Desoxyguanosin-5'-phosphoromorpholidat | 65861-57-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 咪唑并嘧啶类
• 英文名称: Desoxyguanosin-5'-phosphoromorpholidat
• 英文别名: [(2R,3S,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-morpholin-4-ylphosphinic acid
• CAS: 65861-57-6
• 化学式: C₁₄H₂₁N₆O₇P
• 分子量: 416.331
• InChiKey: VMAGHSIMLJBMND-IVZWLZJFSA-N

物化性质

• 密度：
  2.02±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -3.1
• 重原子数：
  28
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.64
• 拓扑面积：
  174
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Desoxyguanosin-5'-phosphoromorpholidat 、 亚甲基二磷酸 以 二甲基亚砜 为溶剂， 反应 60.0h， 以50%的产率得到2'-Deoxy-5'-O-(hydroxy{[hydroxy(phosphonomethyl)phosphoryl]oxy}phosphoryl)guanosine
  参考文献：
  名称：

  (R)-β,γ-氟亚甲基-dGTP-DNA 三元复合物与 DNA 聚合酶 β

  摘要：

  核苷酸的 β,γ-氟亚甲基类似物通常被认为是 DNA 聚合酶天然底物的有用模拟物，但尚无定义其活性位点相互作用的直接结构证据。此外，尚未探索引入新手性中心（CHF 碳）的效果。我们在此报告了 dGTP 的非对映异构 β,γ-CHF 类似物（R，3；S，4）与 DNA pol β 活性位点相互作用的结构研究，该修复酶在碱基切除修复 (BER) 中起重要作用和肿瘤发生。dGMP 5'-吗啉酸盐与（氟亚甲基）双膦酸的四丁基铵盐（6b，通过四异丙基亚甲基双膦酸碳负离子与 Selectfluor 氟化制备，如其二氟类似物 7b 一样制备）的缀合得到 3 和 4 的 1:1 混合物（通过 19F NMR , pH 值 10)。还合成了 β,γ-CF2 (2) 和 β,γ-CH2 (1) dGTP 类似物。从含有 3 + 4 和预先形成的 DNA pol β 复合物的溶液中结晶...

  DOI：

  10.1021/ja072127v
• 作为产物：
  描述：

  吗啉 、 2ˊ-脱氧鸟苷-5ˊ-一磷酸 在 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 水 、 叔丁醇 为溶剂， 以96%的产率得到Desoxyguanosin-5'-phosphoromorpholidat
  参考文献：
  名称：

  (R)-β,γ-氟亚甲基-dGTP-DNA 三元复合物与 DNA 聚合酶 β

  摘要：

  核苷酸的 β,γ-氟亚甲基类似物通常被认为是 DNA 聚合酶天然底物的有用模拟物，但尚无定义其活性位点相互作用的直接结构证据。此外，尚未探索引入新手性中心（CHF 碳）的效果。我们在此报告了 dGTP 的非对映异构 β,γ-CHF 类似物（R，3；S，4）与 DNA pol β 活性位点相互作用的结构研究，该修复酶在碱基切除修复 (BER) 中起重要作用和肿瘤发生。dGMP 5'-吗啉酸盐与（氟亚甲基）双膦酸的四丁基铵盐（6b，通过四异丙基亚甲基双膦酸碳负离子与 Selectfluor 氟化制备，如其二氟类似物 7b 一样制备）的缀合得到 3 和 4 的 1:1 混合物（通过 19F NMR , pH 值 10)。还合成了 β,γ-CF2 (2) 和 β,γ-CH2 (1) dGTP 类似物。从含有 3 + 4 和预先形成的 DNA pol β 复合物的溶液中结晶...

  DOI：

  10.1021/ja072127v

文献信息

• Halogenated β,γ-Methylene- and Ethylidene-dGTP-DNA Ternary Complexes with DNA Polymerase β: Structural Evidence for Stereospecific Binding of the Fluoromethylene Analogues
  作者：Vinod K. Batra、Lars C. Pedersen、William A. Beard、Samuel H. Wilson、Boris A. Kashemirov、Thomas G. Upton、Myron F. Goodman、Charles E. McKenna

  DOI：10.1021/ja909370k

  日期：2010.6.9

  enzyme that plays an important role in base excision repair (BER) and oncogenesis. We report X-ray crystallographic results for a series of beta,gamma-CXY dGTP analogues, where X,Y = H, F, Cl, Br, and/or CH(3). For all three R/S monofluorinated analogues examined (CHF, 3/4; CCH(3)F, 13/14; CClF 15/16), a single CXF-diastereomer (3, 13, 16) is observed in the active site complex, with the CXF fluorine

