6-(piperazin-1-ylmethyl)-2-pyridinecarboxaldehyde

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 吡啶及其衍生物
• 英文名称: 6-(piperazin-1-ylmethyl)-2-pyridinecarboxaldehyde
• 英文别名: 6-(1-piperazinylmethyl)-2-pyridinecarboxaldehyde；6-(piperazin-1-ylmethyl)picolinealdehyde；6-(piperazin-1-ylmethyl)picolinaldehyde；6-(Piperazin-1-ylmethyl)pyridine-2-carbaldehyde；6-(piperazin-1-ylmethyl)pyridine-2-carbaldehyde
• 化学式: C₁₁H₁₅N₃O
• 分子量: 205.26
• InChiKey: WSXARVGYOXTVJM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.1
• 重原子数：
  15
• 可旋转键数：
  3
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  45.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-(piperazin-1-ylmethyl)-2-pyridinecarboxaldehyde 、 1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)-3-oxo-7,10,13-trioxa-4-azahexadecan-16-oic acid 在 6-chloro-3-((dimethylamino)(dimethyliminio)methyl)-1H-benzo[d][1,2,3]triazol-3-ium-1-olatehexafluorophosphate(V) 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 16.0h， 以45%的产率得到N-(2-(2-(2-(3-(4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazin-1-yl)-3-oxopropoxy)ethoxy)ethoxy)ethyl)-3-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)propanamide
  参考文献：
  名称：

  邻甲氧基苯酚作为方便的氧化生物偶联试剂，适用于位点选择性异双功能交联剂

  摘要：

  生物分子修饰的化学选择性方法的最新发展极大地促进了基于复杂蛋白质的生物缀合物的合成。邻氨基苯酚或邻苯二酚与苯胺官能团的氧化偶联具有化学选择性、温和且快速；然而，富电子芳烃的氧化敏感性和商业来源的缺乏对这些反应策略的普遍使用构成了一些障碍。在此，我们将邻甲氧基苯酚鉴定为空气稳定的市售衍生物，在高碘酸盐作为氧化剂的存在下，它们与苯胺进行有效的氧化偶联。机械方面的考虑通知了预氧化方案的开发，该方案可以大大减少有效偶联所需的高碘酸盐的量。这些试剂的稳定性和多功能性通过使用包含邻甲氧基苯酚和 2-吡啶甲醛部分的位点选择性异双功能交联剂合成复杂的蛋白质-蛋白质生物缀合物来证明。该化合物用于将表皮生长因子与无基因组的 MS2 病毒衣壳连接起来，提供可靶向多种癌细胞类型的纳米级递送载体。

  DOI：

  10.1021/jacs.6b12966
• 作为产物：
  描述：

  tert-butyl 4-((6-formylpyridin-2-yl)methyl)piperazine-1-carboxylate 在 盐酸 作用下， 以 1,4-二氧六环 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 6-(piperazin-1-ylmethyl)-2-pyridinecarboxaldehyde
  参考文献：
  名称：

  使用可裂解 2-吡啶甲醛探针推进深度 N 末端组学检测

  摘要：

  蛋白水解是蛋白酶催化的不可逆翻译后修饰，在各种生物过程中发挥着至关重要的作用。探索病理组织中异常水解的蛋白质是阐明疾病发展机制的重要方法。在此，我们开发了一种可裂解的 2-吡啶甲醛探针 (2PCA-Probe)，可实现高效、深入的 N 末端组学检测，解决了先前方法的局限性。此外，我们意外地发现了一种能够用2PCA-Probe识别N端化学标记的新标记，并阐明了反应机制。使用该探针，我们在结直肠癌和癌旁组织中鉴定了 4686 个 N 端肽，显着扩展了 N 端组的深度，揭示了异常蛋白水解在结直肠癌发展中的潜在作用。

  DOI：

  10.1021/jacs.4c02222

文献信息

• [EN] VIA CYCLOADDITION BILATERALLY FUNCTIONALIZED ANTIBODIES<br/>[FR] ANTICORPS FONCTIONNALISÉS BILATÉRALEMENT PAR CYCLOADDITION
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2021144314A1

  公开（公告）日：2021-07-22

  The present invention provides antibody-payload conjugates having a payload-to-antibody ratio of 1. The antibody-payload conjugate is according to structure (1): formula (1), wherein: - a, b, c and d are each independently 0 or 1; - e is an integer in the range of 0 - 10; - L1, L2 and L3 are linkers; - D is a payload; - BM is a branching moiety; - Su is a monosaccharide; - G is a monosaccharide moiety; - GlcNAc is an N-acetylglucosamine moiety; - Fuc is a fucose moiety; - Z are connecting groups. The invention further provides a method for preparing the antibody-payload conjugate according to the invention, an intermediate compound in that preparation method, and medical uses of the antibody-payload conjugate according to the invention.

