吉西他滨杂质和衍生物 | 95058-85-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘧啶核苷
• 中文名称: 吉西他滨杂质和衍生物
• 英文名称: α-1-(2-oxo-4-amino-1,2-dihydropyrimidin-1-yl)-2-deoxy-2,2-difluororibose
• 英文别名: 2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine；gemcitabine；gomitabine；gemzar；α-gemcitabine；α-1-(2'-deoxy-2',2'-difluoro-D-ribofuranosyl)-4-aminopyrimidine-2-one；Unii-D5E7OL4ixv；4-amino-1-[(2S,4R,5R)-3,3-difluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 95058-85-8
• 化学式: C₉H₁₁F₂N₃O₄
• 分子量: 263.201
• InChiKey: SDUQYLNIPVEERB-QXRNQMCJSA-N

物化性质

• 沸点：
  482.7±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.84±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -1.5
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  2
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  108
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  吉西他滨杂质和衍生物 在 盐酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 吡啶 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 12.0h， 生成 5-amino-N-(1-((2R,4R,5R)-3,3-difluoro-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)tetrahydrofuran-2-yl)-2-oxo-1,2-dihydropyrimidin-4-yl)picolinamide hydrochloride
  参考文献：
  名称：

  吉西他滨衍生物对流感病毒和严重急性呼吸综合征冠状病毒2的抗病毒活性评价

  摘要：

  吉西他滨是脱氧胞苷的核苷类似物，据报道是一种针对 DNA 和 RNA 病毒的广谱抗病毒剂。对核苷类似物库的筛选鉴定出吉西他滨及其衍生物（化合物1、2a和3a ）可阻断流感病毒感染。为了通过降低细胞毒性来提高其抗病毒选择性，合成了 14 种其他衍生物，其中2a和3a的吡啶环经过化学修饰。结构与活性以及结构与毒性关系研究表明，化合物2e和2h对甲型和乙型流感病毒最有效，但细胞毒性最小。值得注意的是，与细胞毒性吉西他滨相比，它们分别以 14.5-34.3 和 11.4-15.9 μM 的浓度抑制了 90% 的病毒感染，在 300 μM 时将模拟感染细胞的活力维持在 90% 以上。由此产生的抗病毒选择性与临床批准的核苷类似物法匹拉韦相当。基于细胞的病毒聚合酶测定证明了2e和2h靶向病毒 RNA 复制和/或转录的作用模式。在小鼠甲型流感病毒感染模型中，腹腔注射2 小时不仅可以降低肺部病毒 RNA 水

  DOI：

  10.1021/acsinfecdis.3c00034
• 作为产物：
  描述：

  [(2R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxymethyl]-3,3-difluorooxolan-2-yl] methanesulfonate 生成 吉西他滨杂质和衍生物
  参考文献：
  名称：

  HERTEL, LARRY W.

  摘要：

  DOI：

文献信息

• Inactivation of <i>Lactobacillus leichmannii</i> Ribonucleotide Reductase by 2′,2′-Difluoro-2′-deoxycytidine 5′-Triphosphate: Covalent Modification
  作者：Gregory J. S. Lohman、JoAnne Stubbe

  DOI：10.1021/bi902132u

  日期：2010.2.23

  nucleoside triphosphates to deoxynucleotides and is rapidly (<30 s) inactivated by 1 equiv of 2′,2′-difluoro-2′-deoxycytidine 5′-triphosphate (F2CTP). [1′-3H]- and [5-3H]F2CTP were synthesized and used independently to inactivate RNR. Sephadex G-50 chromatography of the inactivation mixture revealed that 0.47 equiv of a sugar was covalently bound to RNR and that 0.71 equiv of cytosine was released. Alternatively

  来自莱希曼乳杆菌的核糖核苷酸还原酶 (RNR) 是一种 76 kDa 单体，使用腺苷钴胺素 (AdoCbl) 作为辅助因子，催化核苷三磷酸转化为脱氧核苷酸，并被 1 当量的 2',2'-二氟快速（<30 秒）灭活-2'-脱氧胞苷5'-三磷酸（F 2 CTP）。合成了[1'- 3 H]-和[5- 3 H]F 2 CTP并独立用于灭活RNR。灭活混合物的 Sephadex G-50 色谱显示，0.47 当量的糖与 RNR 共价结合，并且释放了 0.71 当量的胞嘧啶。或者，在未煮沸的情况下通过 SDS-PAGE 对失活的 RNR 进行分析，导致 33% 的 RNR 迁移为 110 kDa 蛋白质。用 [1'- 3 H]F 2 CTP 和 [1'- 2 H]F 2 CTP的混合物灭活 RNR ，然后用 NaBH 4还原，用碘乙酰胺烷基化，胰蛋白酶消化，并对所得肽进行 HPLC 分离通过MALDI-TOF质谱(MS)分离鉴定出RNR
• Anti-HCV nucleoside derivatives
  申请人：——

  公开号：US20030008841A1

  公开（公告）日：2003-01-09

  The present invention comprises novel and known purine and pyrimidine nucleoside derivatives which have been discovered to be active against hepatitis C virus (HCV). The use of these derivatives for the treatment of HCV infection is claimed as are the novel nucleoside derivatives disclosed herein.

