Fmoc-Dab(ivDde)-OH

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 芴
• 英文名称: Fmoc-Dab(ivDde)-OH
• 英文别名: Fmoc-L-Dab(ivDde)-OH；(2S)-4-[[1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohexylidene)-3-methylbutyl]amino]-2-(9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonylamino)butanoic acid
• 化学式: C₃₂H₃₈N₂O₆
• 分子量: 546.664
• InChiKey: PTMIGKZUTGSHED-VWLOTQADSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.22
• 重原子数：
  40.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  121.8
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Nα-(9-fluorenylmethyloxycarbonyl)-Nγ-(2-chlorobenzyloxycarbonyl)-L-α,γ-diaminobutyric acid 、 Fmoc-Dab(ivDde)-OH 、 Fmoc-甘氨酸 、 芴甲氧羰基-O-苄基-L-苏氨酸 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 生成 octanoyl-Dab(dansyl-Gly)-Thr(Bzl)-Dab(2-ClZ)-Dab-Dab(2-ClZ)-D-Phe-Leu-Dab(2-ClZ)-Dab(2-ClZ)-Thr(Bzl)-OH
  参考文献：
  名称：

  The Contribution of theN-Terminal Structure of Polymyxin B Peptides to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity

  摘要：

  为了阐明多粘菌素 B 多肽 N 端结构与活性的关系，合成了 7 种已阐明其结构的多粘菌素 B 成分肽和 7 种 N 端脂肪酸和/或氨基酸缺失类似物，并测定了它们的抗菌活性。使用[Dab(Dansyl-Gly)1]-多粘菌素 B3（Dab；l-α,γ-二氨基丁酸）作为荧光探针，评估了合成肽的脂多糖（LPS）结合活性。结果表明，脂肪酰基对于 LPS 结合并非不可或缺，但多粘菌素 B 肽的 C9 脂肪酰基对结合亲和力的贡献略大于 C8 或 C7。多粘菌素 B 的脂肪酰基对抗菌活性有很大贡献，而多粘菌素 B1-B6 不同的 N 端结构（含有正常脂肪酸、异脂肪酸、反异脂肪酸或链长在 C7 和 C9 之间的 3-羟基脂肪酸）并不影响杀菌效力。

  DOI：

  10.1246/bcsj.77.1915

文献信息

• V1A RECEPTOR AGONISTS
  申请人：FERRING B.V.

  公开号：US20160122386A1

  公开（公告）日：2016-05-05

  Compounds of formula (I), salts thereof, and compositions and uses thereof are described. The compounds are useful as V1a vasopressin agonists, for the treatment of, e.g., complications of cirrhosis, including bacterial peritonitis, HRS2 and refractory ascites.

  公式（I）的化合物，其盐，以及其组合物和用途被描述。这些化合物可用作V1a加压素激动剂，用于治疗，例如，肝硬化并发症，包括细菌性腹膜炎，HRS2和难治性腹水。
• [EN] BETA-HAIRPIN PEPTIDOMIMETICS<br/>[FR] PEPTIDOMIMÉTIQUES EN ÉPINGLE À CHEVEUX BÊTA
  申请人：POLYPHOR AG

  公开号：WO2016150576A1

  公开（公告）日：2016-09-29

  Beta-hairpin peptidomimetics of the general formula (I), and pharmaceutically acceptable salts thereof, with P, T, Q., and optionally L being elements as defined in the description and the claims, have Gram-negative antimicrobial activity to e.g. inhibit the growth or to kill microorganisms such as Klebsiellapneumoniae and/or Acinetobacter baumannii and/or Escherichia coli and/or Pseudomonas aeruginosa. They ca n be used as medicaments to treat or prevent infections or as disinfectants for foodstuffs, cosmetics, medicaments or other nutrient-containing materials. These peptidomimetics can be manufactured by a process which is based on a mixed solid- and solution phase synthetic strategy.

  Beta-发夹仿生肽的一般公式（I），及其药学上可接受的盐，其中P、T、Q.，以及可选的L作为描述和权利要求中定义的元素，具有抗革兰氏阴性微生物活性，例如抑制生长或杀灭肺炎克雷伯菌、包括鲍曼不动杆菌、大肠杆菌和铜绿假单胞菌等微生物。它们可用作药物治疗或预防感染，或用作食品、化妆品、药物或其他含营养物质的材料的消毒剂。这些仿生肽可以通过基于混合固相和溶液相合成策略的过程制造。
• Characterization of the Polymyxin D Synthetase Biosynthetic Cluster and Product Profile of <i>Paenibacillus polymyxa</i> ATCC 10401
  作者：Charles A. Galea、Meiling Han、Yan Zhu、Kade Roberts、Jiping Wang、Philip E. Thompson、Jian L、Tony Velkov

  DOI：10.1021/acs.jnatprod.6b00807

  日期：2017.5.26

  catalyzes the conversion of l-Ser to the d-form. Structural modeling suggested that the adenylation domains of module 3 in PmxE and modules 6 and 7 in PmxA could bind amino acids with larger side chains than their preferred substrate. Feeding individual amino acids into the culture media not only affected production of polymyxins D1 and D2 but also led to the incorporation of different amino acids at positions

