3-({tert-Butoxycarbonylmethyl-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-ethyl]-carbamoyl}-methyl)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-pyrimidine-4-carboxylic acid methyl ester | 883575-60-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: 3-({tert-Butoxycarbonylmethyl-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-ethyl]-carbamoyl}-methyl)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-pyrimidine-4-carboxylic acid methyl ester
• CAS: 883575-60-8
• 化学式: C₃₁H₃₄N₄O₉
• 分子量: 606.632
• InChiKey: CPXRYBVUORJDEU-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.03
• 重原子数：
  44.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  166.1
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3-({tert-Butoxycarbonylmethyl-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-ethyl]-carbamoyl}-methyl)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-pyrimidine-4-carboxylic acid methyl ester 在 三乙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 5.5h， 以82%的产率得到3-({Carboxymethyl-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-ethyl]-carbamoyl}-methyl)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-pyrimidine-4-carboxylic acid methyl ester
  参考文献：
  名称：

  The detrimental effect of orotic acid substitution in the peptide nucleic acid strand on the stability of PNA₂:NA triple helices

  摘要：

  我们已经研究了将尿嘧啶的C6衍生物并入多嘧肽核酸寡聚体中。从尿嘧啶-6-羧酸（鸟苷酸）开始，制备了与Fmoc基础合成兼容的肽核酸单体。这种单体然后作为可转化的核碱基，在树脂固定的含有甲基乙酸乙酯的六聚体中，经过氢氧化物或胺的处理，将酯转化为含有鸟苷酸或鸟胺的肽核酸。含有C6修饰核碱基的肽核酸六聚体通过三股结构与聚（核苷酸腺苷酸）和聚（去氧核苷酸腺苷酸）杂交。通过温度依赖的紫外光谱测定，与聚（核苷酸腺苷酸）形成的复合物比与聚（去氧核苷酸腺苷酸）形成的复合物更稳定。然而，相对于未经修改的肽核酸寡聚体形成的复合物，这两种复合物都不稳定。内部或双取代的六聚体比末端取代的六聚体更不稳定，取代类型（酰胺、酯、羧酸）影响整体三股结构的稳定性。这些结果清楚地表明，在多嘧肽PNA中并入C6取代尿嘧啶对三股结构的形成是有害的。我们还将这种化学方法扩展到将尿嘧啶-5-甲基羧酸并入肽核酸六聚体中。在树脂上将C5酯转化为3-（N，N-二甲基氨基）丙酰胺后，观察到了与聚（核苷酸腺苷酸）形成的三股结构显著稳定，这说明了C5取代与肽核酸引导的三股螺旋形成的兼容性。关键词：肽核酸，三股螺旋，鸟苷酸，鸟胺，PNA。

  DOI：

  10.1139/v05-180
• 作为产物：
  描述：

  乳清酸甲酯 在 三乙基硅烷 、 potassium carbonate 、 1-羟基苯并三唑 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 76.0h， 生成 3-({tert-Butoxycarbonylmethyl-[2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)-ethyl]-carbamoyl}-methyl)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydro-pyrimidine-4-carboxylic acid methyl ester
  参考文献：
  名称：

  The detrimental effect of orotic acid substitution in the peptide nucleic acid strand on the stability of PNA₂:NA triple helices

  摘要：

  我们已经研究了将尿嘧啶的C6衍生物并入多嘧肽核酸寡聚体中。从尿嘧啶-6-羧酸（鸟苷酸）开始，制备了与Fmoc基础合成兼容的肽核酸单体。这种单体然后作为可转化的核碱基，在树脂固定的含有甲基乙酸乙酯的六聚体中，经过氢氧化物或胺的处理，将酯转化为含有鸟苷酸或鸟胺的肽核酸。含有C6修饰核碱基的肽核酸六聚体通过三股结构与聚（核苷酸腺苷酸）和聚（去氧核苷酸腺苷酸）杂交。通过温度依赖的紫外光谱测定，与聚（核苷酸腺苷酸）形成的复合物比与聚（去氧核苷酸腺苷酸）形成的复合物更稳定。然而，相对于未经修改的肽核酸寡聚体形成的复合物，这两种复合物都不稳定。内部或双取代的六聚体比末端取代的六聚体更不稳定，取代类型（酰胺、酯、羧酸）影响整体三股结构的稳定性。这些结果清楚地表明，在多嘧肽PNA中并入C6取代尿嘧啶对三股结构的形成是有害的。我们还将这种化学方法扩展到将尿嘧啶-5-甲基羧酸并入肽核酸六聚体中。在树脂上将C5酯转化为3-（N，N-二甲基氨基）丙酰胺后，观察到了与聚（核苷酸腺苷酸）形成的三股结构显著稳定，这说明了C5取代与肽核酸引导的三股螺旋形成的兼容性。关键词：肽核酸，三股螺旋，鸟苷酸，鸟胺，PNA。

  DOI：

  10.1139/v05-180

文献信息

• SYNTHESIS AND PROPERTIES OF PNA OLIGOMERS CONTAINING OROTIC ACID DERIVATIVES
  作者：R. H. E. Hudson、F. Wojciechowski

  DOI：10.1081/ncn-200065964

  日期：2005.4.1

  We have investigated the incorporation of C6-derivatives Of uracil into polypyrimidine peptide nucleic acid oligomers (PNA). Starting with orotic acid (uracil-6-carboxylic acid) we have prepared a PNA monomer containing the methyl orotate nucleobase which is compatible with Fmoc-based synthesis. Treatment of the resin-bound oligomers with hydroxide or amines cleanly converted the ester to an orotic acid or orotamide-containing PNA. Alternatively, the methyl orotate-containing PNA was liberated from the resin by standard acidolysis. PNA bearing a modified nucleobase was found to hybridize to both poly(rA) and poly(dA). Complexes with poly(rA) were more stable than those with poly(dA) but both were destabilized relative to an unmodified PNA. Modification of a terminal residue was tolerated better than modification of an internal position. The type of charge provided by the modification affected the complex stability. In the worst case, an internal modification was nearly as detrimental as a base mismatch.