  本发明涉及新颖和已知的嘌呤和嘧啶核苷衍生物，已发现这些衍生物对丙型肝炎病毒（HCV）具有活性。本发明声明利用这些衍生物治疗HCV感染，以及本文所披露的新颖核苷衍生物。
• Method for the Preparation of 2'-Deoxy-2',2'-Difluorocytidine
  申请人：Lee Jaeheon

  公开号：US20070249818A1

  公开（公告）日：2007-10-25

  This invention relates to an improved method for stereoselectively preparing 2¢¥-deoxy-2¢¥,2¢¥-difluorocytidine of formula (I), which comprises the steps of reacting a 1-halo ribofuranose compound of formula (III) with a nucleobase of formula (IV) in a solvent to obtain a nucleoside of formula (II) with removing the silyl halide of formula (V) produced during the reaction; and deprotecting the nucleoside of formula (II) to obtain 2¢¥-deoxy-2¢¥,2¢¥-difluorocytidine of formula (I).

  这项发明涉及一种改进的立体选择性制备式(I)的2'-脱氧-2',2'-二氟胞苷的方法，包括以下步骤：在溶剂中将式(III)的1-卤代核糖化合物与式(IV)的核碱基反应，得到式(II)的核苷，去除反应过程中产生的式(V)的硅基卤代物；脱保护式(II)的核苷，得到式(I)的2'-脱氧-2',2'-二氟胞苷。
• Method for preparation of 2'-deoxy-2', 2'-difluoro-beta-cytidine or pharmaceutically acceptable salts thereof by using 1,6-anhydro-beta-D-glucose as raw material
  申请人：Gong Chen

  公开号：US20060003963A1

  公开（公告）日：2006-01-05

  The present invention provides a method for preparation of 2′-deoxy-2′,2′-difluoro-β-cytidine or pharmaceutically acceptable salt thereof, comprising starting from 1,6-anhydro-β-D-glucose as raw material, oxidizing, and fluorinating to obtain 2-deoxy-2,2-difluoro-D-ribofuranose as intermediate. The 2′-deoxy-2′,2′-difluoro-β-cytidine was finally prepared from the intermediate of 2-deoxy-2,2-difluoro-D-ribofuranose. The method is simple in operation and has a high yield. The method can effectively be used in large-scale production.

  本发明提供了一种制备2'-去氧-2',2'-二氟-β-胞苷或其药学上可接受的盐的方法，包括以1,6-脱水-β-D-葡萄糖为原料，经氧化和氟化得到2-去氧-2,2-二氟-D-核糖呋喃糖作为中间体。最终从2-去氧-2,2-二氟-D-核糖呋喃糖的中间体制备出2'-去氧-2',2'-二氟-β-胞苷。该方法操作简单，产率高，能有效地用于大规模生产。
• Degradation Chemistry of Gemcitabine Hydrochloride, a New Antitumor Agent
  作者：Sally L. Anliker、Michael S. McClure、Thomas C. Britton、Erwin A. Stephan、Steven R. Maple、Gary G. Cooke

  DOI：10.1002/jps.2600830524

  日期：1994.5

  The anti-tumor agent gemcitabine hydrochloride, a beta-difluoronucleoside, is remarkably stable in the solid state. In 0.1 N HCI solution at 40 degrees C, deamination of gemcitabine occurs, yielding its uridine analogue. Approximately 86% of the initial gemcitabine remains after 4 weeks under these conditions. Cleavage of the N-glycosidic bond of gemcitabine or conversion to its alpha-anomer in 0.1

  抗肿瘤剂吉西他滨盐酸盐，β-二氟核苷，在固态下非常稳定。在40°C的0.1 N HCl溶液中，吉西他滨发生脱氨基反应，得到其尿苷类似物。在这些条件下4周后，约有86％的初始吉西他滨残留。在4周内未观察到吉西他滨的N-糖苷键断裂或在0.1 N HCl溶液中转化为其α-端基异构体。但是，这项工作表明，吉西他滨盐酸盐在40°C的0.1 N NaOH中会发生异构化。在所用的碱性条件下，经过4周后，仍有约72％的初始吉西他滨存在。在这些条件下也会形成尿苷水解产物。在基本条件下不常见的反化反应，通过NMR和质谱法对色谱分离的α-端基异构体进行表征，已经证实了这一点。提出了涉及无环中间体的机理。