  多粘菌素抗性细菌的患病率增加，促使人们寻求改进的多粘菌素脂肽。在这里，我们描述了来自多粘芽孢杆菌ATCC 10401的多粘菌素D非核糖体肽合成酶的序列和产物图谱。多粘菌素D合酶基因簇包含5个编码ABC转运蛋白的基因（pmxC和pmxD）以及负责多粘菌素D生物合成的酶（pmxA，pmxB和pmxE）。与多粘菌素B和E不同，多粘菌素D与1 -α，γ-二氨基丁酸相反，在3位含有d - Ser，在7位具有l -Thr而不是1-Leu。pmxE的模块3包含一个辅助差向异构域，该域催化l -Ser转化为d-形式。结构建模表明，PmxE中模块3以及PmxA中模块6和7的腺苷酸化域可以结合侧链比其首选底物更大的氨基酸。向培养基中添加单个氨基酸不仅会影响多粘菌素D 1和D 2的产生，而且会导致多粘菌素D的3、6和7位上引入不同的氨基酸。有趣的是，非天然多粘菌素类似物并未显示出对一组革兰氏阴性临床分离株具有抗菌活性，而天然多粘菌素D
• Analogues of Trypsin Inhibitor SFTI-1 with Disulfide Bridge Substituted by Various Length of Carbonyl Bridges
  作者：Anna Legowska、Elzbieta Bulak、Anna Jaskiewicz、Izabella Maluch、Michal Sieracki、Magdalena Wysocka、Adam Lesner、Krzysztof Rolka

  DOI：10.2174/092986610792231483

  日期：2010.10.1

  analogues of trypsin inhibitor SFTI-1 was synthesized by the solid phase method. In these analogues disulfide bridge Cys3 - Cys11 present in native inhibitor was replaced by different-sized carbonyl bridges formed by the amino groups of the side chain of Lys, Orn, Dab or Dap located in positions 3 and/or 11. All analogues appeared to be potent trypsin inhibitors. The values of association equilibrium

  通过固相法合成了八种新的胰蛋白酶抑制剂SFTI-1单环类似物。在这些类似物中，天然抑制剂中存在的二硫键Cys3-Cys11被位于3和/或11位上的Lys，Orn，Dab或Dap侧链的氨基形成的不同大小的羰基桥所取代。是有效的胰蛋白酶抑制剂。牛β-胰蛋白酶测定的缔合平衡常数值范围为10（8）-10（9）M（-1），最高（3.90×10（9）M（-1）），适用于含有Lys和Dap的类似物在上述位置。获得的结果清楚地表明，该氧化还原稳定修饰在蛋白酶抑制剂的结构中具有良好的耐受性。
• The Contribution of the<i>N</i>-Terminal Structure of Polymyxin B Peptides to Antimicrobial and Lipopolysaccharide Binding Activity
  作者：Naoki Sakura、Tatsuya Itoh、Yoshiki Uchida、Kazuhiro Ohki、Keiko Okimura、Kenzo Chiba、Yuki Sato、Hiroyuki Sawanishi

  DOI：10.1246/bcsj.77.1915

  日期：2004.10

  To elucidate the N-terminal structure–activity relationships of polymyxin B peptides, seven polymyxin B component peptides, the structures of which having been elucidated, and seven N-terminal fatty acid and/or amino acid deletion analogs were synthesized, and their antimicrobial activities determined. The lipopolysaccharide (LPS) binding activities of synthetic peptides were evaluated using [Dab(Dansyl-Gly)1]-polymyxin B3 (Dab; l-α,γ-diaminobutyric acid) as a fluorescent probe. The results indicated that the fatty acyl moiety was not indispensable for LPS binding, but the C9 fatty acyl groups of polymyxin B peptides contributed to the binding affinity to a slightly greater extent than C8 or C7. The fatty acyl moieties of polymyxin B contributed greatly to the antimicrobial activity, while the distinct N-terminal structures of polymyxin B1–B6, bearing normal-, iso-, or anteiso-fatty acids, or 3-hydroxy-fatty acid with chain lengths between C7 and C9, did not affect bactericidal potency.

  为了阐明多粘菌素 B 多肽 N 端结构与活性的关系，合成了 7 种已阐明其结构的多粘菌素 B 成分肽和 7 种 N 端脂肪酸和/或氨基酸缺失类似物，并测定了它们的抗菌活性。使用[Dab(Dansyl-Gly)1]-多粘菌素 B3（Dab；l-α,γ-二氨基丁酸）作为荧光探针，评估了合成肽的脂多糖（LPS）结合活性。结果表明，脂肪酰基对于 LPS 结合并非不可或缺，但多粘菌素 B 肽的 C9 脂肪酰基对结合亲和力的贡献略大于 C8 或 C7。多粘菌素 B 的脂肪酰基对抗菌活性有很大贡献，而多粘菌素 B1-B6 不同的 N 端结构（含有正常脂肪酸、异脂肪酸、反异脂肪酸或链长在 C7 和 C9 之间的 3-羟基脂肪酸）并不影响杀菌效力。