  核苷酸的β，γ-氟亚甲基类似物被认为是天然底物的有用模拟物，但尚无定义其活性位点相互作用的直接结构证据，包括在 CHF 碳上引入的新手性中心的影响，如β ,γ-氟亚甲基-dGTP，与 DNA 聚合酶 β 形成活性位点复合物，DNA 聚合酶是一种在碱基切除修复 (BER) 和肿瘤发生中起重要作用的修复酶。我们报告了一系列 beta、γ-CXY dGTP 类似物的 X 射线晶体学结果，其中 X、Y = H、F、Cl、Br 和/或 CH(3)。对于检查的所有三个 R/S 单氟化类似物（CHF，3/4；CCH(3)F，13/14；CClF 15/16），在活性位点观察到单个 CXF-非对映异构体（3、13、16）复杂的，CXF 氟原子与 Arg183 的胍 N 相距约 3 A（键合）距离。相比之下，对于 CHCl、CHBr 和 CHCH(3) 类似物，两种非对映异构体（6/7、8/9、10/11）大致相等地填充酶复合物中的
• β,γ-CHF- and β,γ-CHCl-dGTP Diastereomers: Synthesis, Discrete ³¹P NMR Signatures, and Absolute Configurations of New Stereochemical Probes for DNA Polymerases
  作者：Yue Wu、Valeria M. Zakharova、Boris A. Kashemirov、Myron F. Goodman、Vinod K. Batra、Samuel H. Wilson、Charles E. McKenna

  DOI：10.1021/ja300218x

  日期：2012.5.30

  characterized by (31)P, (1)H, and (19)F NMR spectroscopy and by mass spectrometry. After treatment with Chelex-100 to remove traces of paramagnetic ions, at pH ~10 the diastereomer pairs 12a,b exhibit discrete P(α) and P(β)(31)P resonances. The more upfield P(α) and more downfield P(β) resonances (and also the more upfield (19)F NMR resonance in 12b) are assigned to the R configuration at the P(β)-CHX-P(γ)

  脱氧核苷 5'-三磷酸类似物（其中 β,γ-桥氧已被 CXY 基团取代）是研究 DNA 聚合酶催化和碱基选择机制的有用化学探针。此类探针的局限性在于，当桥接碳取代不等价（X≠Y）时，常规合成方法会产生非对映异构体的混合物。我们在这里报告了这个长期存在的问题的通用解决方案，其中包括四个 β,γ-CXY dNTP 非对映体示例：(S)- 和 (R)-β,γ-CHCl-dGTP (12a-1/12a-2) 和(S)-和(R)-β,γ-CHF-dGTP (12b-1/12b-2)。其制备的核心是将前手性母体双膦酸转化为其 (R)-扁桃酸单酯的 P,C-二吗啉酰胺衍生物 7，从而获得各个非对映异构体 7a-1、7a-2、7b-1、和7b-2通过制备型HPLC。然后选择性酸性水解 PN 键，得到“门户”非对映异构体，该非对映异构体很容易与吗啉激活的 dGMP 偶联。通过 H(2) (Pd/C) 去除手性辅助物，得到四种单独的非对映核苷酸
• α-Azido Bisphosphonates: Synthesis and Nucleotide Analogues
  作者：Brian T. Chamberlain、Thomas G. Upton、Boris A. Kashemirov、Charles E. McKenna

  DOI：10.1021/jo200045a

  日期：2011.6.17

  The first examples of alpha-azido bisphosphonates [(RO)(2) P(O)](2)CXN3 (1, R = i-Pr, X = Me; 2, R = i-Pr, X = H; 3, R = H, X = Me; 4, R = H, X = H) and corresponding beta,gamma-CXN3 dGTP (5-6) and alpha/beta-CXN3 dATP (7-8) analogues are described. The individual diastereomers of 7 (7a/b) were obtained by HPLC separation of the dADP synthetic precursor (14a/b).
• (<i>R</i>)-β,γ-Fluoromethylene-dGTP-DNA Ternary Complex with DNA Polymerase β
  作者：Charles E. McKenna、Boris A. Kashemirov、Thomas G. Upton、Vinod K. Batra、Myron F. Goodman、Lars C. Pedersen、William A. Beard、Samuel H. Wilson

  DOI：10.1021/ja072127v

  日期：2007.12.1

  oncogenesis. The conjugation of dGMP 5‘-morpholidate with a tetrabutylammonium salt of (fluoromethylene)bisphosphonic acid (6b, prepared like its difluoro analogue 7b via fluorination of tetraisopropyl methylenebisphosphonate carbanion with Selectfluor) gives a 1:1 mixture of 3 and 4 (by 19F NMR, pH 10). The β,γ-CF2 (2) and β,γ-CH2 (1) dGTP analogues were also synthesized. Crystallization from a solution

  核苷酸的 β,γ-氟亚甲基类似物通常被认为是 DNA 聚合酶天然底物的有用模拟物，但尚无定义其活性位点相互作用的直接结构证据。此外，尚未探索引入新手性中心（CHF 碳）的效果。我们在此报告了 dGTP 的非对映异构 β,γ-CHF 类似物（R，3；S，4）与 DNA pol β 活性位点相互作用的结构研究，该修复酶在碱基切除修复 (BER) 中起重要作用和肿瘤发生。dGMP 5'-吗啉酸盐与（氟亚甲基）双膦酸的四丁基铵盐（6b，通过四异丙基亚甲基双膦酸碳负离子与 Selectfluor 氟化制备，如其二氟类似物 7b 一样制备）的缀合得到 3 和 4 的 1:1 混合物（通过 19F NMR , pH 值 10)。还合成了 β,γ-CF2 (2) 和 β,γ-CH2 (1) dGTP 类似物。从含有 3 + 4 和预先形成的 DNA pol β 复合物的溶液中结晶...