4-pyrimidinone 1-β-D-riboside | 21052-20-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 英文名称: 4-pyrimidinone 1-β-D-riboside
• 英文别名: ribofuranoside 4-pyrimidinone；4-pyrimidinone ribofuranoside；1-β-D-Ribofuranosyl-4-oxo-pyrimidin；1-(β-D-ribofuranosyl)-4-pyrimidinone；1-β-D-ribofuranosyl-1H-pyrimidin-4-one；1-(beta-D-Ribofuranosyl)-1,4-dihydropyrimidine-4-one；1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-4-one
• CAS: 21052-20-0
• 化学式: C₉H₁₂N₂O₅
• 分子量: 228.205
• InChiKey: HBAOOJMHOIAVIG-ZOQUXTDFSA-N

物化性质

• 沸点：
  499.0±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.73±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -2
• 重原子数：
  16
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  103
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  5

制备方法与用途

脱氧尿苷是一种嘌呤核苷类似物，具有广泛的抗肿瘤活性，特别是针对惰性淋巴系统恶性肿瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡。

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  在 sodium methylate 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 生成 4-pyrimidinone 1-β-D-riboside
  参考文献：
  名称：

  C5取代基对2-硫尿苷脱硫途径的影响以及所得4-嘧啶酮产品的构象分析

  摘要：

  近年来，越来越多的注意力集中在存在于转移RNA（tRNA）中的转录后修饰上，这被认为构成了基因表达调控的另一个层次。其中最有代表性的是5-取代的2-硫尿苷（R5S2U），它们位于反密码子的摆动位置，在调节翻译过程中起着根本性的作用。另一方面，含硫生物分子是攻击活性氧（ROS）的主要场所。我们以前已经证明，在模拟细胞氧化应激的体外条件下，单独的S2U或与RNA链结合的S2U会进行脱硫，生成尿苷和4-嘧啶酮核苷（H2U）产物。该反应是pH和浓度依赖性的。在这项研究中，这是第一次 我们证明R5S2Us的2-硫尿嘧啶环的C5位置的取代基影响脱硫途径，从而影响产物比率。随着取代基R的变化，R5H2U的数量按H–> CH的顺序增加3 O-> CH 3 OC（O）CH 2 - > HOC（O）CH 2 NHCH 2 - ≈CH 3 NHCH 2 - ，且该效果更在较低pH下明显。所得R5H2U产物的构象

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2015.07.030

文献信息

• Desulfuration of 2-thiouridine with hydrogen peroxide in the physiological pH range 6.6–7.6 is pH-dependent and results in two distinct products
  作者：Elzbieta Sochacka、Paulina Bartos、Karina Kraszewska、Barbara Nawrot

  DOI：10.1016/j.bmcl.2013.08.114

  日期：2013.11

  The 2-thiomodified nucleosides, located at first position of tRNAs anticodon, may constitute a primary target for oxidative attack under conditions of oxidative stress. Desulfuration of 2-thiouridine (S2U) was investigated in the 1H NMR scale in the presence of 100 mM H2O2 and phosphate buffer in the physiological pH range, from pH 6.6 to 7.6. The obtained data demonstrate an intriguing result that

  位于tRNAs反密码子第一个位置的2-硫代修饰核苷可能构成氧化应激条件下氧化攻击的主要靶标。在100 mM H 2 O 2和磷酸盐缓冲液的存在下，在生理pH范围为6.6至7.6的范围内，以1 H NMR规模研究了2-硫尿苷（S2U）的脱硫。获得的数据证明了一个有趣的结果，在pH 7.6范围内，尿苷是S2U脱硫的主要产物，而4-嘧啶酮核苷（H2U）在pH 6.6中占优势。在tRNA氧化损伤的背景下，讨论了可能的脱硫途径以及将S2U转化为U或H2U的生物学重要性。
• Efficient desulfurization of 2-thiopyrimidine nucleosides to the corresponding 4-pyrimidinone analogues using trans-2-(phenylsulfonyl)-3-phenyloxaziridine
  作者：Elżbieta Sochacka、Iwona Frątczak

  DOI：10.1016/j.tetlet.2004.07.052

  日期：2004.8

  A brief treatment of 2-thiopyrimidine nucleosides (s2U∗) with trans-2-phenylsulfonyl-3-phenyloxaziridine (PSO) results in efficient substrate desulfurization leading to the corresponding 4-pyrimidinone analogues (H2U∗). The key transformation proceeds through oxidation of the 2-thiocarbonyl group to a sulfur oxyacid derivative and subsequent elimination of sulfur dioxide. 4-Pyrimidinone 1-β-d-riboside