  本发明提供了一种抗体-有效载荷偶联物，其有效载荷与抗体的比例为1。所述抗体-有效载荷偶联物如结构(1)所示：公式(1)，其中：- a、b、c和d每个独立地为0或1；- e是0至10之间的整数；- L1、L2和L3是连接臂；- D是有效载荷；- BM是分支基团；- Su是单糖；- G是单糖基团；- GlcNAc是N-乙酰葡萄糖胺基团；- Fuc是岩藻糖基团；- Z是连接基团。本发明还提供了根据本发明制备抗体-有效载荷偶联物的方法、该制备方法中的中间化合物，以及根据本发明的抗体-有效载荷偶联物的医疗用途。
• Modular, Bioorthogonal Strategy for the Controlled Loading of Cargo into a Protein Nanocage
  作者：Lise Schoonen、Selma Eising、Mark B. van Eldijk、Jaleesa Bresseleers、Margo van der Pijl、Roeland J. M. Nolte、Kimberly M. Bonger、Jan C. M. van Hest

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.7b00815

  日期：2018.4.18

  site-specific N-terminal protein modification was employed. This method allowed the successful modification of the proteins, and was applied for the introduction of a bioorthogonal vinylboronic acid moiety. In a subsequent reaction, the proteins could be modified further with a fluorophore using the tetrazine ligation. The application of capsid assembly conditions on the functionalized proteins led to successful

  病毒衣壳，即没有遗传物质的病毒，是适用于生物医学应用（如药物输送和诊断成像）的纳米载体。为此目的，将货物可靠地封装在这种蛋白质纳米笼中至关重要，这可以通过将目标化合物与笼子内部的蛋白质结构域共价结合来实现。这种方法对the豆绿叶斑驳病毒（CCMV）的衣壳蛋白特别有效，这些蛋白的N末端位于衣壳结构内部。在这里，我们检查了几种在CCMV蛋白N端共价连接和包裹货物的位点选择性修饰方法。最初，我们探索了引入N末端叠氮化物功能的方法，这将允许随后使用应变炔烃进行生物正交修饰，以连接所需的货物。由于这些方法显示出与CCMV衣壳蛋白的相容性问题，因此采用了基于2-吡啶甲醛进行位点特异性N末端蛋白修饰的策略。该方法成功修饰了蛋白质，并被用于引入生物正交的乙烯基硼酸部分。在随后的反应中，可以使用四嗪连接，用荧光团进一步修饰蛋白质。衣壳装配条件在功能化蛋白质上的应用导致成功的颗粒形成，显示了这种共价包封策略的
• [EN] CONJUGATES OF ANTIBODIES AN IMMUNE CELL ENGAGERS<br/>[FR] CONJUGUÉS D'ANTICORPS ET D'AGENTS DE MISE EN CONTACT DE CELLULES IMMUNITAIRES
  申请人：SYNAFFIX BV

  公开号：WO2021144315A9

  公开（公告）日：2022-11-17
• <i>ortho</i>-Methoxyphenols as Convenient Oxidative Bioconjugation Reagents with Application to Site-Selective Heterobifunctional Cross-Linkers
  作者：Adel M. ElSohly、James I. MacDonald、Nina B. Hentzen、Ioana L. Aanei、Kareem M. El Muslemany、Matthew B. Francis

  DOI：10.1021/jacs.6b12966

  日期：2017.3.15

  The synthesis of complex protein-based bioconjugates has been facilitated greatly by recent developments in chemoselective methods for biomolecular modification. The oxidative coupling of o-aminophenols or catechols with aniline functional groups is chemoselective, mild, and rapid; however, the oxidatively sensitive nature of the electron-rich aromatics and the paucity of commercial sources pose some

  生物分子修饰的化学选择性方法的最新发展极大地促进了基于复杂蛋白质的生物缀合物的合成。邻氨基苯酚或邻苯二酚与苯胺官能团的氧化偶联具有化学选择性、温和且快速；然而，富电子芳烃的氧化敏感性和商业来源的缺乏对这些反应策略的普遍使用构成了一些障碍。在此，我们将邻甲氧基苯酚鉴定为空气稳定的市售衍生物，在高碘酸盐作为氧化剂的存在下，它们与苯胺进行有效的氧化偶联。机械方面的考虑通知了预氧化方案的开发，该方案可以大大减少有效偶联所需的高碘酸盐的量。这些试剂的稳定性和多功能性通过使用包含邻甲氧基苯酚和 2-吡啶甲醛部分的位点选择性异双功能交联剂合成复杂的蛋白质-蛋白质生物缀合物来证明。该化合物用于将表皮生长因子与无基因组的 MS2 病毒衣壳连接起来，提供可靶向多种癌细胞类型的纳米级递送载体。
• Advancing In-Depth N-Terminomics Detection with a Cleavable 2-Pyridinecarboxyaldehyde Probe
  作者：Xiaohan Song、Xuelian Ren、Qi Mei、Hong Liu、He Huang

  DOI：10.1021/jacs.4c02222

  日期：2024.3.13

  development. Herein, we have developed a cleavable 2-pyridinecarboxyaldehyde probe (2PCA-Probe) that enables efficient and in-depth N-terminomics detection, addressing limitations of previous methods. Furthermore, we unexpectedly discovered a new marker capable of identifying N-terminal chemical labeling with the 2PCA-Probe and elucidated the reaction mechanism. Using this probe, we identified 4686 N-terminal

  蛋白水解是蛋白酶催化的不可逆翻译后修饰，在各种生物过程中发挥着至关重要的作用。探索病理组织中异常水解的蛋白质是阐明疾病发展机制的重要方法。在此，我们开发了一种可裂解的 2-吡啶甲醛探针 (2PCA-Probe)，可实现高效、深入的 N 末端组学检测，解决了先前方法的局限性。此外，我们意外地发现了一种能够用2PCA-Probe识别N端化学标记的新标记，并阐明了反应机制。使用该探针，我们在结直肠癌和癌旁组织中鉴定了 4686 个 N 端肽，显着扩展了 N 端组的深度，揭示了异常蛋白水解在结直肠癌发展中的潜在作用。