

  DOI：10.1021/jm00059a007

  日期：1993.4

  ''Uniformly'' modified phosphodiester or phosphorothioate oligonucleotides incorporating 2'-deoxy-2'-fluoroadenosine, -guanosine, -uridine, and -cytidine, reported herein for the first time, when hybridized with RNA afforded consistent additive enhancement of duplex stability without compromising base-pair specificity. CD spectra of the 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides hybridized with RNA indicated that the duplex adopts a fully A-form conformation. The 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides in phosphodiester form were not resistant to nucleases; however, the modified phosphorothioate oligonucleotides were highly nuclease resistant and retained exceptional binding affinity to the RNA targets. The stabilizing effects of the 2'-deoxy-2'-fluoro modifications on RNA-DNA duplexes were shown to be superior to those of the 2'-O-methylribo substitutions. RNA hybrid duplexes with uniformly 2'-deoxy-2'-fluoro-modified oligonucleotides did not support HeLa RNase H activity; however, incorporation of the modifications into ''chimeric'' oligonucleotides has been shown to activate mammalian RNase H. ''Uniformly'' modified 2'-deoxy-2'-fluoro phosphorothioate oligonucleotides afforded antisense molecules with (1) high binding affinity and selectivity for the RNA target and (2) stability toward nucleases.

  均一化修饰的磷酸二酯或硫代磷酸酯寡核苷酸，包含2'-脱氧-2'-氟腺苷、-鸟苷、-尿苷和-胞苷，首次在此报道，当它们与RNA杂交时，表现出一致的叠加性稳定性提升，同时不会影响碱基配对的特异性。2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸与RNA杂交的圆二色光谱表明，杂交双链呈现完全的A型构象。以磷酸二酯形式存在的2'-脱氧-2'-氟修饰的寡核苷酸对核酸酶不具抵抗力；然而，以硫代磷酸酯形式存在的修饰寡核苷酸则具有极高的核酸酶抗性，并且保留了对RNA靶标的卓越结合亲和力。2'-脱氧-2'-氟修饰对RNA-DNA双链的稳定化效果被证明优于2'-O-甲基核糖的替代。与均一化2'-脱氧-2'-氟修饰寡核苷酸形成的RNA杂交双链不支持HeLa细胞中RNase H活性；然而，将修饰引入到“嵌合”寡核苷酸中已被证明可以激活哺乳动物的RNase H。均一化修饰的2'-脱氧-2'-氟硫代磷酸酯寡核苷酸提供了反义分子，具有（1）对RNA靶标的高结合亲和力和选择性，以及（2）对核酸酶的稳定性。
• Structural Comparison of Oligoribonucleotides and Their 2′-Deoxy-2′-fluoro Analogs by heteronuclear NMR spectroscopy
  作者：Bernd Reif、Valentin Wittmann、Harald Schwalbe、Christian Griesinger、Karlheinz Wörner、Kerstin Jahn-Hofmann、Joachim W. Engels、Wolfgang Bermel

  DOI：10.1002/hlca.19970800614

  日期：1997.9.22

  heteronucleus. A comparison of the structures of fluorinated vs. unmodified oligomer is given. It turns out that the fluorinated oligonucleotide exists in a 14:3 equilibrium between a hairpin and a duplex conformation, in contrast to the unmodified oligonucleotide which predominantly adopts the hairpin conformation. Furthermore, the fluorinated hairpin structure adopts two distinct conformations that differ

  合成了1-（2'-Deoxy-2'-fluororibofuranosyl）pyrimidines，并掺入RNA寡核苷酸中，得到5'-r [C f GC f（U f U f C f G）GC f G] -3'（ ç ˚F：C的短形式= 2'-脱氧-2'-氟胞苷;ù ˚F：U的短形式= 2'-脱氧-2'-氟尿苷）。通过UV，CD和NMR光谱研究了低聚物，以解决F标记如何取代核糖环中的13 C标记的问题。通过利用19引起的化学位移的改善分散进行了通孔（NOE）和键合（标量耦合）实验F作为替代杂核。给出了氟化的与未改性的低聚物的结构比较。事实证明，与主要采用发夹构象的未修饰寡核苷酸相反，氟化寡核苷酸以14：3的平衡存在于发夹和双链体构象之间。此外，氟化的发夹结构采用两个不同的构象，这两个构象的U和C核苷单元的糖构象不同，如19 F-NMR化学位移所检测到的。讨论了2'-OH基团在RNA二级结构中作为稳定元件的作用。