  用反式-2-苯基磺酰基-3-苯基恶唑烷酮（PSO）对2-硫代嘧啶核苷（s 2 U ∗）进行简短处理，可以有效地进行底物脱硫，从而生成相应的4-嘧啶酮酮类似物（H 2 U ∗）。关键的转化过程是通过将2-硫代羰基氧化为硫代含氧酸衍生物，然后消除二氧化硫而进行的。4-嘧啶酮1-β-d-核糖苷（H 2U）已转化为相应的亚磷酰胺，这是一种随时可用的单体，用于将修饰的核苷引入寡核苷酸链。而且，如MALDI-TOF质谱法所证实的，通过用PSO处理TdA（s 2 U）dGdC寡核苷酸，可以直接在寡核苷酸水平上实现2-硫尿苷核苷酸的有效脱硫。
• Cytochrome <i>c</i>Catalyzes the Hydrogen Peroxide-Assisted Oxidative Desulfuration of 2-Thiouridines in Transfer RNAs
  作者：Małgorzata Sierant、Katarzyna Kulik、Elzbieta Sochacka、Rafal Szewczyk、Milena Sobczak、Barbara Nawrot

  DOI：10.1002/cbic.201700692

  日期：2018.4.4

  The H2O2‐promoted desulfuration of 5‐substituted 2‐thiouridines (R5S2U) [present in the first (wobble) position of the anticodon of transfer RNAs, tRNAs], either alone or within an RNA/tRNA chain, is catalyzed by cytochrome c (cyt c). The presence of uridine sulfenic, sulfinic, and sulfonic acid intermediates in the pathway of the cyt c/H2O2‐peroxidase‐mediated 2‐thiouridine→4‐pyrimidinone nucleoside

  H 2 O 2促进的5-取代的2-硫尿苷（R5S2U）的脱硫[存在于转移RNA，tRNA的反密码子的第一个（摆动）位置]，可以单独催化，也可以在RNA / tRNA链中催化细胞色素 c（cyt  c）。cyt c / H 2 O 2-过氧化物酶介导的2-硫代尿苷→4-嘧啶酮核苷转化途径中存在尿苷亚磺酸，亚磺酸和磺酸中间体 。
• Nucleoside analogs
  申请人：Ribozyme Pharmaceuticals, Inc.

  公开号：US06248878B1

  公开（公告）日：2001-06-19

  Novel nucleoside analogs, such as 3-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-2-fluoropyridine, 3-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-pyridin-2-one, 3-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-pyridin-2-(4-nitrophenylethyl)-one, 3-(&agr;-D-Ribofuranosyl)-2-fluoropyridine, 5-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-2-bromopyridine, 5-(&agr;-D-Ribofuranosyl)-2-bromopyridine, 5-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-pyridin-2-one, 5-(&agr;-D-Ribofuranosyl)-pyridin-2-one, 5-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-2-aminopyridine, 5-(&bgr;-D-Ribofuranosyl)-pyridin-2-(4-nitrophenylethyl)-one, and 5-(&agr;-D-Ribofuranosyl)-2-aminopyridine; process for their synthesis and incorporation into polynucleotides.

  新型核苷类似物，例如3-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-2-氟吡啶，3-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-吡啶-2-酮，3-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-吡啶-2-（4-硝基苯乙基）-酮，3-（&agr;-D-核糖呋喃基）-2-氟吡啶，5-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-2-溴吡啶，5-（&agr;-D-核糖呋喃基）-2-溴吡啶，5-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-吡啶-2-酮，5-（&agr;-D-核糖呋喃基）-吡啶-2-酮，5-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-2-氨基吡啶，5-（&bgr;-D-核糖呋喃基）-吡啶-2-（4-硝基苯乙基）-酮和5-（&agr;-D-核糖呋喃基）-2-氨基吡啶；它们的合成过程以及它们被纳入多核苷酸的过程。
• Ribozymes directed against flt-1
  申请人：RIBOZYME PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：EP1321521A1

  公开（公告）日：2003-06-25

  Nucleic acid catalysts which modulate the expression of flt-1 gene; methods of delivery, screening, identification, synthesis, deprotection, purification of nucleic acid catalysts and process for identification of nucleic acid molecules is described.

  描述了调节 flt-1 基因表达的核酸催化剂；核酸催化剂的递送、筛选、鉴定、合成、脱保护、纯化方法以及核酸分子的鉴定过程。